Table 3.
Local base pair parameters at position 6 | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
X-K | P-Z | G-C | A-T | |
Shear (Å) | − 0.44 | − 0.87 | − 1.40 | − 0.22 |
Stretch (Å) | 0.08 | − 0.42 | − 0.47 | − 0.34 |
Stagger (Å) | 0.23 | − 0.41 | − 0.02 | 0.18 |
Buckle (°) | 6.19 | −11.91 | 5.38 | − 1.40 |
Propeller (°) | −10.61 | − 6.69 | − 5.60 | −15.89 |
Opening (°) | 6.64 | 2.96 | 12.60 | 8.06 |
| ||||
Local base pair parameters at position 7 | ||||
| ||||
X-K | P-Z | G-C | A-T | |
Shear (Å) | 0.08 | 0.84 | − 0.68 | 0.39 |
Stretch (Å) | − 0.07 | − 0.25 | − 0.66 | − 0.21 |
Stagger (Å) | 0.23 | 0.17 | 0.32 | 0.33 |
Buckle (°) | −3.09 | 0.05 | − 0.45 | 3.23 |
Propeller (°) | −19.41 | − 10.05 | − 12.64 | −17.58 |
Opening (°) | − 8.10 | 0.30 | − 4.85 | 5.93 |
| ||||
Local base pair step parameters | ||||
| ||||
XX/KK | PP/ZZ | GG/CC | AA/TT | |
Shift (Å) | − 2.03 | − 0.93 | − 1.62 | − 0.29 |
Slide (Å) | 0.84 | − 0.02 | 0.99 | − 0.22 |
Rise (Å) | 3.43 | 3.03 | 3.49 | 3.13 |
Tilt (°) | − 5.12 | − 6.26 | − 5.74 | − 1.17 |
Roll (°) | − 4.82 | 4.31 | − 5.58 | − 3.15 |
Twist (°) | 39.29 | 39.03 | 43.67 | 39.74 |
| ||||
Helical parameters | ||||
| ||||
XX/KK | PP/ZZ | GG/CC | AA/TT | |
X-displacement (Å) | 1.83 | − 0.51 | 1.87 | 0.02 |
Y-displacement (Å) | 2.35 | 0.68 | 1.58 | 0.30 |
Helical – rise (Å) | 3.54 | 3.12 | 3.52 | 3.14 |
Inclination (°) | − 7.10 | 6.38 | − 7.43 | − 4.63 |
Tip (°) | 7.53 | 9.27 | 7.64 | 1.71 |
Helical-twist (°) | 39.89 | 39.74 | 44.36 | 39.88 |
| ||||
Other parameters | ||||
| ||||
X:K | P:Z | G:C | A:T | |
Overall Helical twist (°) | 34.93 (4.18 SD) | 34.69 (8.05 SD) | 34.70 (7.19 SD) | 34.70 (3.49 SD) |
# Average Minor Groove width (Å) | 12.3 | 12.5 | 12.4 | 9.7 |
# Average Major Groove width (Å) | 18.3 | 18.7 | 18.0 | 19.1 |
Average values obtained for dinucleotide steps 5–7 containing X:K, Z:P, G:C, or A:T, respectively.