Table S1.
Methylation motifs in Campylobacter isolates
| Recognition sequence | Laboratory strains | Human isolate F38011 (19) | Sheep isolate IA3902 (20) | C. coli BfR-CA-9557 (21) | C. peloridis (22) | C. subantarcticus | UPTC NCTC 11845 (22) | Campylobacter spp. RM16704 (22) | ||
| 81–176 (18) | 11168 (18) | LMB 24374 (22) | LMG 24377 (22) | |||||||
| RAATTY | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + |
| GATC | − | − | − | − | + | + | + | + | + | − |
| TAAYN5TGC | + | + | − | + | +/− | − | − | − | − | − |
| CAAGAA | − | − | − | − | + | + | − | − | − | − |
| GCAAGG | + | +/− | +/− | + | − | − | − | − | − | − |
| GAGN5GT | − | + | − | +/− | − | − | − | − | − | − |
| CAAYN6ACT | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| GGRCA | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| GAGN5RTG | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − |
| AN4CGNAAATTY | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − |
| CTAN8TAYC | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − |
| GAAGAA | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − |
| RCATC | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − |
| GGGTDA | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − |
| DACATTGB | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − |
| TAAAN5TTTA* | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − |
| CACN5TTTA* | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − |
| CAAYN7TTYG† | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − |
| CRAAN7RTTG† | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − |
| GGRAT | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − |
| TAAYN6RTTG | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − |
| ACCTA‡ | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − |
| ATCN7TCC | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| GAYN7TYTC | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| GNCGAA | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| AACCA | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| GGAAY‡ | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| GAGG | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − |
| GTRGAG | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − |
| CCAAT | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − |
| GWCAT | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − |
| GCGAA | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − |
| CAYN6RTG | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − |
| GANTC | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + |
| GCATC | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + |
| CGAN8ACA | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + |
Methylation motifs were determined using SMRT sequencing. Ambiguous nucleotides are denoted using IUPAC ambiguity codes. +/− indicates that the motif contains one nucleotide difference between the two strains. Underlining indicates the methylated base.
*
and † indicate double-stranded motifs where the methylation occurs in different spots on each strand.
‡
Indicates that ≈50% of DNA was methylated.