Table 1.
Taxonomic classification of 16S sequencing reads using a simplified processing method for mapped sequencing reads.
| Input Organism | CFU/ml | Replicate | * | Hit 1 | % | Hit 2 | % | Hit 3 | % | ||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| B. anthracis | 108 | A | 3 | B. anthracis | 79.31 | 3 | B. cereus | 20.69 | 2 | B thuringiensis | 35.26 |
| B | 3 | B. anthracis | 67.03 | 3 | B. cereus | 19.97 | 3 | B. toyonensis | 6.78 | ||
| C | 3 | B. anthracis | 77.47 | 3 | B. cereus | 22.53 | 2 | B thuringiensis | 50.95 | ||
| Y. pestis | 108 | A | 3 | Y. pestis | 52.25 | 3 | Y. pseudotuberculosis | 47.75 | 1 | Y. similis | 53.43 |
| B | 3 | Y. pestis | 52.06 | 3 | Y. pseudotuberculosis | 47.94 | 2 | Y. similis | 67.17 | ||
| C | 3 | Y. pestis | 43.64 | 3 | Y. pseudotuberculosis | 38.65 | 3 | Y. similis | 17.71 | ||
| F. tularensis | 108 | A | 3 | F. tularensis | 100 | 2 | F. hispaniensis | 100 | 1 | F. persica | 22.37 |
| B | 3 | F. tularensis | 100 | 2 | F. hispaniensis | 100 | 1 | F. persica | 22.46 | ||
| C | 3 | F. tularensis | 100 | 2 | F. hispaniensis | 100 | 1 | F. persica | 20.83 | ||
| E. cloacae | 108 | A | 3 | E. cloacae | 65.09 | 3 | E. xiangfangensis | 34.91 | 2 | E. asburiae | 58.08 |
| B | 3 | E. cloacae | 64.39 | 3 | E. xiangfangensis | 35.61 | 2 | E. asburiae | 56.56 | ||
| C | 3 | E. cloacae | 65.74 | 3 | E. xiangfangensis | 34.26 | 2 | E. asburiae | 57.35 | ||
| S. aureus | 108 | A | 3 | S. argenteus | 55.69 | 3 | S. aureus | 44.31 | 2 | S. simiae | 67.70 |
| B | 3 | S. argenteus | 57.02 | 3 | S. aureus | 42.98 | 2 | S. simiae | 67.03 | ||
| C | 3 | S. argenteus | 55.40 | 3 | S. aureus | 44.60 | 2 | S. simiae | 37.17 | ||
| K. pneumoniae | 108 | A | 3 | K. pneumoniae S000003514 | 100 | 2 | K. variicola | 54.66 | 2 | K. pneumoniae S000387414 | 26.62 |
| B | 3 | K. pneumoniae S000003514 | 100 | 2 | K. variicola | 51.63 | 2 | K. pneumoniae S000387414 | 28.36 | ||
| C | 3 | K. pneumoniae S000003514 | 100 | 2 | K. variicola | 53.41 | 2 | K. pneumoniae S000387414 | 27.13 | ||
| A. baumannii | 108 | A | 3 | A.baumannii | 100 | 1 | A. venetianus | 31.86 | 1 | A. junii | 31.51 |
| B | 3 | A.baumannii | 100 | 1 | A. venetianus | 33.00 | 1 | A. junii | 32.76 | ||
| C | 3 | A.baumannii | 100 | 1 | A. junii | 32.76 | 1 | A. venetianus | 32.38 | ||
| P. aeruginosa | 108 | A | 3 | P. aeruginosa | 100 | 1 | P. delhiensis | 8.24 | 1 | P. citronellolis | 8.19 |
| B | 3 | P. aeruginosa | 100 | 1 | P. stutzeri | 8.58 | 1 | P. knackmussii | 8.46 | ||
| C | 3 | P. aeruginosa | 100 | 1 | P. stutzeri | 7.44 | 1 | P. knackmussii | 7.41 | ||
| E. faecium | 108 | A | 3 | E. faecium | 40.84 | 3 | E. hirae | 23.80 | 3 | E.durans | 17.50 |
| B | 3 | E. faecium | 40.80 | 3 | E. hirae | 23.51 | 3 | E.durans | 17.54 | ||
| C | 3 | E. faecium | 39.04 | 3 | E. hirae | 24.03 | 3 | E.durans | 18.24 |
*Bold indicate number of databases a reference species hit.