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. 2017 Sep 12;3(9):e00400. doi: 10.1016/j.heliyon.2017.e00400

Table 1.

Detailed Bisulfite Pyrosequencing Analyses.

Gene PCR Primer sequence Annealing T. (°C) PCR product (bp) Sequencing Primer CpG sites
AluYb8 F: 5′-AGATTATTTTGGTTAATAAG-3′
R (Bt): 5′-AACTACRAACTACAATAAC-3′
49 178 1: 5′-GTTTGTAGTTTTAGTTATT-3′ 5
LINE1 F (Bt): 5′-TAGGGAGTGTTAGATAGTGG-3′
R: 5′-AACTCCCTAACCCCTTAC-3′
58 109 1: 5′-CAAATAAAACAATACCTC-3′ 7
OGG1 F: 5′-GTGGTTTTGAAGAYGGATAGT-3′
R (Bt): 5′-CTCCAAAAACAAACCACAAC-3′
58 267 1: 5′-AGTTTTGAGGAAT-3′
2: 5′-GAGAGTTTAGTGT-3′
7
8
SEPP1 F: 5′-GAAATTGTGTATTYGGGGAGT-3′
R (Bt): 5′-ACTCTAACAAAACATTCCACC-3′
58 307 1: 5′-ATTGATAGATATAGA-3′
2: 5′-GTTAGTTTGAGTGA-3′
4
5
SOD2 F: 5′-GTTAGTGTTGGTGTTATYGTTGATG-3′
R (Bt): 5′-ACTAACCTACAACCTCCTTTCTC −3′
58 293 1: 5′-AGTGTTGGTGTTAT-3′
2: 5′-AGTTATTATAGTTA-3′
3: 5′-GGGGAGTAGGGT-3′
4: 5′-GGGGGTGTTTTG-3′
5
8
10
9
XRCC1 F: 5′-GGTTAGAAGGATGAGGTAGAG-3′
R (Bt): 5′-ATCRCTTCTATTACTAAACTCCC-3′
55 309 1: 5′-GTTGGTTAAAGTG-3′
2: 5′-GATATTGYGTAAGT-3′
13
8

F: Forward primer; R: Reverse primer; Bt: Biotinylated primer.