Table 2.
A list of SNP markers, designated ID, primers, and probes for KASP assays developed and validated in in this study.
| Marker | Fluorescent primer | Sequence |
|---|---|---|
| FAD2-1A_17D (MU-HO-1) | FAM_primer | TCTCACTGGTGTGTGGGTGATTGCTCACGAGTGTGGTCACCATGCCTTCAG |
| HEX_primer | TCTCACTGGTGTGTGGGTGATTGCTCACGAGTGTGGTCACCATGCCTTCAA | |
| Reverse primer | CAAGTACCAATGGGTTGATGATGTTGTGGGTTTGACCCTTCACTCAACA | |
|
| ||
| FAD2-1A_452 (MU-HO-2) |
FAM_primer | TTTGTCCCAAAACCAAAATCCAAAGTTGCATGGTTTTCCAAGTACTTAAACAACCCTCTAGGAA |
| HEX_primer | TTTGTCCCAAAACCAAAATCCAAAGTTGCATGGTTTTCCAAGTACTTAAACAACCCTCTAGGA _∗ | |
| Reverse primer | GGGCTGTTTCTCTTCTCGTCACACTCACAATAGGGTGGCCTATGTATTTAGCCTTC | |
|
| ||
| FAD2-1B_327 (MU-HO-3) | FAM_primer | CCTTCAGCAAGTACCCATGGGTTGATGATGTTATGGGTTTGACCGTTCACTCAGCACTTTTAGTCCC |
| HEX_primer | CCTTCAGCAAGTACCCATGGGTTGATGATGTTATGGGTTTGACCGTTCACTCAGCACTTTTAGTCCG | |
| Reverse primer | TTATTTCTCATGGAAAAYAAGCCATCGCCGCCACCACTCCAACACGGGTTCCCTTGACCGTGATG | |
|
| ||
| FAD2-1B_I143T (MU-HO-4) | FAM_primer | TGGGTTGATGATGTTATGGGTTTGACCGTTCACTCAGCACTTTTAGTCCSTTATTTCTCATGGAAAAT |
| HEX_primer | TGGGTTGATGATGTTATGGGTTTGACCGTTCACTCAGCACTTTTAGTCCSTTATTTCTCATGGAAAAC | |
| Reverse primer | AAGCCATCGCCGCCACCACTCCAACACGGGTTCCCTTGACCGTGATGAAGTGTTTGTCC | |
|
| ||
| FAD3A_Del (MU-LL-1) |
FAM_primer | AATAAGAACTAAATTTAAAAGTGAAGTTGAAT |
| HEX_primer | AATAAGAACTAAATTTAAAAGTGAAGTTGAAC | |
| Reverse primer | GCAAGTTGTTCAGAAAACGTTAAAACTCC | |
|
| ||
| FAD3A_Splice (MU-LL-2) |
FAM_primer | CTGGACTTTGTCACATACTTGCATCACCATGGTCATCATCAGAAACTGCCTTGGTATCGCGGCAAGG |
| HEX_primer | CTGGACTTTGTCACATACTTGCATCACCATGGTCATCATCAGAAACTGCCTTGGTATCGCGGCAAGA | |
| Reverse primer | TAACAAAAATAAATAGAAAATAGTGAGTGAACACTTAAATGTTAGATACTACCTTCTTCTTCTTT | |
|
| ||
| FAD3B_Splice (MU-LL-3) | FAM_primer | GAATCTTTATGCTTCCTGAGGCTGTTCTTGAACATGGCTCTTTTTTATGTGTCATTATCTTAG |
| HEX_primer | GAATCTTTATGCTTCCTGAGGCTGTTCTTGAACATGGCTCTTTTTTATGTGTCATTATCTTAA | |
| Reverse primer | TTAACAGAGAAGATTTACAAGAATCTAGACAGCATGACAAGACTCATTAGATTCACTGT | |
|
| ||
| FAD3C_G128E (MU-LL-4) |
FAM_primer | CATGGAAGTTTTTCAAACAGTCCTTTGTTGAACAGCATTGTGGGCCACATCTTGCACTCTTCAATTCTTGTACCATACCATGG |
| HEX_primer | CATGGAAGTTTTTCAAACAGTCCTTTGTTGAACAGCATTGTGGGCCACATCTTGCACTCTTCAATTCTTGTACCATACCATGA | |
| Reverse primer | ATGGTCGGTTCCTTTTAGCAACTTTTCATGTTCACTTTGTCCTTAAATTTTTTTTTATGTTTGTT | |
|
| ||
| FAD3C_H304Y (MU-LL-5) |
FAM_primer | TAGATCGCGACTATGGTTGGATCAACAACATTCACCATGACATTGGCACCCATGTTATCCATC |
| HEX_primer | TAGATCGCGACTATGGTTGGATCAACAACATTCACCATGACATTGGCACCCATGTTATCCATT | |
| Reverse primer | ACCTTTTCCCTCAAATTCCACATTATCATTTAATCGAAGCGGTATTAATTCTCTATTTC | |
|
| ||
| KTI_2 (MU-KTI-1) |
FAM_primer | AACAAAGATGCAATGGATGGTTGGTTTAGACTTG |
| HEX_primer | AACAAAGATGCAATGGATGGTTGGTTTAGACTTT | |
| Reverse primer | AGAGNNNNNNNTTTCTGATGATGAATTCAATAACTAT | |
|
| ||
| STS_2 (MU-STS-1) |
FAM_primer | GAATTGGAGTGTGTTGAGAAGGGTGCAAAGGTTAAGGTTAAGGGTGATGGGAGATTCCTT_+ |
| HEX_primer | GAATTGGAGTGTGTTGAGAAGGGTGCAAAGGTTAAGGTTAAGGGTGATGGGAGATTCCTTGCTTACTCAAGTGAATCTCCAAAGAAGTTCCAAY | |
| Reverse primer | TGAATGGTTCTGATGTTGCTTTTGAGTGGCTCCCTGATGGAAAACTCACTCTCAACCTTGCTTGGATTGAAGAGAATGGCGGGGTT | |
|
| ||
| RS2_W (MU-RS2-1) |
FAM_primer | GGTATGGGTGCCTTTGTTAGGGACTTGAAGGAACAGTTTAGGAGCGTGGAGCAGGTGTATGTG_+ |
| HEX_primer | GGTATGGGTGCCTTTGTTAGGGACTTGAAGGAACAGTTTAGGAGCGTGGAGCAGGTGTATGTGTGG | |
| Reverse primer | CACGCGCTTTGTGGGTATTGGGGTGGGGTCAGACCCAAGGTTCCGGGCATGCCCCAGGCTAAGGTT | |
|
| ||
| RS2_397 (MU-RS2-2) |
FAM_primer | CTGGGGAAGCTCAGAGGAATAAAATTCATGAGCATATTCCGGTTTAAGGTGTGGTGGACCAC |
| HEX_primer | CTGGGGAAGCTCAGAGGAATAAAATTCATGAGCATATTCCGGTTTAAGGTGTGGTGGACCAT | |
| Reverse primer | TCACTGGGTCGGTAGCAACGGACACGAACTGGAGCACGAGACACAGATGATGCTTCTCGACA | |
|
| ||
| Lox-1 (MU-Lox-1) |
FAM_primer | CATGCGGCGATGGAGCCATTCGTCATAGCAACACACCGACATCTTAGCGTGCTTCACCCAATTTA_+ |
| HEX_primer | CATGCGGCGATGGAGCCATTCGTCATAGCAACACACCGACATCTTAGCGTGCTTCACCCAATTTACAAGCTTCTGACTCCTCACTATCGTAACAACATGAACATCAACGCACTTGCCAGGCAATCTCTAATTAATGCTA | |
| Reverse primer | ATGGCATAATAGAGACAACCTTTTTGCCCTCAAAGTATTCTGTGGAGATGTCTTCGGCGGTTT | |
|
| ||
| Lox-2 (MU-Lox-2) |
FAM_primer | CATCTATGATGTATGTTATGTCTCAATTTTATTTTATTTTTATTTTTTATTTTGTTCATAGGTTAAATACTCAT |
| HEX_primer | CATCTATGATGTATGTTATGTCTCAATTTTATTTTATTTTTATTTTTTATTTTGTTCATAGGTTAAATACTCAA | |
| Reverse primer | GCGGTGATTGAGCCATTCATCATAGCAACAAACCGACACCTTAGTGCTCTTCACCCAATTTATAAGCTTC | |
|
| ||
| Lox3_G_100 (MU-Lox-3) | FAM_primer | AGGGACAGTGGTGTTGATGCGCAAGAATGTGTTGGACGTGAATAGCGTAACCAGCGTTGGGG_+ |
| HEX_primer | AGGGACAGTGGTGTTGATGCGCAAGAATGTGTTGGACGTGAATAGCGTAACCAGCGTTGGGGG | |
| Reverse primer | AATTATTGGTCAAGGTCTCGACTTAGTTGGCTCAACACTCGATACTCTTACTGCCTT | |
_∗: HEX_primer and _+: FAM_primer.