Table 2.
CocciEnv primers and probe
| CocciEnv assay primers | Name | Sequence 3′–5′ | Final conc. (μM) |
|---|---|---|---|
| Forward | CocciEnv_F1d1 | CGTTGCACRGGGAGCACCT | 0.375 |
| CocciEnv_F2 | AAGCTTTGGATCTTTGTGGCTCT | 0.375 | |
| CocciEnv_F3 | AATTGATCCATTGCAAGCACCT | 0.25 | |
| CocciEnv_F4 | AATCCAACCTTTGGAACTACACCT | 0.25 | |
| CocciEnv_F5 | TTTTCCGGTATGGACTAGCACCT | 0.375 | |
| CocciEnv_F6d2 | TGTTAGGTAATCYAACYAGCACCT | 0.125 | |
| CocciEnv_F7d2 | TRTTAGGTAATYCAACTAGCACCT | 0.125 | |
| CocciEnv_F8d1 | TGTTAGATAATCCAACYAGCACCT | 0.125 | |
| CocciEnv_F9d2 | GKTARGTAATCCAACTAGCACCT | 0.125 | |
| CocciEnv_F10d2 | TGTTAGGTARTCCAACTAGCAYCT | 0.125 | |
| CocciEnv_F11d2 | TGTTAGGTAATCCAACTMGCACYT | 0.125 | |
| Reverse | CocciEnv_R1 | GATGGAGGACTCTATATGCTTGT | 0.375 |
| CocciEnv_R2 | ATGGAGGACTCGTTATGCCTGT | 0.375 | |
| CocciEnv_R3 | GGAGGACCCGTATGCTTGTGT | 0.375 | |
| CocciEnv_R4 | TGCTAAATGATGGAGGGCTTGT | 0.375 | |
| CocciEnv_R5 | GATGGAGGCTCGTATGCTTGT | 0.375 | |
| CocciEnv_R6 | AAGGGGTTTGTGGTGAATCCTTA | 0.375 | |
| CocciEnv_R7 | CAGAAAAATAGCCGTATGCTTGT | 0.375 | |
| CocciEnv_R8d2 | TRATGGAGRACTTGTATGCTTGT | 0.125 | |
| CocciEnv_R9d1 | TGATGGAGGACTCGTATGCYTGT | 0.125 | |
| CocciEnv_R10d2 | TGATGGARRACTCATATGCTTGT | 0.125 | |
| CocciEnv_R11d2 | TGATAGAGAACTTGTATRCTTRT | 0.125 | |
| CocciEnv_R12d2 | TGATGAAGAACTTRTATRCTTGT | 0.125 | |
| CocciEnv_R13d2 | TGATRRAGGACTTGTATGCTTGT | 0.125 | |
| CocciEnv_R14 | TGATGGAAAACTTGTATGCTTGT | 0.125 | |
| CocciEnv_R15d2 | TGATGGAGGACTTGTAYAYTTGT | 0.125 | |
| CocciEnv_R16d2 | TGATGGAGGACTTGTAYGCTTRT | 0.125 | |
| CocciEnv_R17d2 | TGATGGAGGACTYATATGCTTRT | 0.125 | |
| CocciEnv_R18d2 | GATGGAGGACTCGTWYGCTTGT | 0.125 | |
| Taqman probe | CocciEnv_FMGB | 6FAM-ACCCACATAGATTAGC-MGBNFQ | 0.25 |