Table 2.
Unique genetic loci with polymorphisms resulting in non-synonymous amino acid changes in Helicobacter pylori strains B128 and 7.13, and in vivo-adapted strains isolated from gerbils maintained on iron-depleted or iron-replete diets
| Variant | B128 single colonies | 7.13 single colonies | 7.13 iron-depleted single colonies | 7.13 iron-replete single colonies | ||||||||||||||||||||||
| Location | Gene | HPB8 locus | a | b | c | a | b | c | D1 a | D1 b | D1 c | D2 a | D2 b | D2 c | D3 a | D3 b | D3 c | R1 a | R1 b | R1 c | R2 a | R2 b | R2 c | R3 a | R3 b | R3 c |
| 118890 | fliI | 124 | K>R | K>R | K>R | K>R | K>R | K>R | K>R | K>R | K>R | K>R | K>R | K>R | K>R | K>R | K>R | K>R | K>R | K>R | ||||||
| 132888 | tonB1 | 138 | K>E | |||||||||||||||||||||||
| 211182 | babB | 237 | S>L | |||||||||||||||||||||||
| 211347 | babB | 237 | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | ||||||||||||
| 211415 | babB | 237 | G>R | G>R | G>R | G>R | G>R | G>R | G>R | G>R | G>R | G>R | ||||||||||||||
| 211583 | babB | 237 | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | ||||||||||||||
| 211592 | babB | 237 | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | ||||||||
| 211690 | babB | 237 | N>K | N>K | N>K | N>K | N>K | N>K | N>K | N>K | N>K | N>K | N>K | N>K | ||||||||||||
| 211694 | babB | 237 | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | ||||||||||||||||||
| 211838 | babB | 237 | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q |
| 211844 | babB | 237 | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | |||||||||||||||||
| 212150 | babB | 237 | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | ||||||||
| 212315 | babB | 237 | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | ||
| 263909 | rpsL | 294 | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K |
| 263985 | rpsL | 294 | R>K | R>K | R>K | R>K | R>K | R>K | R>K | R>K | R>K | R>K | R>K | R>K | R>K | R>K | R>K | R>K | R>K | R>K | ||||||
| 264366 | rpsG | 295 | T>M | T>M | T>M | T>M | T>M | T>M | T>M | T>M | T>M | T>M | T>M | T>M | T>M | T>M | T>M | T>M | T>M | T>M | ||||||
| 264374 | rpsG | 295 | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N |
| 273162 | Hypothetical | 303 | E>K | |||||||||||||||||||||||
| 273165 | Hypothetical | 303 | L>V | |||||||||||||||||||||||
| 342359 | pal | 375 | T>A | T>A | T>A | |||||||||||||||||||||
| 559618 | Hypothetical | 587 | E>K | E>K | E>K | |||||||||||||||||||||
| 563546 | Hypothetical | 593 | Y>C | Y>C | Y>C | |||||||||||||||||||||
| 591318 | Putative OMP | 626 | T>S | T>S | ||||||||||||||||||||||
| 591626 | Putative OMP | 626 | A>N | A>N | ||||||||||||||||||||||
| 591635 | Putative OMP | 626 | K>N | K>N | ||||||||||||||||||||||
| 591638 | Putative OMP | 626 | p>Q | p>Q | ||||||||||||||||||||||
| 616637 | DNA methyltransferase | 642 | D>N | D>N | D>N | |||||||||||||||||||||
| 629024 | babA | 657 | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L | S>L |
| 629189 | babA | 657 | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | T>I | |||||
| 629257 | babA | 657 | G>R | G>R | G>R | G>R | G>R | G>R | G>R | G>R | G>R | G>R | G>R | G>R | G>R | |||||||||||
| 629425 | babA | 657 | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | D>N | ||||||||
| 629434 | babA | 657 | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | K>E | ||||||||
| 629532 | babA | 657 | N>K | N>K | N>K | N>K | N>K | N>K | N>K | N>K | N>K | N>K | N>K | |||||||||||||
| 629536 | babA | 657 | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | E>K | |||||||||||||
| 629680 | babA | 657 | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q | K>Q |
| 629686 | babA | 657 | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | |||||||||||||||||
| 629992 | babA | 657 | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | ||
| 630157 | babA | 657 | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | G>S | ||
| 692170 | cagY | 716 | n>T | |||||||||||||||||||||||
| 692262 | cagY | 716 | L>K | |||||||||||||||||||||||
| 692887 | cagY | 716 | K>R | K>R | K>R | |||||||||||||||||||||
| 693460 | cagY | 716 | V>A | V>A | ||||||||||||||||||||||
| 693465 | cagY | 716 | K>E | K>E | ||||||||||||||||||||||
| 693471 | cagY | 716 | V>I | V>I | V>I | |||||||||||||||||||||
| 693483 | cagY | 716 | L>K | L>K | L>K | |||||||||||||||||||||
| 693497 | cagY | 716 | S>Q | S>Q | S>Q | |||||||||||||||||||||
| 693505 | cagY | 716 | K>R | K>R | K>R | |||||||||||||||||||||
| 693508 | cagY | 716 | T>N | T>N | T>N | |||||||||||||||||||||
| 693513 | cagY | 716 | A>K | A>K | A>K | |||||||||||||||||||||
| 727820 | Hypothetical | 750 | L>W | L>W | L>W | |||||||||||||||||||||
| 798239 | Glycosyltransferase | 817 | A>T | A>T | A>T | |||||||||||||||||||||
| 799896 | Glycosyltransferase | 818 | D>E | D>E | D>E | |||||||||||||||||||||
| 846179 | rnc | 865 | A>D | |||||||||||||||||||||||
| 913806 | mesE | 927 | P>S | P>S | P>S | |||||||||||||||||||||
| 1084103 | Putative OMP | 1104 | K>Q | K>Q | K>Q | |||||||||||||||||||||
| 1084106 | Putative OMP | 1104 | A>S | A>S | A>S | |||||||||||||||||||||
| 1084553 | Putative OMP | 1104 | Q>E | Q>E | Q>E | |||||||||||||||||||||
| 1084556 | Putative OMP | 1104 | L>F | L>F | L>F | |||||||||||||||||||||
| 1084587 | Putative OMP | 1104 | M>I | M>I | M>I | |||||||||||||||||||||
| 1122559 | fur | 1145 | R>H | R>H | R>H | R>H | R>H | R>H | R>H | R>H | R>H | R>H | R>H | R>H | R>H | |||||||||||
| 1130504 | pepP | 1155 | R>H | |||||||||||||||||||||||
| 1195655 | fliF | 1220 | P>L | P>L | P>L | |||||||||||||||||||||
| 1221163 | Polysaccharide deacetylase | 1252 | A>T | A>T | A>T | |||||||||||||||||||||
| 1283634 | Conserved hypothetical OMP | 1309 | A>E | |||||||||||||||||||||||
| 1289275 | oppD | 1313 | D>N | D>N | ||||||||||||||||||||||
| 1302387 | hcpE | 1328 | A>V | A>V | A>V | |||||||||||||||||||||
| 1369139 | prfB | 1395 | A>T | |||||||||||||||||||||||
| 1377477 | hcpD | 1405 | T>A | |||||||||||||||||||||||
| 1405574 | Hypothetical | 1436 | A>D | A>D | A>D | |||||||||||||||||||||
| 1533082 | Predicted coding region | 1561 | S>P | |||||||||||||||||||||||
| 1533085 | Predicted coding region | 1561 | S>F | |||||||||||||||||||||||
| 1533088 | Predicted coding region | 1561 | D>N | |||||||||||||||||||||||
D1-3 and R1-3 designate independent gerbils maintained on either iron-depleted (n=3) or iron-replete (n=3) diets, respectively, while a–c designate different single colonies isolated from each gerbil. Colour-coded regions represent non-synonymous amino acid changes that result from specific genetic polymorphisms. Specific amino acid changes are designated within each box.