Table 2.

The performance details of inferring benchmark gene regulatory networks by 14 association measures.

Methods	Node size	SN	SP	ACC	F-measure	MCC	AUC
Pearson	10	0.500 ± 0.093	0.545 ± 0.166	0.506 ± 0.098	0.518 ± 0.121	0.030 ± 0.162	0.592 ± 0.048
	50	0.536 ± 0.102	0.510 ± 0.121	0.535 ± 0.099	0.507 ± 0.074	0.014 ± 0.044	0.554 ± 0.027
	100	0.531 ± 0.047	0.487 ± 0.078	0.530 ± 0.046	0.504 ± 0.048	0.004 ± 0.021	0.536 ± 0.021
Spearman	10	0.617 ± 0.162	0.477 ± 0.155	0.600 ± 0.150	0.526 ± 0.141	0.074 ± 0.191	0.574 ± 0.055
	50	0.511 ± 0.083	0.504 ± 0.071	0.510 ± 0.081	0.502 ± 0.059	0.005 ± 0.036	0.538 ± 0.031
	100	0.501 ± 0.055	0.506 ± 0.086	0.501 ± 0.053	0.497 ± 0.043	0.002 ± 0.019	0.533 ± 0.025
Kendall	10	0.601 ± 0.192	0.500 ± 0.117	0.589 ± 0.175	0.536 ± 0.125	0.082 ± 0.198	0.574 ± 0.057
	50	0.499 ± 0.098	0.518 ± 0.083	0.500 ± 0.095	0.498 ± 0.053	0.005 ± 0.034	0.536 ± 0.031
	100	0.509 ± 0.054	0.503 ± 0.085	0.509 ± 0.053	0.499 ± 0.040	0.003 ± 0.017	0.532 ± 0.025
Hoeffdings	10	0.519 ± 0.591	0.591 ± 0.091	0.528 ± 0.080	0.544 ± 0.042	0.073 ± 0.062	0.539 ± 0.039
	50	0.507 ± 0.072	0.494 ± 0.102	0.507 ± 0.070	0.492 ± 0.064	0.00006 ± 0.038	0.544 ± 0.032
	100	0.504 ± 0.071	0.523 ± 0.061	0.504 ± 0.069	0.508 ± 0.042	0.006 ± 0.018	0.535 ± 0.025
Blomqvist	10	0.563 ± 0.069	0.409 ± 0.189	0.544 ± 0.060	0.451 ± 0.136	−0.019 ± 0.125	0.570 ± 0.030
	50	0.457 ± 0.126	0.496 ± 0.134	0.458 ± 0.120	0.444 ± 0.069	−0.016 ± 0.028	0.535 ± 0.030
	100	0.550 ± 0.066	0.583 ± 0.056	0.551 ± 0.065	0.560 ± 0.020	0.030 ± 0.008	0.574 ± 0.022
Goodman	10	0.411 ± 0.130	0.500 ± 0.053	0.422 ± 0.073	0.437 ± 0.073	−0.063 ± 0.073	0.539 ± 0.067
	50	0.470 ± 0.086	0.454 ± 0.083	0.469 ± 0.082	0.448 ± 0.037	−0.0246 ± 0.0194	0.531 ± 0.026
	100	0.531 ± 0.068	0.529 ± 0.059	0.531 ± 0.067	0.524 ± 0.027	0.014 ± 0.011	0.527 ± 0.018
WWH	10	0.411 ± 0.248	0.591 ± 0.174	0.433 ± 0.200	0.416 ± 0.148	−0.006 ± 0.103	0.569 ± 0.069
	50	0.352 ± 0.116	0.660 ± 0.099	0.360 ± 0.111	0.437 ± 0.083	0.003 ± 0.019	0.532 ± 0.016
	100	0.392 ± 0.137	0.619 ± 0.145	0.395 ± 0.134	0.442 ± 0.070	0.003 ± 0.009	0.522 ± 0.018
MI	10	0.557 ± 0.149	0.409 ± 0.241	0.539 ± 0.111	0.416 ± 0.115	−0.022 ± 0.111	0.534 ± 0.041
	50	0.470 ± 0.100	0.443 ± 0.081	0.470 ± 0.098	0.448 ± 0.069	−0.028 ± 0.043	0.569 ± 0.046
	100	0.468 ± 0.081	0.471 ± 0.069	0.468 ± 0.079	0.462 ± 0.046	−0.014 ± 0.020	0.544 ± 0.034
MIC	10	0.500 ± 0.051	0.636 ± 0.196	0.517 ± 0.042	0.547 ± 0.066	0.090 ± 0.121	0.573 ± 0.062
	50	0.515 ± 0.120	0.494 ± 0.084	0.515 ± 0.116	0.492 ± 0.070	0.003 ± 0.044	0.551 ± 0.031
	100	0.510 ± 0.058	0.502 ± 0.071	0.510 ± 0.057	0.501 ± 0.038	0.003 ± 0.017	0.531 ± 0.024
Wilks	10	0.522 ± 0.113	0.477 ± 0.087	0.517 ± 0.109	0.498 ± 0.098	0.0004 ± 0.13	0.592 ± 0.048
	50	0.536 ± 0.102	0.509 ± 0.120	0.536 ± 0.099	0.507 ± 0.073	0.014 ± 0.044	0.554 ± 0.027
	100	0.523 ± 0.050	0.502 ± 0.080	0.523 ± 0.049	0.508 ± 0.048	0.006 ± 0.021	0.538 ± 0.025
KCCA	10	0.472 ± 0.267	0.432 ± 0.202	0.467 ± 0.231	0.393 ± 0.168	−0.067 ± 0.219	0.623 ± 0.083
	50	0.442 ± 0.121	0.464 ± 0.119	0.442 ± 0.117	0.428 ± 0.070	−0.031 ± 0.037	0.541 ± 0.058
	100	0.453 ± 0.100	0.502 ± 0.090	0.454 ± 0.098	0.462 ± 0.058	−0.011 ± 0.024	0.541 ± 0.036
dCor	10	0.506 ± 0.061	0.545 ± 0.166	0.511 ± 0.069	0.520 ± 0.102	0.034 ± 0.140	0.573 ± 0.060
	50	0.529 ± 0.084	0.513 ± 0.103	0.529 ± 0.082	0.512 ± 0.067	0.014 ± 0.042	0.556 ± 0.031
	100	0.514 ± 0.061	0.510 ± 0.091	0.514 ± 0.060	0.505 ± 0.049	0.006 ± 0.021	0.538 ± 0.025
CMMD	10	0.573 ± 0.201	0.545 ± 0.129	0.569 ± 0.176	0.540 ± 0.112	0.085 ± 0.164	0.611 ± 0.066
	50	0.508 ± 0.081	0.491 ± 0.088	0.508 ± 0.079	0.494 ± 0.065	−0.00006 ± 0.041	0.547 ± 0.031
	100	0.512 ± 0.071	0.505 ± 0.068	0.512 ± 0.070	0.503 ± 0.044	0.004 ± 0.019	0.532 ± 0.028
RDC	10	0.522 ± 0.147	0.568 ± 0.227	0.528 ± 0.139	0.527 ± 0.143	0.062 ± 0.203	0.599 ± 0.038
	50	0.518 ± 0.085	0.522 ± 0.076	0.518 ± 0.083	0.515 ± 0.076	0.013 ± 0.039	0.551 ± 0.032
	100	0.517 ± 0.070	0.515 ± 0.042	0.517 ± 0.069	0.051 ± 0.04	0.007 ± 0.018	0.534 ± 0.026