Table S3.

AMI on cancer gene expression datasets

Dataset	$k$-means++	GMM	fuzzy	MS	AC-C	AC-W	N-Cuts	AP	Zell	SEC	LDMGI	PIC	RCC	RCC-DR
Alizadeh-2000-v1	0.340	0.024	0.156	0.000	0.021	0.101	0.096	0.232	0.250	0.238	0.123	0.033	0.000	0.426
Alizadeh-2000-v2	0.568	0.922	0.570	0.631	0.543	0.922	0.922	0.563	0.922	0.922	0.738	0.922	1.000	1.000
Alizadeh-2000-v3	0.586	0.604	0.591	0.530	0.417	0.616	0.601	0.540	0.702	0.574	0.582	0.625	0.792	0.792
Armstrong-2002-v1	0.372	0.372	0.372	0.202	0.323	0.308	0.372	0.381	0.308	0.323	0.355	0.308	0.528	0.546
Armstrong-2002-v2	0.891	0.803	0.460	0.495	0.775	0.746	0.838	0.586	0.802	0.891	0.509	0.802	0.642	0.838
Bhattacharjee-2001	0.444	0.406	0.471	0.242	0.389	0.601	0.563	0.377	0.496	0.570	0.378	0.378	0.495	0.600
Bittner-2000	−0.012	−0.002	−0.002	0.000	0.013	0.002	0.042	0.243	0.115	−0.002	0.014	0.115	−0.016	0.156
Bredel-2005	0.297	0.208	0.297	−0.000	0.324	0.384	0.203	0.139	0.278	0.259	0.295	0.278	0.468	0.466
Chen-2002	0.570	0.622	0.570	0.155	0.413	0.441	−0.005	0.347	−0.005	−0.005	0.592	−0.005	0.293	0.326
Chowdary-2006	0.764	0.808	0.764	0.488	0.764	0.859	0.859	0.443	0.859	0.859	0.859	0.859	0.360	0.393
Dyrskjot-2003	0.507	0.532	0.503	0.063	0.332	0.474	0.303	0.558	0.269	0.389	0.385	0.177	0.359	0.383
Garber-2001	0.242	0.137	0.156	−0.000	0.314	0.210	0.204	0.274	0.246	0.200	0.191	0.246	0.240	0.173
Golub-1999-v1	0.688	0.583	0.688	0.418	0.044	0.831	0.650	0.430	0.615	0.615	0.615	0.615	0.527	0.490
Golub-1999-v2	0.680	0.730	0.708	0.571	0.642	0.737	0.693	0.516	0.689	0.703	0.600	0.689	0.656	0.597
Gordon-2002	0.651	0.669	0.651	0.432	0.646	0.483	0.681	0.304	−0.005	0.791	0.669	0.664	0.349	0.343
Laiho-2007	−0.007	0.184	−0.007	−0.032	−0.017	−0.007	0.030	0.061	0.073	−0.007	0.093	0.044	0.000	0.000
Lapointe-2004-v1	0.088	0.141	0.117	0.101	0.039	0.151	0.179	0.162	0.151	0.088	0.149	0.151	0.171	0.156
Lapointe-2004-v2	0.008	0.013	0.160	0.002	0.173	0.033	0.153	0.210	0.147	0.028	0.118	0.171	0.155	0.239
Liang-2005	0.301	0.301	0.301	0.078	0.301	0.301	0.301	0.481	0.301	0.301	0.301	0.301	0.401	0.419
Nutt-2003-v1	0.171	0.137	0.082	0.123	0.074	0.159	0.156	0.116	0.109	0.086	0.078	0.113	0.142	0.129
Nutt-2003-v2	−0.025	−0.025	−0.025	0.000	−0.025	−0.024	−0.025	−0.027	−0.031	−0.025	−0.027	−0.030	−0.030	−0.029
Nutt-2003-v3	0.063	0.259	0.063	−0.053	0.105	0.004	0.080	−0.002	0.059	0.080	0.174	0.059	0.000	0.000
Pomeroy-2002-v1	−0.012	−0.022	−0.012	−0.000	0.105	−0.020	−0.006	0.061	−0.020	0.008	−0.026	−0.020	0.111	0.140
Pomeroy-2002-v2	0.502	0.544	0.580	0.434	0.601	0.591	0.617	0.586	0.568	0.577	0.602	0.568	0.582	0.582
Ramaswamy-2001	0.618	0.650	0.636	0.009	0.511	0.623	0.651	0.592	0.618	0.620	0.663	0.639	0.635	0.676
Risinger-2003	0.210	0.194	0.203	0.000	0.114	0.297	0.223	0.309	0.201	0.258	0.153	0.201	0.227	0.248
Shipp-2002-v1	0.264	0.149	0.179	−0.005	0.050	0.208	0.132	0.113	−0.002	0.168	0.203	−0.002	0.134	0.124
Singh-2002	0.048	0.029	0.048	0.071	0.069	0.019	0.033	0.123	−0.003	0.069	−0.003	0.066	0.034	0.034
Su-2001	0.666	0.720	0.660	0.539	0.595	0.662	0.738	0.657	0.687	0.650	0.667	0.660	0.725	0.702
Tomlins-2006-v2	0.368	0.333	0.261	0.000	0.152	0.215	0.292	0.340	0.226	0.383	0.354	0.311	0.348	0.373
Tomlins-2006	0.396	0.366	0.568	−0.000	0.279	0.454	0.409	0.374	0.647	0.469	0.419	0.590	0.485	0.513
West-2001	0.489	0.413	0.489	0.234	0.442	0.489	0.442	0.258	0.515	0.489	0.442	0.515	0.391	0.391
Yeoh-2002-v1	0.914	0.160	0.282	0.000	0.175	0.746	1.000	0.336	0.916	0.951	0.857	0.916	0.937	0.430
Yeoh-2002-v2	0.385	0.343	0.428	0.000	0.355	0.383	0.479	0.405	0.530	0.550	0.337	0.442	0.496	0.465
Mean	0.383	0.362	0.352	0.168	0.296	0.382	0.380	0.326	0.360	0.384	0.366	0.365	0.372	0.386

For each dataset, the maximum achieved AMI is highlighted in bold.