Table 1.

The average accuracies of our MODPEP method in reproducing protein-bound conformations for the peptides with different lengths when various ensemble sizes were considered

Peptide		cRMSD (Å)
Length	Number	50	100	150	200	250	300	500	1000
3	11	0.05	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.03	0.03
4	43	0.27	0.23	0.22	0.21	0.20	0.19	0.16	0.14
5	32	0.59	0.50	0.47	0.45	0.43	0.40	0.36	0.33
6	47	0.96	0.78	0.71	0.65	0.64	0.61	0.55	0.52
7	49	1.23	1.08	0.98	0.96	0.93	0.88	0.79	0.72
8	60	1.70	1.52	1.35	1.29	1.27	1.23	1.16	1.02
9	138	1.89	1.71	1.63	1.56	1.52	1.48	1.38	1.26
10	60	1.97	1.81	1.73	1.67	1.61	1.56	1.52	1.39
11	62	2.33	2.20	2.08	2.04	2.00	1.98	1.88	1.70
12	40	2.43	2.25	2.15	2.09	2.06	2.03	1.85	1.71
13	50	2.66	2.43	2.40	2.29	2.25	2.22	2.11	1.95
14	45	3.05	2.89	2.75	2.64	2.60	2.56	2.44	2.28
15	33	2.84	2.68	2.60	2.58	2.56	2.56	2.47	2.35
16	29	2.95	2.75	2.71	2.66	2.61	2.55	2.48	2.38
17	12	2.95	2.72	2.66	2.56	2.53	2.50	2.37	2.31
18	25	3.13	3.03	2.98	2.93	2.91	2.85	2.74	2.55
19	21	2.66	2.61	2.46	2.38	2.30	2.29	2.17	2.03
20	16	3.52	3.28	3.25	3.14	3.07	3.04	2.92	2.85
21	21	3.47	3.24	3.11	3.05	2.99	2.98	2.88	2.74
22	21	2.70	2.54	2.44	2.43	2.42	2.39	2.35	2.23
23	10	3.32	3.27	3.07	3.01	3.00	3.00	2.78	2.74
24	17	3.37	3.24	3.13	3.11	3.08	3.03	2.92	2.74
25	15	2.93	2.78	2.72	2.71	2.62	2.51	2.40	2.32
26	10	3.06	2.97	2.89	2.77	2.73	2.72	2.67	2.62
27	10	4.35	4.14	4.12	3.95	3.89	3.89	3.69	3.51
28	14	3.32	3.16	3.10	3.05	2.96	2.93	2.87	2.68
29	14	4.63	4.45	4.31	4.24	4.24	4.08	3.98	3.76
30	5	2.90	2.87	2.82	2.72	2.72	2.71	2.64	2.64
All	910	2.20	2.04	1.95	1.90	1.86	1.83	1.73	1.62