. Author manuscript; available in PMC: 2017 Oct 27.

Published in final edited form as: Syst Appl Microbiol. 2014 Sep 28;37(8):605–612. doi: 10.1016/j.syapm.2014.08.005

Table 2. Rhizobial isolates from bean plants and their relevant characters.

Isolate^a	nifH^b	RNA RFLP^c		Growth in TY with NaCl (%)					Growth in TY medium at pH

		Pattern	Type	0.5	1.0	1.5	2.0	2.5	4.5	5.0	5.5	8.0	8.5	9.0
R. leguminosarum–like group (22)
FH14	+			+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+
FH19	+			+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+
FH31	+			W	−	−	−	−	−	+	+	−	−	−
FH32	+			+	−	−	−	−	W	+	+	+	+	W
FH20	+			+	−	−	−	−	+	+	+	+	−	−
FH23	+			+	W	−	−	−	+	+	+	+	+	W
FH25	+			+	+	−	−	−	−	+	+	+	+	+
FH27	+			+	+	−	−	−	−	+	+	+	+	+
FH34	+			+	−	−	−	−	W	+	+	+	W	W
NH01	+			+	W	−	−	−	W	+	+	+	W	−
NH05	+			+	W	−	−	−	−	+	+	+	W	−
NH06	+	AAAA	1	+	W	−	−	−	+	+	+	+	+	+
NH07	+			ND	ND	ND	ND	ND	−	−	ND	ND	ND	ND
NH10	+			+	−	−	−	−	−	+	+	+	+	−
NH15	+			+	−	−	−	−	−	+	+	+	+	−
NH16	+			+	−	−	−	−	−	+	+	+	+	+
NH37	+			+	W	W	−	−	−	+	+	+	+	+
FH02	ND			++	+	−	−	−	−	+	+	+	+	+
FH08	ND			++	W	−	−	−	−	+	+	+	+	+
FH11	ND			+	W	−	−	−	−	+	+	+	+	+
FH12	ND			+	W	−	−	−	−	+	+	+	+	+
FH13	ND			+	W	−	−	−	−	+	+	+	+	+
R. grahamii (2)
FH29-1	+	AABA	2	+	−	−	−	−	+	+	+	+	+	+
NH18	+	AADA	3	+	+	−	−	−	W	+	+	+	+	−
Ensifer americanum (15)
FG01	+			+	+	W	−	−	−	+	+	+	+	+
FG04	+			+	+	W	−	−	−	+	+	+	+	+
FG08	+			+	+	+	W	−	−	+	+	+	+	+
FG03	ND			+	+	+	W	−	−	+	+	+	+	+
FG09	+			+	+	W	W	−	−	+	+	+	+	+
FG10	+	EAAH	4	+	+	W	W	−	−	+	+	+	+	+
NG13	ND	EAAH	4	+	+	+	W	−	−	+	+	+	+	+
NG07A	+			+	+	+	−	−	−	+	+	+	+	+
NG07B	+			+	+	+	W	−	−	+	+	+	+	+
NG12	+			+	+	+	−	−	−	+	+	+	+	+
NG16	+			+	+	+	−	−	−	+	+	+	+	+
NG35	ND			+	+	W	−	−	−	+	+	+	+	+
FG17B	+			+	+	W	−	−	−	+	+	+	+	+
FG20	+	EADH	5	+	+	W	−	−	−	+	+	+	+	+
FG25	+			+	+	W	W	−	−	+	+	+	+	+
Rhizobium radiobacter (2)
NF20A	+	HADA	6	++	++	++	++	++	+	+	+	+	+	+
NF22	+	HADA	6	++	++	++	++	++	+	+	+	+	+	+
Reference strains
E. meliloti Rm1021				+	+	+	+	+	−	+	+	+	+	+
R. giardinii H152^T				+	W	−	−	−	−	W	+	+	+	W
R. gallicum USDA2918^T				+	W	W	−	−	−	+	+	+	+	W
R. leguminosarum USDA2370^T				+	W	−	−	−	−	+	+	+	+	W
R. etli CFN42^T				+	W	−	−	−	−	+	+	+	+	+
R. phaseoli ATCC14482^T				+	+	−	−	−	−	+	+	+	+	+
R. lusitanum LMG22705^T				+	W	−	−	−	+	+	+	+	+	+

+, growth; ++, vigorous growth; −, no growth; ND, not determined; W, weak growth.

The first letter in the isolate number represents the origin of the cultivar (e.g. F = Flor de Mayo and N = Negro Querétaro), whereas the second letter corresponds to the soil sample site (e.g. H = Hidalgo, G = General Cepeda, Coahuila, F=Parras de la Fuente, Coahuila). Boldface isolates were isolates used in sequence analysis.

The nifH gene was detected by PCR after isolation.

PCR-based RFLP of 16S rRNA gene digested seperately with the restriction endonucleases MspI, AluI, HaeIII and HinfI.