Skip to main content
. 2001 Jul 31;98(16):9056–9061. doi: 10.1073/pnas.161280798

Table 2.

Geometry* of Cα—H⋅⋅⋅O contacts in GpA-like motifs

Donor Acceptor dH, Å d, Å ζ, deg ξ, deg θ, deg
Ideal values
 C—H O⩵C ≤ 2.7 ≤ 3.8 180 120 0
Glycophorin A (1afo): model 19 (average of 20 models)
 G79—2Hα I76—O 2.6 (3.5) 3.6 (4.5) 156 119 37
 V80—Hα G79—O 2.1 (2.5) 2.9 (3.3) 129 102 71
 G83—2Hα V80—O 2.6 (2.8) 3.7 (3.9) 170 112 40
 V84—Hα T87—Oγ 2.6 (2.7) 3.5 (3.6) 140 133
Glycerol facilitator (1fx8): helix 1–helix 4
 F15—Hα S92—O 2.5 3.5 149 118 59
 G19—1Hα G96—O 2.6 3.3 122 103 45
 Q93—Hα E14—O 3.2 4.3 156 114 84
 Q93—Hα T18—Oγ 2.7 3.6 142 94
 G96—2Hα F15—O 2.4 3.4 145 123 45
Glycerol facilitator (1fx8): helix 5–helix 8
 P240—Hα T156—Oγ 2.5 3.4 147 89
 G243—2Hα M153—O 2.8 3.5 124 113 47
 A244—Hα T156—O 3.1 4.1 148 104 82
 A157—Hα G243—O 2.2 3.0 123 127 50
 G247—2Hα A157—O 2.4 3.3 134 107 57
 G161—1Hα G247—O 3.3 3.9 116 105 34
Calcium ATPase (1eul): helix 5–helix 7
 A762—Hα T837—Oη 3.3 4.0 127 67 33
 S776—Hα T837—O 3.4 4.2 130 93 6
 G770—1Hα G841—O 3.1 3.8 116 93 13
 C774—Hα G845—O 2.6 3.2 117 120 5
 G841—1Hα S766—O 2.9 3.4 111 137 6
 G845—1Hα G770—O 2.5 3.3 129 91 10
*

Nomenclature according to Derewenda et al. (14), defined in Fig. 1A

Average of the symmetric interactions on the two sides of the interface. 

Average of all 40 symmetric interactions in the 20 NMR models.