Table 2.

List of missense mutations coupled with prediction on the effect of amino acid substitutions by PredictSNP.

Gene	Enzyme	AA Position	Wild residue	Target residue	PredictSNP prediction	PredictSNP confidence	Genotypes
							Low-CC	Medium-CC	High-CC
Solyc01g005940	PSY3	82	C	R	N	0.74	—	—	STR
Solyc01g090660	CCD7	337	I	M	D	0.72	E98	—	E1, E41, E115
Solyc01g097810	ZDS	449	Q	H	N	0.65	—	E55	—
		350	I	T	N	0.83	—	—	STR
		581	L	P	D	0.51	—	—	STR
Solyc02g090890	ZEP	667	E	G	N	0.83	—	E16, E113	STR, ZBR
Solyc03g031860	PSY1	361	V	I	N	0.83	—	E51	—
		105	K	N	N	0.83	E93	—	—
		105	K	M	D	0.65	E93	—	—
		108	I	M	N	0.83	E93	—	—
Solyc03g114340	DXR	125	T	I	N	0.68	—	—	E96
		56	P	L	N	0.83	—	—	E117
Solyc04g040190	LCBY1	405	D	N	N	0.83	E54	E55, E103	E57, E115, STR, ZBR
Solyc04g050930	VDE	267	S	N	N	0.74	E54	E55, E103	E57, E115, STR, ZBR
Solyc04g056390	GGPPS2	41	Q	K	N	0.83	—	E117	BX, STR, URI, ZBR
		52	V	L	N	0.83	—	E117	URI
		200	S	P	N	0.74	—	E117	BX, STR, URI, ZBR
Solyc05g010180	CrtISO_like	142	E	V	N	0.63	—	—	BX
		334	V	I	N	0.83	—	—	BX, STR
		367	K	E	N	0.83	—	—	BX,STR
Solyc05g016330	CYP97B2	9	I	N	D	0.61	—	E16	—
		17	R	W	D	0.55	—	E16	—
Solyc06g036260	CHY1	16	F	I	N	0.74	—	—	STR, ZBR
		21	S	T	N	0.83	—	—	STR, ZBR
		27	K	I	D	0.55	—	—	STR, ZBR
		122	V	I	N	0.83	—	—	STR, ZBR
		217	A	P	N	0.83	—	—	STR, ZBR
		300	I	K	N	0.83	—	—	STR, ZBR
Solyc06g074240	CYCB	20	R	K	N	0.83	E71	—	—
		23	V	F	N	0.63	E71	—	—
		229	R	K	N	0.83	E71	—	—
		289	R	S	N	0.83	E71	—	—
		290	D	N	N	0.83	E71	—	—
		335	V	L	N	0.83	E71	—	—
		473	M	L	N	0.68	E71	—	—
		484	L	V	N	0.83	E71	—	—
Solyc07g056570	NCED	424	A	P	N	0.75	—	E51	STR
Solyc08g016720	NCED2	571	F	L	D	0.87	E88	—	—
Solyc08g066650	CCD8	170	V	A	N	0.83	E39, E40, E54, E83, E88, E99	E8, E16, E34, E45, E51, E55, E64, E70, E76, E113, E115	E1, E4, E32, E96, E119
Solyc08g066720	CCD_like	267	I	L	D	0.51	E21, E71, E82, E93, E98	E103	E30, E96, STR
Solyc08g075490	CCD4B	82	E	D	N	0.83	—	E103	—
		272	F	Y	N	0.65	E71	—	—
		295	H	P	N	0.83	—	E55	STR
		486	G	D	N	0.75	—	E55	STR
		488	M	L	N	0.83	—	E55	STR
		501	V	I	N	0.83	—	E55	STR
		518	K	E	N	0.83	—	E55	STR
Solyc10g081650	CtrISO	41	I	R	N	0.71	—	E49	STR, ZBR
		362	V	A	D	0.76	—	E49	STR, ZBR
Solyc11g011990	PTOX	89	D	G	N	0.83	—	E16, E72, E113	E105, URI, ZBR
		106	N	S	N	0.83	—	E16, E72, E113	E105, ZBR
Solyc11g069380	HDS	475	I	T	N	0.74	—	E45	—

N = Neutral; D = Deleterious.