Table 2.
Replication of 38 genes in RNAseq samples and validation in independent cohort.
| Gene symbol | RNAseq (n = 14) | dPCR replication (n = 13) | dPCR validation (n = 11) | qPCR rep + val | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| FC | P adj | FC | P | FC | P | FC | P | |
| PTHLH | −2,50 | <0,0001 | −1,32 | 0,001 | −1,12 | >0,1 | −1,23 | 0,006 |
| ANXA3 | −2,23 | <0,0001 | 1,08 | 0,02 | −1,13 | 0,02 | 1,08 | 0,009 |
| NPPC | −1,93 | 0,0038 | −3,75 | <0,0001 | −10,16 | 0,0004 | −4,54 | <0,0001 |
| ANXA10 | −1,93 | 0,0035 | −2,61 | <0,0001 | −1,63 | 0,09 | −2,06 | 0,0003 |
| DIRAS3 | −1,93 | 0,0039 | −2,80 | 0,0003 | −1,29 | 0,08 | −2,31 | <0.0001 |
| BMP2 | −1,90 | 0,0049 | −2,42 | 0,005 | −3,87 | 0,08 | −3,70 | 0,0018 |
| ABCG2 | −1,85 | 0,0104 | −1,81 | 0,0008 | −3,44 | <0,0001 | −2,09 | <0,0001 |
| TMTC2 | −1,81 | 0,0159 | −2,04 | <0,0001 | −1,73 | 0.03 | −2,08 | <0,0001 |
| TMEM35 | −1,81 | 0,0159 | −2,37 | 0,03 | −1,59 | 0,05 | −2,13 | 0,0003 |
| RGS2 | −1,74 | 0,0188 | −2,42 | <0,0001 | −1,71 | 0,08 | −2,07 | 0,0006 |
| ZSCAN31 | −1,72 | 0,0107 | −1,90 | <0,0001 | −1,82 | 0,03 | −1,92 | 0,0001 |
| MGST1 | −1,72 | 0,0010 | −1,33 | 0,007 | −1,29 | 0,09 | −1,32 | <0,007 |
| ESM1 | −1,71 | 0,0329 | −2,03 | 0,02 | −1,99 | 0,05 | −1,90 | 0,0017 |
| KLN5 | −1,70 | 0,0031 | −1,49 | 0,0003 | −1,39 | 0,04 | −1,51 | <0,0001 |
| DHRS3 | −1,70 | 0,0437 | −2,96 | <0,0001 | −2,57 | 0,02 | −3,14 | <0,0001 |
| FRMD3 | −1,70 | 0,0419 | −1,67 | 0,005 | −1,85 | 0,02 | −1,75 | 0,0005 |
| ID1 | −1,61 | 0,0368 | −1,69 | 0,05 | −5,01 | 0,009 | −4,11 | 0,0008 |
| EPHA4 | −1,61 | 0,0470 | −1,69 | 0,0002 | −1,39 | >0,1 | −1,59 | 0,0003 |
| HAPLN1 | −1,58 | 0,0997 | −2,16 | 0,0003 | 1,58 | 0,0038 | −1,14 | 0,08 |
| RDH10 | −1,57 | 0,0585 | −1,60 | 0,0002 | −1,17 | >0,1 | −1,50 | 0,0019 |
| EPHB2 | −1,55 | 0,0278 | −1,91 | <0,0001 | 1,25 | >0,1 | −1,30 | 0,017 |
| IL17RD | −1,54 | 0,0126 | −1,28 | 0,01 | −1,04 | >0,1 | −1,22 | 0,015 |
| SMAD9 | −1,52 | 0,0548 | −1,68 | 0,003 | −1,20 | >0,1 | −1,45 | 0,01 |
| GULP1 | −1,41 | 0,0471 | −1,69 | 0,0003 | −1,30 | >0,1 | −1,48 | 0,0032 |
| DDR2 | 1,50 | 0,0219 | 1,48 | 0,001 | 1,01 | >0,1 | 1,32 | 0,017 |
| TBX18 | 1,51 | 0,0900 | 1,59 | 0,0003 | −1,39 | 0,03 | 1,19 | 0,05 |
| ADAMTS7 | 1,52 | 0,0224 | 1,96 | <0,0001 | 1,04 | >0,1 | 1,32 | 0,0017 |
| PDK1 | 1,52 | 0,0339 | 1,71 | <0,0001 | 1,17 | >0,1 | 1,40 | 0,0002 |
| PFKFB4 | 1,54 | 0,0389 | 1,33 | 0,003 | 1,27 | >0,1 | 1,13 | 0,02 |
| ID4 | 1,55 | 0,0900 | 1,73 | 0,001 | 1,01 | >0,1 | 1,47 | 0,0037 |
| SYNE3 | 1,60 | 0,0460 | 2,00 | 0,0019 | 1,01 | >0,1 | 1,79 | 0,0067 |
| CA12 | 1,72 | 0,0006 | 1,53 | 0,001 | 1,27 | 0,03 | 1,47 | 0,0002 |
| MOCOS | 1,75 | 0,0011 | 1,56 | 0,008 | 1,92 | 0,003 | 1,79 | <0,0001 |
| ITGA7 | 1,81 | 0,0051 | 3,05 | <0,0001 | 1,58 | 0,09 | 2,06 | <0,0001 |
| ST6GALNAC5 | 1,83 | 0,0096 | 5,74 | <0,0001 | 2,31 | 0,04 | 4,44 | <0,0001 |
| KCNE4 | 1,87 | 0,0031 | 1,33 | 0,02 | 1,01 | >0,1 | 1,19 | >0,1 |
| MYO18B | 1,70 | 0,0419 | 2,71 | 0,0002 | 1,06 | >0,1 | 1,95 | 0,0021 |
| C10orf10 | 1,94 | 0,0006 | 2,64 | <0,0001 | 1,02 | 0,06 | 1,62 | 0,011 |