Table 2.
Putative conformational epitopes for the capsid VP1 proteins of HuNoV GII.4 variants.
| Region1 | Region2 | Region3 | Region4 | Region5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 129 | 171 | 172 | 291 | 293 | 294 | 295 | 296 | 297 | 298 | 368 | 372 | 373 | 374 | 338 | 339 | 340 | 341 | 342 | 343 | 376 | 377 | 378 | 391 | 392 | 393 | 394 | 395 | 396 | 397 | 398 | 443 | 444 | 407 | 411 | 412 | 413 | 414 | |
| Epitope† | A | A | A | A | A | A | C | C | D | D | D | E | E | E | ||||||||||||||||||||||||
| Bristol 1993 | P | A | N | T | I | A | G | S | H | D | T | N | N | D | T | R | A | D | G | S | Q | A | G | D | G | D | - | H | H | Q | N | G | Y | N | R | T | G | H |
| Camberwell 1994 | · | S | H | · | · | V | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | - | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| US95_96 | · | · | H | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | G | · | · | · | · | T | · | · | · | · | - | N | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| Kaiso 2003 | · | S | · | · | · | · | · | · | R | N | S | D | · | · | · | · | · | · | · | · | · | P | · | · | · | · | - | R | · | · | · | · | · | D | · | · | · | · |
| Farmington Hills 2002 | · | S | · | · | · | · | · | T | · | N | N | · | · | · | · | · | G | · | · | · | E | T | · | · | · | N | G | T | · | · | · | · | · | S | · | · | · | · |
| Lanzou 2002 | · | S | · | · | · | · | · | T | · | · | · | · | · | · | · | · | G | · | · | · | E | T | · | · | · | N | S | A | · | · | · | · | · | N | · | · | · | · |
| Asia 2003 | · | S | · | I | · | P | · | T | R | T | A | D | · | · | · | K | G | · | · | · | E | T | · | · | · | S | S | A | · | R | · | · | · | D | · | · | V | · |
| Hunter 2004 | · | S | · | · | · | · | · | T | Q | N | S | S | · | · | · | · | R | · | · | · | E | T | · | · | · | S | T | T | · | · | · | · | · | D | · | D | S | · |
| Yerseke 2006a | · | S | · | · | · | · | · | T | Q | E | S | S | · | · | · | · | R | · | · | · | E | T | · | · | · | S | T | T | · | · | · | · | · | D | · | D | S | · |
| Den Haag 2006b | · | S | · | · | · | · | · | · | R | N | S | E | · | · | · | K | G | · | · | · | E | T | H | · | · | S | T | T | · | R | · | · | · | S | · | N | V | · |
| Osaka 2007 | · | S | · | · | · | · | · | · | R | N | A | D | · | · | · | · | S | · | · | · | E | S | · | · | · | S | T | T | · | R | · | · | · | · | · | · | · | · |
| Apeldoorn 2007 | · | S | · | · | · | · | · | · | R | N | A | D | · | · | · | · | · | · | · | · | D | · | N | · | · | N | T | A | · | R | · | · | · | S | · | N | S | · |
| New Orleans 2009 | · | S | · | · | · | P | · | · | R | N | A | D | · | · | · | · | T | N | · | · | E | T | N | · | · | S | T | T | P | R | · | · | · | S | · | N | I | · |
| Sydney 2012 | · | S | · | · | · | T | · | · | R | N | E | D | R | · | · | · | T | · | · | · | E | · | N | · | · | G | T | T | · | R | · | · | · | S | · | N | T | · |
Red colors represent putative epitopes of each HuNoV GII.4 variant in this analysis.
†
Amino acids corresponding to epitope regions identified by Lindesmith et al. (2012a) were shown.