Table 1. Genes differentially expressed in MSCs stimulated with CM (PT-7, PT-12, HC-PT-5 or HuH7) in comparison to unstimulated MSCs.
| Gene | Gene ID | P value | RE | P value | RE | P value | RE | P value | RE | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CM | PT-7 | PT-12 | HC-PT-5 | HuH7 | ||||||
| Cytokines | CTGF | 1490 | 0.01 | 1.31 | 0.004 | 1.37 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. |
| CYR61 | 3491 | <0.001 | 1.78 | <0.001 | 1.70 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | |
| TNFSF12 | 8742 | n.c. | n.c. | 0.01 | 1.46 | n.c. | n.c. | 0.046 | 1.32 | |
| CXCL1 | 2919 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.006 | 1.97 | 0.012 | 1.85 | |
| LIF | 3976 | n.c. | n.c. | 0.01 | 1.38 | <0.001 | 1.60 | 0.001 | 1.54 | |
| CSF1 | 1435 | 0.011 | 1.36 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | |
| MIF | 4282 | 0.035 | 1.15 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | |
| PDGFC | 56034 | 0.049 | 1.18 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | |
| CXCL6 | 6372 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.044 | 1.35 | n.c. | n.c. | |
| IL6 | 3569 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.024 | 1.43 | n.c. | n.c. | |
| CXCL14 | 9547 | n.c. | n.c. | <0.001 | 0.56 | n.c. | n.c. | 0.014 | 0.74 | |
| CXCL12 | 6387 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.003 | 0.72 | n.c. | n.c. | |
| Receptors | AMFR | 267 | 0.024 | 1.24 | 0.022 | 1.25 | <0.001 | 1.46 | 0.005 | 1.34 |
| TRAF7 | 84231 | 0.039 | 1.35 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.029 | 1.37 | |
| PDGFRA | 5156 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.036 | 1.36 | 0.032 | 1.37 | |
| IGF1R | 3480 | n.c. | n.c. | 0.002 | 1.86 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | |
| TNFRSF11B | 4982 | n.c. | n.c. | 0.006 | 1.48 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | |
| GPR108 | 56927 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.043 | 1.39 | |
| CD74 | 972 | n.c. | n.c. | 0.042 | 0.79 | n.c. | n.c. | 0.007 | 0.72 | |
| Proteases | FURIN | 5045 | 0.019 | 1.32 | 0.005 | 1.42 | n.c. | n.c. | 0.028 | 1.29 |
| ADAMTS1 | 9510 | 0.002 | 1.46 | 0.002 | 1.47 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | |
| MME | 4311 | 0.009 | 1.26 | n.c. | n.c. | 0.006 | 1.28 | n.c. | n.c. | |
| FAP | 2191 | n.c. | n.c. | <0.001 | 1.51 | n.c. | n.c. | 0.002 | 1.42 | |
| MMP3 | 4314 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.035 | 1.32 | n.c. | n.c. | |
| ADAM9 | 8754 | n.c. | n.c. | 0.037 | 1.32 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | |
| ADAMTSL2 | 9719 | 0.039 | 0.81 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | |
| Adhesionmolecules | CD47 | 961 | 0.024 | 1.43 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. |
| ITGAV | 3685 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.022 | 1.33 | n.c. | n.c. | |
| MCAM | 4162 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.017 | 1.35 | |
| CDH5 | 1003 | 0.04 | 0.71 | 0.03 | 0.70 | <0.001 | 0.51 | 0.011 | 0.65 | |
| CD24 | 1E+08 | 0.005 | 0.73 | n.c. | n.c. | <0.001 | 0.59 | <0.001 | 0.67 | |
| CD99L2 | 83692 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.008 | 0.80 | n.c. | n.c. | |
| Signaling molecules | GDI2 | 2665 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.008 | 1.27 | n.c. | n.c. |
| FOS | 2353 | n.c. | n.c. | 0.003 | 0.72 | 0.004 | 0.72 | 0.001 | 0.70 | |
| JUN | 3725 | 0.014 | 0.78 | 0.027 | 0.80 | 0.03 | 0.81 | n.c. | n.c. | |
| MAPKAPK2 | 9261 | n.c. | n.c. | 0.019 | 0.75 | 0.031 | 0.77 | n.c. | n.c. | |
| CREBBP | 1387 | n.c. | n.c. | 0.013 | 0.75 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | |
| MAP4K3 | 8491 | n.c. | n.c. | 0.025 | 0.80 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | |
| Kinesins | KIF1B | 23095 | n.c. | n.c. | 0.004 | 0.72 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. |
| KIF6 | 221458 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.045 | 0.80 | n.c. | n.c. | |
| KIF1C | 10749 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.003 | 0.69 | |
| Membrane proteins | CAV1 | 857 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.001 | 0.76 | <0.001 | 0.70 |
| CAV2 | 858 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.001 | 0.71 | n.c. | n.c. | |
| Binding proteins | IGFBP5 | 3488 | 0.023 | 0.81 | <0.001 | 0.66 | <0.001 | 0.65 | <0.001 | 0.61 |
| IGFBP3 | 3486 | n.c. | n.c. | n.c. | n.c. | 0.004 | 0.73 | 0.009 | 0.76 | |
| ECM proteins | VCAN | 1462 | n.c. | n.c. | 0.013 | 0.75 | 0.028 | 0.78 | n.c. | n.c. |
RE: Relative expression compared to unstimulated MSCs
n.c.: no changes
ECM: Extracellular matrix