Table 3.

Sequences of the starters used in methylation-specific PCR designed using MethPrimer

Gene	Sequence		Ta
CXXC4	MF	5′ GGAGAGAGAGAGGAGAGATTTTTC 3′	60 °C
	MR	5′ ATAAAAACGCGAATCTATTATCGAT 3′
	UF	5′ AGAGAGAGAGGGAGAGATTTTTTGG 3′	56 °C
	UR	5′ ATAAAAACACAAATCTATTATCAAT 3′
FBXW11	MF	5′ TAGGAAGTTAAGAGAAGTTAGTCGG 3′	59 °C
	MR	5′ CACTAAACGATAAACGTAAAACGTA 3′
	UF	5′ TAGGAAGTTAAGAGAAGTTAGTTGG 3′	59 °C
	UR	5′ CACTAAACAATAAACATAAAACATA 3′
SUFU	MF	5′ GTTTCGGGGAGTTTTATTTATC 3′	60 °C
	MR	5′ GAAAACCGAAAAAACAATCG 3′
	UF	5′ GTTTTGGGGAGTTTTATTTATTGA 3′	60 °C
	UR	5′ AAACAAAAACCAAAAAAACAATCA 3′
ZIC1	MF	5′ TTTCGTTAAACGTTTATTCGTTTC 3′	62 °C
	MR	5′ CACCTAACCTCCTAAAAACCTACG 3′
	UF	5′ TTTGTTAAATGTTTATTTGATTTTGT 3′	54 °C
	UR	5′ TCACCTAACCTCCTAAAAACCTACA 3′
ZIC4	MF	5′ CGGTTCGGTTAGGAAATTTATC 3′	62 °C
	MR	5′ AACCAAAAAAACGAAAAACGAC 3′
	UF	5′ AGGTGGTTTGGTTAGGAAATTTATT 3′	60 °C
	UR	5′ AAAAACCAAAAAAACAAAAAACAAC 3′

M methylated, U unmethylated, F forward, R reverse, Ta annealing temperature