Table 1. . Comparative analysis of SpeciesFinder, KmerFinder, gyrB sequence and O-antigen gene sequence based identification of nonserotypeable Shigella.
| Isolate ID | Manual analysis using PATRIC | Center for Genomic Epidemiology | BLAST gyrB sequence analysis | Sequence types | |
|---|---|---|---|---|---|
| SpeciesFinder | KmerFinder | ||||
| FC1 | S. boydii | S. boydii | S. boydii | S. boydii | 145 |
| FC2 | S. boydii | S. boydii | S. boydii | S. boydii | 145 |
| FC3 | S. boydii | Matching failed | S. boydii | S. boydii | 243 |
| FC4 | S. boydii | Matching failed | S. boydii | S. boydii | 145 |
| FC5 | S. boydii | Matching failed | S. boydii | S. boydii | 145 |
| FC6 | S. boydii | S. boydii | S. boydii | S. boydii | 145 |
| FC7 | S. boydii | S. boydii | S. boydii | S. boydii | 145 |
| FC8 | S. boydii | S. boydii | S. boydii | S. boydii | 145 |
| FC9 | S. boydii | S. boydii | S. boydii | S. boydii | 145 |
| FC10 | S. flexneri 2a | S. flexneri | S. flexneri | S. flexneri | 245 |
| FC11 | S. flexneri 2a | S. flexneri | S. flexneri | S. flexneri | 245 |
| FC12 | S. flexneri 2a | S. flexneri | S. flexneri | S. flexneri | 245 |
| FC13 | S. dysenteriae | Matching failed | S. boydii | S. boydii† | 148 |
| FC14 | S. dysenteriae | S. boydii | S. boydii | S. boydii† | 148 |
| FC15 | S. dysenteriae | S. boydii | S. boydii | S. boydii† | 148 |
| FC16 | S. dysenteriae | S. boydii | S. boydii | S. boydii† | 148 |
| FC17 | S. dysenteriae | S. boydii | S. boydii | S. boydii† | 148 |
| FC18 | – | Matching failed | S. boydii | S. boydii | 243 |
| FC19 | – | Matching failed | S. boydii | S. boydii† | 148 |
| FC20 | – | S. boydii | S. boydii | S. boydii† | 148 |
| FC21 | – | E. coli | E. coli | E. coli | 6199 |
| FC22 | – | E. coli | E. coli | E. coli | 6199 |
| FC23 | – | E. coli | E. coli | E. coli | 6270 |
†Isolates with only 99% identity.