Table 1.

Performance measures for different partitioning strategies when the clock is seriously violated

			Relative error						HPD width/age
Model		Calibration	C (1P)	CP (2P)	G (50P)	GCP (100P)	PF (V)	CS (V)	C (1P)	CP (2P)	G (50P)	GCP (100P)	PF (V)	CS (V)	C (1P)	CP (2P)	G (50P)	GCP (100P)	PF (V)	CS (V)
IR	G(2, 40)	B(0.8, 1.2)	0.177	0.204	0.138	0.177	0.204	0.186	0.40	0.27	0.27	0.22	0.25	0.35	0.092	0.097	0.082	0.094	0.098	0.094
	(2, 4)	B(0.8, 1.2)	0.028	0.046	0.039	0.039	0.048	0.036	0.50	0.45	0.43	0.43	0.44	0.48	0.060	0.058	0.056	0.056	0.058	0.060
	G(2, 0.4)	B(0.8, 1.2)	0.032	0.036	0.052	0.037	0.032	0.032	0.50	0.45	0.43	0.42	0.44	0.48	0.060	0.057	0.057	0.055	0.055	0.059
	G(2, 40)	B(0.8, 1.2)	0.030	0.032	0.040	0.032	0.030	0.029	0.27	0.16	0.16	0.14	0.14	0.23	0.034	0.024	0.026	0.022	0.023	0.030
		B(0.525, 0.575)
	(2, 4)	B(0.8, 1.2)	0.028	0.030	0.046	0.040	0.032	0.029	0.26	0.16	0.17	0.14	0.15	0.22	0.033	0.026	0.027	0.025	0.026	0.030
		B(0.525, 0.575)
	G(2, 0.4)	B(0.8, 1.2)	0.029	0.040	0.048	0.041	0.033	0.031	0.26	0.18	0.17	0.14	0.15	0.22	0.033	0.029	0.027	0.026	0.026	0.031
		B(0.525, 0.575)
	(2, 4)	B(0.8, 1.2)	0.072	0.080	0.063	0.062	0.072	0.071	0.26	0.17	0.17	0.15	0.15	0.23	0.047	0.040	0.043	0.038	0.038	0.044
		t B(0.575, 0.625)
AR	(2, 4)	B(0.8, 1.2)	0.060	0.040	0.435	0.388	0.091	0.036	0.53	0.47	0.31	0.26	0.45	0.48	0.067	0.059	0.161	0.150	0.069	0.059
	(2, 4)	B(0.8, 1.2)	0.044	0.036	0.101	0.084	0.034	0.029	0.25	0.19	0.15	0.13	0.17	0.22	0.037	0.030	0.051	0.045	0.027	0.030
		B(0.525, 0.575)

Notes: The performance measures are averages over the 100 replicates and over the 8 internal nodes on the tree. The partitioning strategies are C: concatenation (1 partition); CP: codon position (2P); PF: PartitionFinder (Variable); G: gene (50P); GCP: gene and codon position (100P); and CS: ClockstaR (Variable). Incorrect rate prior and calibrations are highlighted in bold. Cells in bold indicate the preferred partitioning strategy according to the respective measure.