TABLE 1.
Comparison of species identifications by MALDI-TOF MS, GenoType, and sequencinga
| Mycobacterium type (no. of isolates [n = 302]) | Result |
||
|---|---|---|---|
| GenoType Mycobacterium CM/AS | MALDI-TOF MS | Sequencing | |
| Slow-growing mycobacteria | |||
| 9 | Mycobacterium sp. | M. arupense | M. arupense |
| 30 | M. avium | M. avium | NA |
| 2 | M. celatum | M. celatum | NA |
| 11 | M. intracellulare | M. chimaera | M. chimaera |
| 2 | M. intracellulare | M. colombiense | M. colombiense |
| 1 | Mycobacterium sp. | M. conspicuum | M. conspicuum |
| 23 | M. gordonae | M. gordonae | NA |
| 1 | Mycobacterium sp. | NI | M. heraklionense |
| 1 | M. interjectum | NI | NA |
| 32 | M. intracellulare | M. intracellulare | NA |
| 20 | M. kansasii | M. kansasii | NA |
| 3 | Mycobacterium sp. | M. kumamotonense | M. kumamotonense |
| 1 | M. lentiflavum | M. lentiflavum | NA |
| 10 | M. marinum | M. marinum | NA |
| 1 | Mycobacterium sp. | NI | M. paraterrae |
| 1 | M. scrofulaceum | NI | NA |
| 1 | M. shimoidei | NI | NA |
| 3 | M. szulgai | M. szulgai | NA |
| 21 | M. xenopi | M. xenopi | NA |
| 1 | Mycobacterium sp. | NI | M. yongonense |
| Rapid-growing mycobacteria | |||
| 14 | M. abscessus | M. abscessus | NA |
| 1 | Mycobacterium sp. | M. algericum | M. algericum |
| 3 | M. mucogenicum | M. aubagnense | M. aubagnense |
| 2 | Mycobacterium sp. | M. canariasense | M. canariasense |
| 36 | M. chelonae | M. chelonae | NA |
| 1 | M. fortuitum | M. conceptionense, M. senegalense | M. conceptionense |
| 2 | Mycobacterium sp. | M. elephantis | M. elephantis |
| 19 | M. fortuitum | M. fortuitum | NA |
| 1 | Mycobacterium sp. | NI | M. frederiksbergense |
| 1 | M. goodii | M. goodii | NA |
| 1 | Mycobacterium sp. | NI | M. madagascariense |
| 13 | M. fortuitum | M. mageritense | M. mageritense |
| 14 | M. mucogenicum | M. mucogenicum | NA |
| 6 | M. peregrinum | M. peregrinum | NA |
| 1 | M. phlei | M. phlei | NA |
| 5 | M. fortuitum | M. porcinum | M. porcinum |
| 1 | M. peregrinum | M. septicum | M. septicum |
| 3 | M. peregrinum | M. setense | M. setense |
| 1 | M. smegmatis | M. smegmatis | NA |
| 2 | Mycobacterium sp. | M. thermoresistibile | M. thermoresistibile |
| 1 | M. fortuitum | M. wolinskyi | M. wolinskyi |
a
NA, not applicable; NI, not identified.