Table 2.

MIRU-24 loci VNTR profiles of the 144 Mycobacterium tuberculosis case isolates

Nr	Laboratory sample ID	Sample (n)	Cluster in analysis	M. tuberculosis global sub-lineage	MIRU-VNTR Loci 0154,0424,0577,0580,0802,0960,1644, 1955, 2059,2165,2347,2401,2461,2531, 2687,2996,3007,3171,3192,3690,4052, 4156,4348,2163b
1	1G9	1	Unique	EAI	2,2,2,5,3,4,3,11,2,9,3,2,4,6,2,2,3,3,5,7,3,1,1,2
2	3F6	1	Unique	EAI	2,2,4,5,3,4,3,9,1,6,3,2,4,6,2,2,3,1,5,2,5,1,1,9
3	2G3	1	XXVII	ND	2,2,4,2,3,3,3,2,2,3,4,2,2,6,1,5,3,3,3,3,5,2,2,2
4	3D6	1	XXVII	ND	2,1,4,2,3,3,3,1,2,3,4,2,2,6,1,5,3,3,3,3,5,2,2,3
5	3A1	1	Unique	ND	2,2,4,2,1,3,3,2,2,4,4,2,2,5,1,5,3,3,3,3,6,1,2,3
6	3B6	1	Unique	ND	2,2,4,2,4,3,2,2,2,3,4,2,2,6,1,5,3,3,3,3,5,2,2,3
7	3H4	1	Unique	ND	2,2,4,2,4,3,1,2,2,3,4,2,2,5,1,5,3,3,3,7,5,2,2,4
8	3D3	1	Unique	ND	2,2,6,2,2,3,4,2,2,2,4,2,2,5,1,5,3,3,3,3,5,2,2,3
9	2G8, 3E2	2	XXII	LAM	2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,3,3,2,8,2,2,4
10	1B2, 2B7, 2F5, 2G9	4	XXIII	LAM	2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,8,2,2,3
11	1E4	1	XXIII	LAM	2,4,3,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,8,2,2,3
12	2H2, 2H6, 3C1, 3C6, 3F3, 3G4	6	XXIII	LAM	2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,8,2,2,4
13	1I8	1	XXIII	LAM	2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,9,2,2,4
14	2C1	1	Unique	LAM	2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,8,0,2,4
15	3E1	1	XXIV	LAM	2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,5,2,2,4
16	2E2	1	XXIV	LAM	2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,5,3,2,4,2,2,4
17	2E5	1	Unique	LAM	2,4,4,2,1,3,1,3,2,2,4,1,1,6,1,5,3,5,3,2,5,2,2,3
18	3D5	1	Unique	LAM	2,4,4,2,1,3,1,3,2,2,4,1,1,6,1,4,2,5,3,2,6,2,2,4
19	1A9, 3G2	2	XXVI	LAM	2,4,5,2,1,3,1,3,2,2,4,1,1,4,1,3,2,5,3,2,3,2,2,2
20	2C9	1	Unique	LAM	2,4,4,2,1,2,1,3,2,2,4,1,1,4,1,4,2,5,3,2,7,2,2,4
21	3F9	1	Unique	LAM	2,4,4,2,1,3,1,3,2,2,4,1,1,6,1,4,2,6,3,2,8,2,2,2
22	2G6, 3F2	2	XXV	LAM	2,4,4,2,1,4,1,3,2,2,4,1,1,6,1,5,2,5,3,2,12,2,2,4
23	3G9	1	XXV	LAM	2,4,4,2,1,3,1,3,2,2,4,1,1,6,1,5,2,6,3,2,12,2,2,3
24	2B9	1	Unique	LAM	2,4,4,2,1,4,2,3,2,2,4,1,1,6,1,4,3,4,3,2,5,2,2,4
25	3D8	1	Unique	LAM	2,5,4,4,1,4,2,3,2,2,4,1,1,7,1,5,3,5,3,2,7,2,2,3
26	2E9, 2I8	2	XXI	LAM	2,5,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,2,7,1,6,3,3,3,2,7,2,2,2
27	3C7	1	Unique	LAM	2,4,4,2,1,3,2,3,2,2,5,1,2,6,1,2,3,3,3,2,7,2,2,2
28	3E8	1	Unique	LAM	3,3,4,2,1,3,2,3,2,2,4,1,2,6,1,2,3,3,2,2,5,2,2,4
29	2D1	1	XX	LAM	2,2,4,2,1,3,2,3,2,2,5,1,2,6,1,5,3,3,3,2,4,2,2,2
30	1A3, 2D4, 2D9, 2F2, 3D4, 3G6	6	XX	LAM	2,1,4,2,1,3,2,3,2,2,5,1,2,6,1,5,3,3,3,2,4,2,2,2
31	1D7, 1G3, 2H9, 3C4, 3H5	5	XX	LAM	2,1,4,2,1,3,2,3,2,2,5,1,2,6,1,4,3,3,3,2,4,2,2,2
32	3E9	1	Unique	LAM	2,4,4,2,1,3,2,3,1,2,5,1,2,6,1,7,3,3,3,2,4,2,2,2
33	3B4	1	XIX	LAM	1,3,6,2,4,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,8,2,2,2
34	1I5, 2E8, 2I5, 2I7, 3C8, 3D9	6	XIX	LAM	1,3,6,2,4,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,6,2,2,2
35	1I1	1	Unique	LAM	1,3,6,3,4,4,2,3,2,2,4,1,2,6,1,4,3,3,2,2,7,2,2,2
36	1E8, 1G1	2	XVIII	LAM	1,3,4,2,5,2,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,8,2,2,2
37	1A8	1	XVIII	LAM	1,3,4,2,5,2,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,7,2,2,3
38	1I7	1	XVIII	LAM	1,3,4,2,5,2,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,6,2,2,2
39	3F1	1	XVII	LAM	1,3,4,2,6,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,6,2,2,2
40	3D2	1	XVII	LAM	1,4,4,2,5,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,2,2,7,2,2,2
41	2C4	1	Unique	LAM	1,3,4,2,4,7,3,3,2,2,4,1,2,6,1,4,3,3,2,2,7,2,2,2
42	3A5	1	Unique	LAM	1,3,3,2,4,4,3,3,2,2,4,1,2,7,1,5,3,3,2,2,7,2,2,2
43	3A9, 3C9, 3G7	3	XVI	LAM	1,3,3,2,2,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,3,1,7,3,2,2
44	1A5	1	XVI	LAM	1,3,3,1,2,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,3,3,1,7,3,2,2
45	3H3	1	XV	LAM	2,5,4,2,6,4,3,1,1,2,4,1,2,6,1,4,3,3,2,2,6,2,2,2
46	2F4, 3H7	2	XV	LAM	2,4,4,2,8,4,3,1,1,2,4,1,2,6,1,4,3,3,2,2,6,2,2,2
47	1G2	1	Unique	LAM	2,3,4,2,3,4,3,3,2,2,4,2,2,6,1,5,4,1,3,1,7,2,2,3
48	2E1	1	Unique	LAM	2,3,4,2,3,4,3,2,2,2,4,2,2,6,1,3,3,1,3,1,7,2,2,4
49	2H8	1	Unique	LAM	2,3,4,2,4,4,3,3,2,2,4,2,2,6,1,5,3,1,3,1,5,2,2,3
50	3H1	1	Unique	LAM	2,2,4,2,3,3,3,3,2,2,4,2,2,6,1,6,3,1,3,1,7,2,2,2
51	1H3, 2B2	2	XI	LAM	2,3,4,2,3,4,3,3,2,2,4,2,2,6,1,5,3,1,3,1,11,2,2,2
52	3G5	1	XIV	LAM	2,3,2,2,3,4,3,3,2,2,4,2,2,6,1,5,3,1,3,1,3,2,2,4
53	1B3, 1E6, 2I3	3	XIV	LAM	2,3,2,2,3,4,3,3,2,2,4,1,2,6,1,5,3,1,3,1,4,2,2,3
54	3E3	1	XIII	LAM	2,4,2,2,3,4,2,3,2,2,3,2,2,6,1,5,3,1,3,1,9,2,2,4
55	1E1, 2B1, 2B4, 3B9, 3H2	5	XIII	LAM	2,4,2,2,3,4,2,3,2,2,3,2,2,6,1,5,3,1,3,1,10,2,2,4
56	1A1, 1B8, 2F7, 3B2	4	XII	LAM	2,3,2,2,3,4,3,3,2,2,4,2,2,6,1,5,3,1,3,1,8,2,2,2
57	3E5	1	Unique	Beijing	2,4,5,2,3,3,3,5,2,4,4,4,2,5,1,5,3,3,5,3,8,2,3,6
58	1B1	1	I	Beijing	2,4,4,2,3,3,3,5,2,4,4,4,2,5,1,7,3,3,5,3,8,2,3,6
59	1E9	1	I	Beijing	2,4,4,2,3,3,3,5,2,4,4,4,2,5,1,7,3,3,4,3,9,2,3,6
60	1F5	1	Unique	Haarlem	2,2,3,2,3,5,3,3,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,2,3,3,2,5
61	2B5, 2F8	2	II	Haarlem	2,2,3,2,1,2,3,3,2,3,4,4,2,5,1,4,3,3,2,2,6,3,2,2
62	2G7, 3B7	2	IV	Haarlem	2,2,3,2,4,5,3,3,2,3,2,3,2,3,1,5,3,3,3,3,7,3,2,3
63	1C3, 1C4, 1C6, 1F8, 2F9	5	III	Haarlem	2,2,3,2,3,5,3,3,1,3,2,4,2,3,1,5,3,3,2,3,7,3,2,5
64	3E4	1	Unique	Haarlem	2,2,3,2,3,5,3,2,1,3,2,4,2,3,1,5,3,3,3,3,5,2,2,2
65	3F7	1	VI	Haarlem	2,2,3,2,3,5,2,3,2,3,2,4,2,3,1,5,3,3,3,3,7,2,2,5
66	2I1	1	VI	Haarlem	2,2,3,2,4,5,2,3,2,3,2,4,2,3,1,5,3,3,3,3,7,2,2,5
67	3B5	1	V	Haarlem	2,4,3,2,4,4,3,3,1,3,4,4,2,4,1,5,3,3,3,4,3,3,2,2
68	2D2	1	V	Haarlem	2,4,3,2,4,4,2,3,1,3,4,4,2,4,1,5,3,3,3,3,3,3,2,2
69	1B6, 1C2, 2B3, 2C5, 2D6, 2F1, 2G2, 2G5, 3C3, 3E7, 3F5, 3G3	12	VII	Haarlem	2,2,3,2,4,4,3,2,2,3,4,4,2,4,1,5,3,3,3,3,3,3,2,2
70	1F6	1	Unique	Haarlem	2,2,3,2,3,5,3,2,2,3,4,4,2,5,1,5,4,3,3,3,5,3,2,9
71	2D7	1	Unique	Haarlem	2,3,2,2,3,5,3,2,2,3,4,4,2,5,1,5,4,3,3,3,6,3,2,4
72	3D1	1	IX	X	2,2,3,1,5,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,3,9,1,2,3
73	1F2, 2B8, 2E6	3	IX	X	2,2,3,1,5,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,3,9,1,2,4
74	3F8	1	Unique	X	2,1,4,2,3,4,2,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,2,7,9,3,2,4
75	1G4	1	VIII	X	2,1,4,2,3,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,6,9,3,2,4
76	1I4, 2A1, 2H5	3	VIII	X	2,1,4,2,3,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,6,9,3,2,3
77	3C5	1	Unique	X	2,1,4,2,3,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,7,8,3,2,3
78	2A4	1	Unique	X	2,1,4,2,3,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,5,3,3,3,6,6,3,2,4
79	3F4	1	Unique	X	2,2,3,2,3,9,2,6,2,3,4,4,2,5,1,6,3,2,4,4,7,3,2,2
80	3E6	1	Unique	X	2,2,3,2,3,4,3,4,2,3,4,4,2,5,1,4,3,3,3,3,8,3,2,5
81	3G1	1	Unique	ND	2,10,2,2,2,3,2,4,2,3,4,2,2,5,1,6,3,3,5,3,7,4,3,2
82	2H1, 3G8	2	X	ND	2,3,3,1,3,4,3,1,2,3,4,2,2,5,1,5,3,3,3,4,9,2,2,4

The table indicates the laboratory sample code, the cluster they are contained for the phylogenetic analysis and the classification from the global M. tuberculosis lineages. ND refers to non-determined M. tuberculosis sub-lineages