Table 1.
Top 20 up- and downregulated genes in BMDMs infected with Hypervirulent M.tb vs. BMDMs infected with Hypovirulent M.tb.
| Gene symbol |
Total reads (mean) |
P-value |
FDR step up |
Fold change (Hyper vs. Hypo) |
|---|---|---|---|---|
| Upregulated | ||||
| Hdc | 3.93E + 02 | 5.92E − 05 | 1.65E − 02 | 12.14 |
| Ccl5 | 1.16E + 05 | 1.65E − 04 | 2.57E − 02 | 10.54 |
| U90926 | 9.80E + 02 | 4.16E − 04 | 3.74E − 02 | 9.00 |
| Peg10 | 1.32E + 02 | 2.03E − 04 | 2.89E − 02 | 4.95 |
| Oasl1 | 1.48E + 04 | 6.44E − 04 | 4.63E − 02 | 4.63 |
| Gbp5 | 9.21E + 03 | 7.34E − 04 | 4.83E − 02 | 4.27 |
| Il27 | 2.78E + 02 | 4.38E − 04 | 3.83E − 02 | 4.25 |
| Saa3 | 3.38E + 05 | 1.55E − 04 | 2.48E − 02 | 4.14 |
| Lcn2 | 2.19E + 04 | 6.42E − 05 | 1.67E − 02 | 4.05 |
| Gbp4 | 3.73E + 02 | 2.58E − 04 | 3.25E − 02 | 3.63 |
| Cxcl10 | 3.13E + 04 | 6.96E − 05 | 1.69E − 02 | 3.55 |
| Cfb | 3.50E + 04 | 3.62E − 04 | 3.63E − 02 | 3.50 |
| Arhgef37 | 3.60E + 02 | 5.51E − 04 | 4.26E − 02 | 3.39 |
| Tbx10 | 9.70E + 01 | 7.82E − 04 | 4.98E − 02 | 3.22 |
| Tnfsf10 | 1.62E + 03 | 2.51E − 04 | 3.24E − 02 | 3.15 |
| Plekha4 | 1.65E + 02 | 4.09E − 04 | 3.74E − 02 | 3.14 |
| Pydc3 | 1.15E + 03 | 2.94E − 04 | 3.37E − 02 | 3.12 |
| Arid5a | 1.00E + 03 | 1.37E − 04 | 2.35E − 02 | 3.05 |
| 4930413G21Rik | 1.35E + 02 | 6.03E − 04 | 4.50E − 02 | 2.98 |
| Gbp7 | 1.12E + 04 | 6.53E − 06 | 4.83E − 03 | 2.77 |
| Isg15 | 1.84E + 04 | 4.62E − 04 | 3.91E − 02 | 2.60 |
| Downregulated | ||||
| Smpd3 | 9.50E + 01 | 3.63E − 04 | 3.63E − 02 | −4.65 |
| Ift74 | 2.92E + 02 | 3.34E − 04 | 3.55E − 02 | −3.77 |
| Mpzl1 | 3.29E + 02 | 7.63E − 04 | 4.91E − 02 | −3.75 |
| Rapgef5 | 6.38E + 03 | 5.52E − 04 | 4.26E − 02 | −3.70 |
| Gemin6 | 2.36E + 02 | 3.89E − 04 | 3.70E − 02 | −3.55 |
| Itga8 | 1.08E + 03 | 5.22E − 05 | 1.58E − 02 | −3.48 |
| Slc13a3 | 3.69E + 04 | 5.79E − 04 | 4.38E − 02 | −3.27 |
| Cd36 | 6.45E + 04 | 4.01E − 05 | 1.38E − 02 | −3.04 |
| Rpl22l1 | 1.64E + 03 | 8.31E − 05 | 1.80E − 02 | −2.86 |
| Arhgap26 | 1.05E + 03 | 1.48E − 04 | 2.46E − 02 | −2.78 |
| Fkbp3 | 1.32E + 03 | 3.04E − 04 | 3.40E − 02 | −2.77 |
| Tfrc | 9.16E + 03 | 9.94E − 06 | 5.89E − 03 | −2.62 |
| Zfp932 | 4.26E + 02 | 3.86E − 05 | 1.37E − 02 | −2.46 |
| Il10 | 4.67E + 02 | 4.79E − 05 | 1.51E − 02 | −2.43 |
| Lpl | 1.80E + 05 | 1.00E − 04 | 2.01E − 02 | −2.35 |
| Ispd | 1.05E + 02 | 4.91E − 04 | 4.00E − 02 | −2.32 |
| Zfp874b | 6.39E + 02 | 7.43E − 04 | 4.83E − 02 | −2.29 |
| Mir17hg | 3.70E + 02 | 4.41E − 04 | 3.83E − 02 | −2.26 |
| Myo1b | 2.01E + 03 | 5.36E − 04 | 4.23E − 02 | −2.19 |
| Zfp715 | 3.75E + 03 | 2.17E − 04 | 2.97E − 02 | −2.18 |
| Dkc1 | 2.43E + 03 | 3.42E − 04 | 3.55E − 02 | −2.12 |