Table 2.
Comparison of RT-RPA and RT-PCR for detection of YMV and YMMV from purified RNAs and crude plant extracts from yam samples. Detection of the yam actin gene by RT-PCR was used as an internal control.
| Sample accession number | YMV |
YMMV |
||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RT-RPA (min) |
RT-PCR |
RT-RPA (min) |
RT-PCR |
|||||
| RNA | Crude extract | RNA | Crude extract | RNA | Crude extract | RNA | Crude extract | |
| TDa 95/310 | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TDa 98/159 | − | − | − | − | 10.32 | 11.38 | + | − |
| TDa 98/01166 | − | − | − | − | 6.57 | 10.69 | + | + |
| TDa 99/00240 | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TDa 00/00005 | − | − | − | − | 11.90 | 13.37 | + | − |
| TDa 00/00194 | − | − | − | − | 12.18 | 12.79 | + | − |
| TDr 89/02475 | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TDr 07/00033 | 3.10 | 5.05 | + | − | − | − | − | − |
| TDr 99/02674 | 5.46 | 6.12 | + | − | − | − | − | − |
| TDr 02/00515 | 4.37 | 5.17 | + | + | − | − | − | − |
| TDr 95/19177 | 5.05 | 4.21 | + | − | − | − | − | − |
| TDr 00/00515 | 5.17 | 4.60 | + | + | − | − | − | − |
| TDr 00/00168 | 4.79 | 5.05 | + | − | − | − | − | − |
| TDr 00/00362 | 5.42 | 7.00 | + | − | − | − | − | − |
| TDr 89/02665 | 5.09 | 25.34 | + | − | − | − | − | − |
| TDr 96/00604 | 6.12 | 10.97 | + | − | − | − | − | − |
| TDr 07/00873 | 3.50 | 8.43 | + | + | − | − | − | − |
| TDr 03/00196 | 3.36 | 5.63 | + | − | − | − | − | − |
| Ogoja (TDr) | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Hembakwase (TDr) | 4.74 | 7.21 | + | + | − | − | − | − |
| Idu-Ekpeye (TDr) | 7.67 | 7.01 | + | + | − | − | − | − |
| Pepa (TDr) | 9.86 | 23.17 | + | − | − | − | − | − |
| Ogini (TDr) | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Pouna (TDr) | 7.37 | 5.59 | + | − | − | − | − | − |
| Nwopoko (TDr) | 5.06 | 7.23 | + | + | − | − | − | − |
| Aloshi (TDr) | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Obioturugu (TDr) | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Adaka (TDr) | 4.74 | 24.15 | + | + | − | − | − | − |
| Amola (TDr) | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Makakusa (TDr) | − | − | − | − | − | − | − | − |
+: Positive result; −: negative result; TDa: Dioscorea alata accession; TDr: Dioscorea rotundata accession.