Table 2.
Relatedness of strains as determined by fine single nucleotide polymorphism (SNP) analysis with appropriate reference strains.
| Sequence Type | Isolates | Reference Genome | Minimum SNPs | Maximum SNPs |
|---|---|---|---|---|
| ST1 | L970, L2113, MQ130026, MQ130029, MQ130032 *, MQ130042, MQ140025, MQ140031, MQ140033 | F2365 | 43 | 261 |
| F2365, L2113, MQ130026, MQ130029, MQ130032 *, MQ130042, MQ140025, MQ140031, MQ140033 | L970 | 42 | 256 | |
| F2365, L970, MQ130026, MQ130029, MQ130032 *, MQ130042, MQ140025, MQ140031, MQ140033 | L2113 | 42 | 254 | |
| F2365, L970, MQ130029, MQ130032 *, MQ130042 | MQ130026 | 44 | 190 | |
| F2365, L2113, MQ140031, MQ140033 * | MQ140025 | 66 | 259 | |
| ST6 | H7858, MQ130058, MQ150012 * | MQ150005 | 199 | 373 |
| ST54 | LM07-01337, MQ130033, MQ150004 * | L2259 | 65 | 115 |
| ST7 | J2692, L1846, L2676, MQ140029 * | L1445 | 1 | 409 |
| ST121 | 4423, 6179, L2256, La111, Lm1880, N53-1, MQ140035 * | MQ140034 | 3 | 461 |
| ST101 | 2012-L5240, 2012-L5323, Lm1840, MQ140012, MQ150007, MQ150008 * | MQ140011 | 1 | 145 |
| 2012-L5240, 2012-L5323, Lm1840, MQ150008 * | MQ150007 | 2 | 146 |
* Indicates strain with closest similarity to the reference genome (lowest number of SNPs).