TABLE 3.
Infection of GHOST cellsa
| Virus | RTCN value
|
|||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Parental | CCR1 | CCR2b | CCR3 | CCR5 | CXCR4 | GPR15 | CXCR6 | |
| Aviremic individuals | ||||||||
| RH2-3 2C5 | − | − | − | − | 438 | − | 273 | 29 |
| RH2-3 3A6c | − | − | − | − | 1,142 | − | 950 | 165 |
| RH2-3 3B3 | − | − | − | − | 1,285 | − | 1,154 | 310 |
| RH2-3 3C3 | − | − | − | − | 745 | − | 1,767 | 267 |
| RH2-3 4C5 | − | − | − | − | 704 | − | 725 | 161 |
| RH2-3 5B1 | − | − | − | − | 984 | − | 267 | 59 |
| RH2-3 6C6 | − | − | − | − | 507 | − | 284 | 153 |
| RH2-3 8A5 | − | − | − | − | 1,136 | − | 2,124 | 86 |
| RH2-3 8A3c | − | − | − | − | 1,201 | − | 541 | 98 |
| RH2-3 3A3b | 10 | 10 | 7 | 6 | 1,451 | 8 | 2,629 | 301 |
| RH2-13 1D4 | − | − | − | − | 1,043 | − | 1,378 | 108 |
| RH2-13 1D6 | − | − | − | − | 886 | − | 1,394 | 123 |
| RH2-13 3B4 | − | − | − | − | 972 | − | 1,144 | 39 |
| RH2-13 5C1 | − | − | − | − | 1,209 | − | 1,774 | 117 |
| RH2-13 5C3 | − | − | − | − | 825 | − | 446 | 67 |
| RH2-13 6A3 | − | − | − | − | 895 | − | 382 | 41 |
| RH2-13 6B5b | − | − | − | − | 1,677 | − | 698 | 20 |
| RH2-13 7C3 | − | − | − | − | 1,287 | − | 150 | 18 |
| RH2-13 6A2b | 11 | 14 | 9 | 7 | 1,847 | 6 | 3,812 | 188 |
| RH2-13 6B1c | 6 | 8 | 8 | 7 | 1,052 | 6 | 2,004 | 533 |
| RH2-14 1A6 | − | − | − | − | 375 | − | 124 | 32 |
| RH2-14 1B1 | − | − | − | − | 331 | − | 179 | 38 |
| RH2-14 1C2 | − | − | − | − | 537 | − | 194 | 38 |
| RH2-14 1C3 | − | − | − | − | 407 | − | 239 | 40 |
| RH2-14 1D1 | − | − | − | − | 431 | − | 55 | 13 |
| RH2-14 2A2 | − | − | − | − | 623 | − | 184 | 54 |
| RH2-14 2A4 | − | − | − | − | 414 | − | 275 | 66 |
| RH2-14 2A5 | − | − | − | − | 593 | − | 155 | 53 |
| RH2-14 2D5 | − | − | − | − | 292 | − | 142 | 12 |
| RH2-22 1B4 | − | − | − | − | 491 | − | 97 | 32 |
| RH2-22 1B5b | − | − | − | − | 778 | − | 84 | 18 |
| RH2-22 1C3 | − | − | − | − | 656 | − | 90 | 39 |
| RH2-22 2B2 | − | − | − | − | 514 | − | 46 | 22 |
| RH2-22 2C4 | − | − | − | − | 740 | − | 233 | 65 |
| RH2-22 3A1b | − | − | − | − | 908 | − | 41 | 13 |
| RH2-22 2A4c | 5 | 6 | − | − | 724 | − | 159 | 163 |
| RH2-22 1B1c | 46 | 99 | 37 | 47 | 1,611 | 43 | 1,342 | 383 |
| RH2-22 1B2c | 17 | 27 | 16 | 18 | 1,191 | 13 | 688 | 142 |
| RH2-22 2C2c | 24 | 36 | 22 | 21 | 957 | 17 | 313 | 132 |
| RH2-8 3D5c | 10 | 8 | 8 | 6 | 658 | 6 | 28 | 17 |
| RH2-4 4D1b | − | − | − | − | 1,277 | − | 389 | 61 |
| RH2-4 3B1b | 6 | 5 | − | 5 | 1,147 | − | 168 | 533 |
| RH2-4 4B2b | 12 | 23 | 8 | 15 | 1,298 | 11 | 792 | 298 |
| Viremic individuals | ||||||||
| Asymptomatic | ||||||||
| RH2-15 B9b | − | − | − | − | 953 | − | 170 | 35 |
| RH2-15 E5 | − | − | − | − | 367 | − | 7 | − |
| RH2-15 H11 | − | − | − | − | 964 | − | 73 | 19 |
| RH2-15 A9b | − | − | − | − | − | − | − | − |
| RH2-15 E10b | − | − | − | 37 | 102 | − | 101 | 85 |
| Progressors | ||||||||
| RH2-1 A8b | − | − | − | − | 132 | − | 27 | − |
| RH2-1 A9b | − | − | − | − | 270 | − | 13 | − |
| RH2-1 C7b | − | − | − | − | 129 | − | − | − |
| RH2-1 D8b | − | − | − | − | 268 | − | 14 | − |
| RH2-1 D9b | − | − | − | − | 239 | − | 8 | − |
| RH2-1 G7b | − | − | − | − | 552 | − | 34 | − |
| RH2-5 1F10 | − | − | − | − | 982 | − | 946 | 221 |
| RH2-5 2C8 | − | − | − | − | 1,409 | − | 1,866 | 263 |
| RH2-5 2D11b | − | − | − | − | 368 | − | 249 | 27 |
| RH2-5 2E6b | − | − | − | − | 996 | − | 1,142 | 45 |
| RH2-5 2A12b | − | 10 | − | − | 317 | − | 324 | 87 |
| RH2-5 2F10b | 11 | 6 | 5 | 9 | 2,579 | − | 3,440 | 810 |
| RH2-7 D6 | − | − | − | − | 1,194 | − | 673 | 431 |
| RH2-7 E1 | − | − | − | − | 652 | − | 261 | 112 |
| RH2-7 E4b | − | − | − | − | 423 | − | 211 | 55 |
| RH2-7 F3 | − | − | − | − | 938 | − | 685 | 35 |
| RH2-7 F4b | − | − | − | − | 580 | − | 283 | 126 |
| RH2-7 B3c | 11 | 17 | 9 | 23 | 641 | 11 | 1,192 | 145 |
| RH2-21 2B2c | 62 | 283 | 152 | 23 | 48 | 511 | 34 | 9 |
| RH2-21 2F9c | 81 | 218 | 159 | 16 | 33 | 446 | 28 | 7 |
| RH2-24 1E2 | − | − | − | − | 2,394 | − | 515 | 52 |
| RH2-24 2D7 | − | − | − | − | 2,098 | − | 1,288 | 265 |
| RH2-24 2E10 | − | − | − | − | 1,238 | − | 243 | 21 |
| RH2-24 2E9c | − | − | − | − | 942 | − | 718 | 94 |
| RH2-24 2F11 | − | − | − | − | 1,158 | − | 122 | 17 |
| RH2-24 2G9 | − | − | − | − | 1,374 | − | 543 | 79 |
| RH2-24 2D8c | 183 | 1,022 | 796 | 49 | 163 | 1,504 | 170 | 28 |
| RH2-24 2E8c | 65 | 173 | 127 | 14 | 32 | 543 | 35 | 6 |
| RH2-24 2G7c | 158 | 624 | 788 | 37 | 152 | 1,746 | 144 | 21 |
| RH2-24 2H11c | 17 | 36 | 22 | − | 6 | 96 | − | − |
| RH2-26 1C1 | − | − | − | − | 1,652 | − | − | − |
| RH2-26 1D3 | − | − | − | − | 1,083 | − | − | − |
| RH2-26 2A1 | − | − | − | − | 1,710 | − | − | − |
| RH2-26 2A10 | − | − | − | − | 1,083 | − | − | − |
| RH2-26 2A12 | − | − | − | − | 634 | − | − | − |
| RH2-26 2B4 | − | − | − | − | 2,430 | − | − | − |
| RH2-26 2D3 | − | − | − | − | 2,919 | − | − | − |
| RH2-26 2E2 | − | − | − | − | 2,919 | − | − | − |
| RH2-26 2D9c | 198 | 1,071 | 918 | 40 | 124 | 1,767 | 131 | 18 |
| RH2-26 2E9c | 152 | 620 | 680 | 33 | 103 | 1,274 | 88 | 33 |
| Controls (CoR)d | ||||||||
| ACH208 (X4) | 94 | 708 | 473 | 23 | 85 | 1,140 | 266 | 43 |
| ACH39 (X4R3) | 80 | 429 | 299 | 204 | 53 | 624 | 100 | 33 |
| SIVrcm (R2X6) | − | NT | 710 | NT | − | NT | NT | 628 |
a
Shown are RTCN values, values <5 are considered negative (−).
b
Two times the standard amount of virus was used (see Materials and Methods).
c
Tested in two individual experiments, of which the average is shown.
d
HIV-1 and SIV variants with known coreceptor usage (indicated by parentheses) were included as controls. HIV-1 was tested multiple times; shown are the averages of nine (ACH208) and four (ACH39) experiments. NT, not tested.