Table 2.
Taxonomic classification of clones and isolates
| Phylum | Class | Number of clones | Number of isolates | ||||||||||||||
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| Iris pseudacorus | Scirpus juncoides | Pond water | Iris pseudacorus | Scirpus juncoides | Pond water | ||||||||||||
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| DTSA | DTSG | DR2A | DR2G | Total | DTSA | DTSG | DR2A | DR2G | Total | DTSA | DTSG | Total | |||||
| Proteobacteria | 54 (56.8) | 54 (56.8) | 57 (60.0) | 39 (86.7) | 36 (80.0) | 18 (72.0) | 20 (80.0) | 113 (80.7) | 42 (93.3) | 37 (82.2) | 24 (96.0) | 25 (100) | 128 (91.4) | 42 (93.3) | 21 (46.7) | 63 (70.0) | |
| Alphaproteobacteria | 27 (28.4) | 17 (17.9) | 6 (6.3) | 29 (64.4) | 21 (46.7) | 14 (56.0) | 13 (52.0) | 77 (55.0) | 16 (35.6) | 18 (40.0) | 15 (60.0) | 15 (60.0) | 64 (45.7) | 9 (20.0) | 16 (35.6) | 25 (27.8) | |
| Betaproteobacteria | 21 (22.1) | 27 (28.4) | 44 (46.3) | 10 (22.2) | 15 (33.3) | 4 (16.0) | 7 (28.0) | 36 (25.7) | 26 (57.8) | 19 (42.2) | 8 (32.0) | 10 (40.0) | 63 (45.0) | 33 (73.3) | 1 (2.2) | 34 (37.8) | |
| Gammaproteobacteria | 4 (4.2) | 4 (4.2) | 1 (4.0) | 1 (0.7) | 4 (8.9) | 4 (4.4) | |||||||||||
| Deltaproteobacteria | 6 (6.3) | 6 (6.3) | 2 (2.1) | ||||||||||||||
| Unclassified | 1 (1.1) | ||||||||||||||||
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| Acidobacteria | 8 (8.4) | 18 (18.9) | 3 (6.7) | 5 (11.1) | 4 (16.0) | 3 (12.0) | 15 (10.7) | 1 (2.2) | 2 (4.4) | 3 (2.1) | |||||||
| Holophagae | 2 (2.1) | 1 (4.0) | 1 (0.7) | ||||||||||||||
| Acidobacteriia | 5 (5.3) | 3 (6.7) | 5 (11.1) | 2 (8.0) | 3 (12.0) | 13 (9.3) | 1 (2.2) | 2 (4.4) | 3 (2.1) | ||||||||
| Solibacteres | 2 (2.1) | ||||||||||||||||
| Subdivision 3 | 1 (1.1) | 15 (15.8) | 1 (4.0) | 1 (0.7) | |||||||||||||
| Subdivision 6 | 1 (1.1) | ||||||||||||||||
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| Actinobacteria | 2 (2.1) | 4 (4.2) | 7 (7.4) | 1 (2.2) | 1 (2.2) | 2 (8.0) | 1 (4.0) | 5 (3.6) | 1 (2.2) | 2 (4.4) | 3 (2.1) | 2 (4.4) | 2 (2.2) | ||||
| Actinobacteria | 2 (2.1) | 4 (4.2) | 7 (7.4) | 1 (2.2) | 1 (2.2) | 2 (8.0) | 1 (4.0) | 5 (3.6) | 1 (2.2) | 2 (4.4) | 3 (2.1) | 2 (4.4) | 2 (2.2) | ||||
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| Armatimonadetes | 2 (2.1) | 1 (1.1) | 1 (1.1) | ||||||||||||||
| Armatimonadia | 1 (1.1) | ||||||||||||||||
| Unclassified | 2 (2.1) | 1 (1.1) | |||||||||||||||
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| Bacteroidetes | 11 (11.6) | 3 (3.2) | 23 (24.2) | 1 (2.2) | 1 (2.2) | 1 (4.0) | 3 (2.1) | 1 (2.2) | 1 (0.7) | 1 (2.2) | 24 (53.3) | 25 (27.8) | |||||
| Bacteroidia | 1 (1.1) | ||||||||||||||||
| Cytophagia | 6 (6.3) | ||||||||||||||||
| Flavobacteriia | 5 (5.3) | 1 (2.2) | 23 (51.1) | 24 (26.7) | |||||||||||||
| Sphingobacteriia | 1 (1.1) | 3 (3.2) | 9 (9.5) | 1 (2.2) | 1 (2.2) | 2 (1.4) | 1 (2.2) | 1 (0.7) | 1 (2.2) | 1 (1.1) | |||||||
| Unclassified | 9 (9.5) | 3 (3.2) | 1 (4.0) | 1 (0.7) | |||||||||||||
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| Chloroflexi | 1 (1.1) | ||||||||||||||||
| Unclassified | 1 (1.1) | ||||||||||||||||
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| Cyanobacteria | 6 (6.3) | 2 (2.1) | |||||||||||||||
| Cyanobacteria | 6 (6.3) | 2 (2.1) | |||||||||||||||
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| Firmicutes | 6 (6.3) | ||||||||||||||||
| Clostridia | 3 (3.2) | ||||||||||||||||
| Negativicutes | 2 (2.1) | ||||||||||||||||
| Unclassified | 1 (1.1) | ||||||||||||||||
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| Fusobacteria | 2 (2.1) | ||||||||||||||||
| Fusobacteriia | 2 (2.1) | ||||||||||||||||
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| “Latescibacteria” | 1 (1.1) | ||||||||||||||||
| Unclassified | 1 (1.1) | ||||||||||||||||
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| Planctomycetes | 3 (3.2) | ||||||||||||||||
| Planctomycetacia | 3 (3.2) | ||||||||||||||||
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| Spirochaetes | 4 (4.2) | ||||||||||||||||
| Spirochaetes | 4 (4.2) | ||||||||||||||||
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| Verrucomicrobia | 4 (4.2) | 2 (2.1) | 2 (2.1) | 1 (2.2) | 2 (4.4) | 1 (4.0) | 4 (2.9) | 1 (2.2) | 3 (6.7) | 1 (4.0) | 5 (3.6) | ||||||
| Opitutae | 2 (2.1) | 1 (2.2) | 2 (4.4) | 1 (4.0) | 4 (2.9) | 1 (2.2) | 3 (6.7) | 1 (4.0) | 5 (3.6) | ||||||||
| Spartobacteria | 1 (1.1) | ||||||||||||||||
| Verrucomicrobiae | 1 (1.1) | ||||||||||||||||
| Subdivision 3 | 3 (3.2) | 1 (1.1) | |||||||||||||||
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| Unclassified | 3 (3.2) | 3 (3.2) | 1 (1.1) | ||||||||||||||
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| Total | 95 (100) | 95 (100) | 95 (100) | 45 (100) | 45 (100) | 25 (100) | 25 (100) | 140 (100) | 45 (100) | 45 (100) | 25 (100) | 25 (100) | 140 (100) | 45 (100) | 45 (100) | 90 (100) | |
Abundances (%) of clones and isolates were shown in parentheses. Bold type indicates the numbers and abundances of microbes at the phylum level.