Table 3.

Helical parameters and local base pair parameters: AT, GC, 2X2K and PZ

Local base pair parameters at position 6
	X-K	P-Z	G-C	A-T
Shear (Å)	− 0.44	− 0.87	− 1.40	− 0.22
Stretch (Å)	0.08	− 0.42	− 0.47	− 0.34
Stagger (Å)	0.23	− 0.41	− 0.02	0.18
Buckle (°)	6.19	−11.91	5.38	− 1.40
Propeller (°)	−10.61	− 6.69	− 5.60	−15.89
Opening (°)	6.64	2.96	12.60	8.06
Local base pair parameters at position 7
	X-K	P-Z	G-C	A-T
Shear (Å)	0.08	0.84	− 0.68	0.39
Stretch (Å)	− 0.07	− 0.25	− 0.66	− 0.21
Stagger (Å)	0.23	0.17	0.32	0.33
Buckle (°)	−3.09	0.05	− 0.45	3.23
Propeller (°)	−19.41	− 10.05	− 12.64	−17.58
Opening (°)	− 8.10	0.30	− 4.85	5.93
Local base pair step parameters
	XX/KK	PP/ZZ	GG/CC	AA/TT
Shift (Å)	− 2.03	− 0.93	− 1.62	− 0.29
Slide (Å)	0.84	− 0.02	0.99	− 0.22
Rise (Å)	3.43	3.03	3.49	3.13
Tilt (°)	− 5.12	− 6.26	− 5.74	− 1.17
Roll (°)	− 4.82	4.31	− 5.58	− 3.15
Twist (°)	39.29	39.03	43.67	39.74
Helical parameters
	XX/KK	PP/ZZ	GG/CC	AA/TT
X-displacement (Å)	1.83	− 0.51	1.87	0.02
Y-displacement (Å)	2.35	0.68	1.58	0.30
Helical – rise (Å)	3.54	3.12	3.52	3.14
Inclination (°)	− 7.10	6.38	− 7.43	− 4.63
Tip (°)	7.53	9.27	7.64	1.71
Helical-twist (°)	39.89	39.74	44.36	39.88
Other parameters
	X:K	P:Z	G:C	A:T
Overall Helical twist (°)	34.93 (4.18 SD)	34.69 (8.05 SD)	34.70 (7.19 SD)	34.70 (3.49 SD)
# Average Minor Groove width (Å)	12.3	12.5	12.4	9.7
# Average Major Groove width (Å)	18.3	18.7	18.0	19.1

^#Average values obtained for dinucleotide steps 5–7 containing X:K, Z:P, G:C, or A:T, respectively.