Table 2.
The expression of piRNAs correlated with the genome-wide significant replicated risk SNPs for AD (p<0.008)
| Gene (chr) | LOC105373605 (chr2) | APOJ (chr8) | SORL1 (chr11) | RNU6-560P (chr11) | SLC24A4 (chr14) | NECTIN2-TOMM40-APOE-APOC1 (chr19) | CD33 (chr19) | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SNPs | rs6733839 | rs744373 | rs7561528 | rs2279590 | rs9331896 | rs11218343 | rs3851179 | rs10792832 | rs10498633 | rs2075650 | rs429358 | rs4420638 | ε2/ε3/ε4 | rs3865444 | |
| In cases and controls | |||||||||||||||
| DQ571669 | VPS53 | 3.7×10−3 | 4.7×10−3 | ||||||||||||
| DQ573352 | ABCA13 | 7.3×10−3 | |||||||||||||
| DQ573721 | - | 1.1×10−3 | |||||||||||||
| DQ574452 | to_KCNK10 | 6.0×10−3 | |||||||||||||
| DQ577835 | FAM225B | 3.0×10−3 | |||||||||||||
| DQ579851 | to_PGPEP1L | 8.8×10−4 | 2.9×10−3 | ||||||||||||
| DQ581441 | to_CHST1 | 3.5×10−3 | |||||||||||||
| DQ581734 | TYSND1 | 2.8×10−4 | 3.4×10−4 | ||||||||||||
| DQ583613 | to_HIST1H4H | 6.7×10−3 | |||||||||||||
| DQ584325 | to_C2CD4B | 2.2×10−3 | |||||||||||||
| DQ584637 | AGAP1 | 1.2×10−3 | |||||||||||||
| DQ584879 | CYP19A1 | 7.5×10−3 | |||||||||||||
| DQ584936 | to_METTL14 | 3.5×10−3 | |||||||||||||
| DQ592330 | to_ELFN2 | 3.3×10−4 | |||||||||||||
| DQ594768 | to_CHEK2P2 | 3.5×10−3 | |||||||||||||
| DQ597396 | to_UBASH3B | 6.1×10−3 | |||||||||||||
| DQ597397 | to_UBASH3B | 2.7×10−4 | 6.0×10−4 | ||||||||||||
| DQ597401 | to_VN1R10P | 3.1×10−3 | 5.4×10−3 | ||||||||||||
| DQ597402 | to_VN1R10P | 4.1×10−3 | 5.9×10−3 | ||||||||||||
| DQ597403 | to_VN1R10P | 3.4×10−3 | 4.6×10−3 | ||||||||||||
| DQ597886 | to_ILF2 | 7.5×10−3 | |||||||||||||
| DQ598571 | to_CHST1 | 4.8×10−3 | |||||||||||||
| DQ600318 | LRRC37A3 | 7.0×10−3 | 2.3×10−4 | ||||||||||||
| In controls | |||||||||||||||
| DQ574023 | to_B3GALTL | 9.2×10−5 | |||||||||||||
| DQ576492 | LINC00837 | 3.6×10−3 | |||||||||||||
| DQ577835* | FAM225B | 5.1×10−3 | |||||||||||||
| DQ584879* | CYP19A1 | 6.4×10−3 | |||||||||||||
| DQ586113 | to_EVPLL | 3.0×10−3 | |||||||||||||
| DQ590261 | ANKRD20A19P | 1.2×10−3 | 1.2×10−3 | ||||||||||||
| DQ597109 | to_HIST1H4H | 5.7×10−3 | |||||||||||||
| DQ597397* | to_UBASH3B | 3.8×10−3 | 4.6×10−3 | 4.6×10−3 | |||||||||||
| DQ597402* | to_VN1R10P | 5.4×10−3 | 5.4×10−3 | ||||||||||||
| DQ598028 | FLJ25328 | 2.9×10−3 | |||||||||||||
| DQ599147 | CTC1 | 6.0×10−3 | |||||||||||||
| DQ599205 | KIAA0319L | 5.9×10−3 | |||||||||||||
| In cases | |||||||||||||||
| DQ597973 | to C11orf87 | 7.3×10−3 | |||||||||||||
| DQ597402* | to_VN1R10P | 7.2×10−3 | |||||||||||||
| DQ598571* | to_CHST1 | 3.8×10−3 | |||||||||||||
| DQ581441* | to_CHST1 | 4.9×10−3 | |||||||||||||
| DQ600513 | to C11orf87 | 6.4×10−3 | |||||||||||||
The correlations with p<α=5×10−4 (=0.05/103 piRNAs) were bold; “to”, proximate to;
*
, appears at least twice in this table.