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. Author manuscript; available in PMC: 2018 Mar 26.
Published in final edited form as: Virology. 2008 Sep 10;380(2):264–275. doi: 10.1016/j.virol.2008.08.011

Table 2.

Oligonucleotides used in EMSA

Name Sequence
59pJκ1F 5′-AGACAGTATGGTGGGGACGTTTCCAC-3′
59pJκ1R 5′-GTGGAAACGTCCCCACCATACTGTCT-3′
59pJκ2F 5′-CCTTGATGTTTCCCACGTGCACCAGC-3′
59pJκ2R 5′-GCTGGTGCACGTGGGAAACATCAAGG-3′
59pJκ3F 5′-TTACGTTTTTGGGAATGGCCGAACGC-3′
59pJκ3R 5′-GCGTTCGGCCATTCCCAAAAACGTAA-3′
59pRRE-AF 5′-ACACCACGTGTGTGACTGACGATTTGTGAAGGTTAACCTGTCCATGTCGC-3′
59pRRE-AR 5′-GCGACATGGACAGGTTAACCTTCACAAATCGTCAGTCACACACGTGGTGT-3′
59pRRE-BF 5′-ACACCACGTGTGTGACTGACGATTTGTGAA-3′
59pRRE-BR 5′-TTCACAAATCGTCAGTCACACACGTGGTGT-3′
59pRRE-CF 5′-CTGACGATTTGTGAAGGTTAACCTGTCCATGTCGC-3′
59pRRE-CR 5′-GCGACATGGACAGGTTAACCTTCACAAATCGTCAG-3′
59pRRE-DF 5′-CTGACGATTTGTGAAGGTTAACCTGTCCATG-3′
59pRRE-DR 5′-CATGGACAGGTTAACCTTCACAAATCGTCAG-3′
59pRRE-EF 5′-CGATTTGTGAAGGTTAACCTGTCCATGTCGC-3′
59pRRE-ER 5′-GCGACATGGACAGGTTAACCTTCACAAATCG-3′
59pRRE-FF 5′-CGATTTGTGAAGGTTAACCTGTCCATG-3′
59pRRE-FR 5′-CATGGACAGGTTAACCTTCACAAATCG-3′
59pRRE-GF 5′-CGATTTGTGAAGGTTAACCTGT-3′
59pRRE-GR 5′-ACAGGTTAACCTTCACAAATCG-3′
59pRRE-HF 5′-TGTGAAGGTTAACCTGTCCATG-3′
59pRRE-HR 5′-CATGGACAGGTTAACCTTCACA-3′
59pRRE-Mt1F 5′-CGATTTGTGAATATGCGATTGTCCATG-3′,
59pRRE-Mt1R 5′-CATGGACAATCGCATATTCACAAATCG-3′
59pRRE-Mt2F 5′-CGCTTCATTAATATGCGATTGGCTCTG-3′
59pRRE-Mt2R 5′-CAGAGCCAATCGCATATTAATGAAGCG-3′