Table 1.
Summary of the results of RT-qPCR tests: Cq-values of nucleoprotein gene and indicated subtypes for representative samples.
Sample ID | AIV RT-qPCR (Cq values) | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NP14 | HA4plex PCR15 | NA3plex PCR15 | Duplex PCR | |||||||
H1pdm | H1av | H1hu | H3 | N1 | N2 | N1-pdm | H5 | N1 | ||
Sw48 | 35.55 | neg | neg | neg | neg | 33.0 | neg | neg | 32.06 | 41.09 |
Sw49 | 28.75 | neg | neg | neg | neg | 31.20 | neg | neg | not done | not done |
Sw50 | 33.45 | neg | neg | neg | neg | 35.63 | neg | neg | 31.13 | neg |
Sw53 | 32.77 | neg | neg | neg | neg | 34.79 | neg | neg | 32.38 | neg |
Sw54 | 33.62 | neg | neg | neg | neg | 33.27 | neg | neg | 31.31 | neg |
Sw55 | 27.56 | neg | neg | neg | neg | 36.40 | neg | neg | 31.14 | neg |
Sw59 | 34.41 | neg | neg | neg | neg | 35.56 | neg | neg | 29.94 | neg |
Sw60 | 32.94 | neg | neg | neg | neg | 27.40 | neg | neg | 29.96 | 29.92 |
Sw61 | 34.25 | neg | neg | neg | neg | 28.81 | neg | neg | 30.39 | 31.39 |
Sw62 | 33.77 | neg | neg | neg | neg | 31.73 | neg | neg | 30.42 | neg |
Sw65 | 33.99 | neg | neg | neg | neg | 33.67 | neg | neg | 31.18 | neg |
Sw66 | 34.74 | neg | neg | neg | neg | 34.10 | neg | neg | 30.81 | neg |
Sw67 | 34.70 | neg | neg | neg | neg | 29.27 | neg | neg | 30.49 | neg |
Sw72 | 32.89 | neg | neg | neg | neg | 34.79 | neg | neg | 28.35 | neg |
Sw73 | 31.51 | neg | neg | neg | neg | 31.72 | neg | neg | 28.21 | neg |
Sw74 | 33.19 | neg | neg | neg | neg | 32.59 | neg | neg | 29.81 | neg |
Sw75 | 32.11 | neg | neg | neg | neg | not done | not done | neg | 28.55 | neg |
Sw77 | 32.46 | neg | neg | neg | neg | 33.56 | neg | neg | not done | not done |
Sw79 | 34.52 | neg | neg | neg | neg | 33.56 | neg | neg | 28.57 | neg |
Sw80 | 34.08 | neg | neg | neg | neg | neg | neg | neg | 28.10 | neg |
Sw81 | 33.41 | neg | neg | neg | neg | 35.56 | neg | neg | 28.25 | neg |
Sw84 | 33.66 | neg | neg | neg | neg | 29.67 | neg | neg | 29.67 | neg |
Sw85 | 34.03 | neg | neg | neg | neg | 34.11 | neg | neg | 28.49 | neg |