Table 3.
C–C interaction between AlgQ2 and alginate oligosaccharide
| AlgM1M2SS/AlgQ2 + 6–8M |
AlgQ2 + 7–10M |
AlgM1M2SS/AlgQ2 + Δ3M |
AlgQ2 + Δ3M |
||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Sugar | Atom | Amino acid | Atom | Distance | Sugar | Atom | Amino acid | Atom | Distance | Sugar | Atom | Amino acid | Atom | Distance | Sugar | Atom | Amino acid | Atom | Distance |
| Å | Å | Å | Å | ||||||||||||||||
| M1 | C4 | Trp-399 | CH2 | 4.4 | M1 | C1 | Trp-270 | CD2 | 4.0 | M1 | C1 | Trp-270 | CE2 | 4.4 | M1 | C1 | Trp-270 | CZ3 | 3.9 |
| M1 | C4 | Trp-399 | CZ2 | 4.3 | M1 | C1 | Trp-270 | CE3 | 4.1 | M1 | C1 | Trp-270 | CD2 | 4.3 | M1 | C1 | Trp-270 | CH2 | 4.0 |
| M1 | C5 | Trp-270 | CB | 4.3 | M1 | C1 | Trp-270 | CE2 | 4.0 | M1 | C1 | Trp-270 | CE3 | 4.0 | M1 | C1 | Trp-270 | CD2 | 3.9 |
| M1 | C5 | Trp-270 | CG | 4.2 | M1 | C1 | Trp-270 | CZ2 | 4.1 | M1 | C1 | Trp-270 | CZ3 | 3.7 | M1 | C1 | Trp-270 | CE3 | 3.9 |
| M1 | C5 | Trp-270 | CD2 | 4.0 | M1 | C1 | Trp-270 | CZ3 | 4.1 | M1 | C1 | Trp-270 | CH2 | 3.8 | M1 | C1 | Trp-270 | CE2 | 4.0 |
| M1 | C5 | Trp-270 | CE3 | 3.9 | M1 | C1 | Trp-270 | CH2 | 4.2 | M1 | C1 | Trp-270 | CZ2 | 4.2 | M1 | C1 | Trp-270 | CZ2 | 4.1 |
| M1 | C6 | Ser-273 | CB | 4.0 | M1 | C3 | Glu-396 | CD | 3.9 | M1 | C3 | Glu-396 | CD | 4.2 | M1 | C3 | Glu-396 | CD | 4.0 |
| M1 | C6 | Trp-270 | CD1 | 4.2 | M1 | C4 | Trp-399 | CH2 | 4.1 | M1 | C4 | Glu-396 | CD | 4.3 | M1 | C3 | Trp-270 | CZ3 | 4.1 |
| M1 | C6 | Trp-270 | CB | 3.3 | M1 | C4 | Trp-399 | CZ2 | 4.2 | M1 | C4 | Trp-399 | CH2 | 4.0 | M1 | C3 | Trp-270 | CE3 | 4.2 |
| M1 | C6 | Trp-270 | CG | 3.5 | M1 | C4 | Glu-396 | CD | 4.0 | M1 | C4 | Trp-399 | CZ2 | 4.2 | M1 | C4 | Glu-396 | CD | 3.7 |
| M1 | C6 | Trp-270 | CD2 | 3.8 | M1 | C5 | Trp-270 | CB | 3.8 | M1 | C5 | Trp-270 | CD2 | 4.3 | M1 | C4 | Trp-270 | CZ3 | 4.3 |
| M1 | C6 | Trp-270 | CE3 | 4.1 | M1 | C5 | Trp-270 | CG | 3.8 | M1 | C5 | Trp-270 | CE3 | 4.0 | M1 | C4 | Trp-270 | CE3 | 3.8 |
| M1 | C5 | Trp-270 | CD2 | 3.6 | M1 | C6 | Trp-399 | CH2 | 4.1 | M1 | C5 | Asn-375 | CG | 4.4 | |||||
| M1 | C5 | Trp-270 | CE3 | 3.6 | M1 | C6 | Trp-270 | CG | 4.3 | M1 | C5 | Trp-270 | CZ3 | 4.4 | |||||
| M1 | C5 | Trp-270 | CZ3 | 4.4 | M1 | C6 | Trp-270 | CD2 | 4.4 | M1 | C5 | Trp-270 | CB | 4.0 | |||||
| M1 | C6 | Ser-273 | CB | 3.6 | M1 | C6 | Trp-270 | CE3 | 4.3 | M1 | C5 | Trp-270 | CG | 4.0 | |||||
| M1 | C6 | Ser-273 | CA | 4.4 | M1 | C6 | Trp-270 | CB | 4.0 | M1 | C5 | Trp-270 | CD2 | 3.8 | |||||
| M1 | C6 | Trp-399 | CH2 | 4.1 | M1 | C6 | Ser-273 | CB | 4.0 | M1 | C5 | Trp-270 | CE3 | 3.7 | |||||
| M1 | C6 | Trp-270 | CB | 3.4 | M1 | C6 | Ser-273 | CB | 3.7 | ||||||||||
| M1 | C6 | Trp-270 | CG | 3.8 | M1 | C6 | Asn-375 | CG | 4.3 | ||||||||||
| M1 | C6 | Trp-270 | CD2 | 4.2 | M1 | C6 | Trp-399 | CH2 | 4.1 | ||||||||||
| M1 | C6 | Trp-270 | CB | 3.3 | |||||||||||||||
| M1 | C6 | Trp-270 | CG | 3.8 | |||||||||||||||
| M1 | C6 | Trp-270 | CD2 | 4.1 | |||||||||||||||
| M1 | C6 | Trp-270 | CE3 | 4.2 | |||||||||||||||
| M2 | C2 | His-187 | CE1 | 4.3 | M2 | C2 | His-187 | CE1 | 3.9 | M2 | C2 | Arg-186 | CZ | 4.4 | M2 | C2 | His-187 | CE1 | 3.7 |
| M2 | C5 | Arg-20 | CZ | 4.2 | M2 | C2 | Trp-270 | CE2 | 4.4 | M2 | C2 | His-187 | CE1 | 3.9 | M2 | C3 | Trp-270 | CE2 | 4.3 |
| M2 | C6 | Tyr-129 | CE2 | 4.3 | M2 | C3 | Trp-270 | CD1 | 4.3 | M2 | C4 | Trp-270 | CE2 | 4.3 | M2 | C4 | Trp-270 | CH2 | 4.4 |
| M2 | C3 | Trp-270 | CE2 | 4.2 | M2 | C4 | Trp-270 | CH2 | 4.3 | M2 | C4 | Trp-270 | CE2 | 3.9 | |||||
| M2 | C4 | Trp-270 | CE2 | 3.9 | M2 | C4 | Trp-270 | CZ2 | 4.0 | M2 | C4 | Trp-270 | CZ2 | 3.8 | |||||
| M2 | C4 | Trp-270 | CZ2 | 3.8 | M2 | C6 | Tyr-129 | CZ | 4.3 | ||||||||||
| M2 | C5 | Arg-20 | CZ | 4.3 | M2 | C6 | Tyr-129 | CE2 | 4.1 | ||||||||||
| M2 | C6 | Tyr-129 | CZ | 4.3 | M2 | C6 | Arg-313 | CD | 4.3 | ||||||||||
| M2 | C6 | Tyr-129 | CE2 | 4.1 | |||||||||||||||
| M3 | C2 | Arg-313 | CZ | 4.2 | M3 | C4 | His-187 | CD2 | 4.4 | M3 | C2 | Arg-313 | CZ | 4.1 | |||||
| M3 | C3 | Arg-313 | CZ | 4.1 | M3 | C5 | His-187 | CD2 | 3.9 | M3 | C3 | Arg-313 | CZ | 4.0 | |||||
| M3 | C4 | Arg-20 | CG | 4.3 | M3 | C6 | Arg-20 | CD | 4.4 | M3 | C5 | His-187 | CD2 | 4.0 | |||||
| M3 | C4 | Arg-20 | CD | 4.4 | M3 | C6 | Lys-22 | CE | 4.2 | M3 | C6 | His-187 | CD2 | 4.0 | |||||
| M3 | C5 | His-187 | CD2 | 4.3 | |||||||||||||||
| M3 | C5 | Arg-20 | CG | 4.4 | |||||||||||||||
| M3 | C6 | Arg-20 | CB | 4.2 | |||||||||||||||
| M3 | C6 | His-187 | CD2 | 4.3 | |||||||||||||||
| M3 | C6 | Arg-20 | CG | 4.0 | |||||||||||||||
| M3 | C6 | Arg-20 | CD | 4.2 | |||||||||||||||
| M4 | C2 | Asp-21 | CG | 4.3 | M4 | C2 | Asp-21 | CG | 3.7 | M4 | C2 | Asp-21 | CG | 4.0 | |||||
| M4 | C3 | Asp-21 | CG | 4.2 | M4 | C3 | Asp-21 | CG | 4.3 | M4 | C3 | Arg-20 | CA | 3.9 | |||||
| M4 | C6 | Tyr-208 | CD2 | 4.3 | M4 | C3 | Arg-20 | C | 4.4 | ||||||||||
| M4 | C5 | Asn-75 | CG | 4.3 | |||||||||||||||
| M5 | C1 | Arg-442 | CD | 4.2 | M5 | C1 | Tyr-446 | CG | 4.4 | ||||||||||
| M5 | C1 | Thr-443 | CA | 4.4 | M5 | C2 | Tyr-446 | CE1 | 4.3 | ||||||||||
| M5 | C2 | Arg-442 | CD | 4.1 | M5 | C2 | Tyr-446 | CG | 3.8 | ||||||||||
| M5 | C2 | Tyr-446 | CG | 4.2 | M5 | C2 | Tyr-446 | CD1 | 4.2 | ||||||||||
| M5 | C2 | Tyr-446 | CD2 | 4.4 | M5 | C2 | Tyr-446 | CZ | 4.1 | ||||||||||
| M5 | C2 | Tyr-446 | CB | 4.2 | M5 | C2 | Tyr-446 | CE2 | 3.7 | ||||||||||
| M5 | C3 | Tyr-446 | CG | 4.4 | M5 | C2 | Tyr-446 | CD2 | 3.6 | ||||||||||
| M5 | C3 | Tyr-446 | CD2 | 4.3 | M5 | C3 | Tyr-446 | CZ | 4.3 | ||||||||||
| M5 | C3 | Tyr-446 | CE2 | 4.1 | |||||||||||||||
| M5 | C6 | Gln-55 | CG | 4.3 | |||||||||||||||