Table 2. Empirical type I error rates for SNP-level analysis and various gene-based tests based on simulated genotype data and real genotype data of 1000 individuals.

	α	SNP	GATES	VEGAS (max)	VEGAS (10%)	VEGAS (20%)	VEGAS (30%)	VEGAS (40%)	VEGAS (sum)	SimpleM	COMBAT
LD (r)
0	0.05	0.042	0.042	0.043	0.044	0.044	0.044	0.041	0.045	0.042	0.05
	0.01	0.009	0.009	0.007	0.01	0.008	0.006	0.007	0.01	0.009	0.01
0.5	0.05	0.04	0.044	0.045	0.051	0.049	0.045	0.046	0.045	0.041	0.049
	0.01	0.007	0.009	0.008	0.011	0.009	0.008	0.011	0.01	0.009	0.012
0.9	0.05	0.027	0.051	0.051	0.049	0.044	0.04	0.047	0.044	0.028	0.051
	0.01	0.005	0.01	0.01	0.01	0.011	0.009	0.009	0.011	0.009	0.013
Number of SNPs
30	0.05	0.024	0.051	0.050	0.050	0.051	0.049	0.050	0.050	0.037	0.056
	0.01	0.005	0.010	0.009	0.009	0.009	0.009	0.009	0.011	0.009	0.011
50	0.05	0.026	0.055	0.054	0.050	0.048	0.048	0.049	0.049	0.045	0.056
	0.01	0.005	0.012	0.010	0.010	0.009	0.010	0.010	0.010	0.010	0.012
100	0.05	0.030	0.055	0.051	0.051	0.048	0.047	0.048	0.048	0.046	0.054
	0.01	0.006	0.012	0.010	0.009	0.009	0.008	0.008	0.008	0.010	0.010