Table 1. Sequence-specificity of Metallosphaera rRNA degrading VapCs.
Consensus motifs were determined by aligning cleavage sites identified from primer extension using MS2 bacteriophage RNA. Sequences 5′ → 3′.
| Toxin | Alignment | # Motifs in rRNA | ||||||||||||
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| 16S | 23S | |||||||||||||
| VapC4 (Msed_0899) | ||||||||||||||
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| Cleavage sites | M5 | A | A | G | ▼ | A | ▼ | A | G | U | U | |||
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| M5 | U | C | G | ▼ | A | ▼ | A | G | A | C | ||||
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| Consensus motifs | 1 | G | A | A | G | 6 | 27 | |||||||
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| VapC7 (Msed_1214) | ||||||||||||||
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| Cleavage sites | S1 | C | U | A | G | ▼ | G | A | G | ▼ | G | |||
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| M8 | C | A | A | G | ▼ | A | A | G | ||||||
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| M7 | G | A | A | G | ▼ | A | C | A | ||||||
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| M7 | A | A | A | G | ▼ | A | A | G | ||||||
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| E2 | A | U | A | G | ▼ | A | C | U | ||||||
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| Consensus motifs | 1 | A | A | G | A | 4 | 9 | |||||||
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| 2 | U | A | G | A | 3 | 7 | ||||||||
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| 3 | A | A | G | G | A | 4 | 4 | |||||||
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| 4 | U | A | G | G | A | 1 | 1 | |||||||
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| VapC8 (Msed_1245) | ||||||||||||||
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| Cleavage sites | S1 | C | G | G | A | ▼ | A | U | U | C | ||||
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| S2 | U | U | U | A | ▼ | A | U | G | U | |||||
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| S2 | G | C | U | A | ▼ | A | U | G | C | |||||
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| Consensus motifs | 1 | U | A | A | U | 3 | 4 | |||||||
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| 2 | G | A | A | U | 7 | 9 | ||||||||