. 2018 Apr 3;9(25):17756–17769. doi: 10.18632/oncotarget.24879

Table 1. Results of targeted gene sequencing analysis compared to ddPCR analysis on archived tumor samples and plasma samples at baseline (BL) and after 14 days (D14) of regorafenib therapy (cycle 1). Patient RGR-7 was excluded due to a poor quality blood sample at BL and D14. VAF, variant allele frequency.

Patient	Gene	Mutation	Variant	Targeted sequencing			ddPCR
Patient	Gene	Mutation	Variant	VAF (%) tumor	VAF (%) plasma baseline	VAF (%) plasma D14 (C1)	VAF (%) tumor	VAF (%) plasma baseline	VAF (%) plasma D14 (C1)
RGR-1	APC	p.R213^*	c.637C>T²	16,83	26,13	16,55	11,4	26,2	11,84
	KRAS	p.A146V	c.437C>T²	26,84	57,47	20,72	26	59,1	26,6
	TP53	p.R175H	c.524G>A²	34,94	67,46	28,94	33,2	71,8	33,4
RGR-2	APC	p.Y1376^*	c.4128T>A²	35,55	2,05	<1	62,4	4	0
RGR-2	KRAS	p.G12V	c.35G>T²	18,97	WT	WT	29,5	1,3	0,09
RGR-4	BRAF	p.V600E	c.1799T>A²	19,51	21,12	9,95	21,9	23,8	14,8
	KRAS	p.G12D	c.35G>A²	7,14	WT	WT	7,14	0,05	0,04
	PIK3CA	p.H1047R	c.3140A>G²	36,24	36,18	23,55	31,1	41,1	24,4
RGR-7	PIK3R1	p.S102^*	c.305C>A²	19,08	44,53	49,27	20,6	44,8	-
RGR-7	TP53	p.H214R	c.641A>G³	24,16	42,55	30,6	18,1	-	-
RGR-14	KRAS	p.G12D	c.35G>A²	36,62	24,69	10,05	36,6	31,4	18,3
RGR-24	APC	p.S1032^*	c.3095C>A²	18,73	54,17	12,58	27,6	41,7	19,1
RGR-26	KRAS	p.G12S	c.34G>A²	28,77	15,99	8,61	24,9	19,3	12,9
RGR-26	TP53	p.R196^*	c.586C>T²	37,5	20,32	12,35	28,1	23,3	13,2
RGR-28	SMAD3	p.F343L	c.1029C>A	21,19	5,72	<1	17,7	7	0,98
RGR-28	TP53	p.R273H	c.818G>A³	34,5	5,36	<1	47,5	11	1,7
RGR-30	NRAS	p.G12V	c.35G>T²	51,04	42,93	26	48,9	45,6	32,8
	APC	p.W685^*	c.2054G>A²	42,01	32,34	19,63	27	32	18,8
	TP53	p.G245S	c.733G>A	51,35	38,5	15,61	49,4	44	23,3
RGR-35	KRAS	p.G12C	c.34G>T²	13,21	7,9	<1	12,8	7,9	1,34
	PIK3CA	p.E545K	c.1633G>A²	12,74	9,93	1,49	15,5	8,2	1,74
	TP53	p.R248Q	c.743G>A³	19,51	9,27	1,13	17	8,5	1,21
RGR-38	APC	p.E941^*	c.2821G>T²	21,28	5,03	1,54	22,7	8,2	2,4
RGR-38	KRAS	p.G12D	c.35G>A²	19,94	2,78	1,64	23,1	8	1,9
RGR-43	NRAS	p.G12D	c.35G>A²	26,49	4,34	<1	26,8	7,1	0,27
	APC	p.R283^*	c.847C>T²	18,03	5,95	<1	31,6	7	0,15
	TP53	p.R248Q	c.743G>A³	37,72	7,11	<1	36,9	6,9	0,29
RGR-44	KRAS	p.Q61H	c.183A>C²	WT	12,54	10,4	WT	12,8	12
	PIK3CA	p.F83L	c.247TTT>AAA	31,23	36,5	30,04	33,7	41,4	38
	APC	p.R232^*	c.694C>T²	12,57	1,5	1,46	14,87	1,3	1,19
RGR-46	KRAS	p.G13R	c.37G>C²	35,04	7,66	5	30,3	11,9	6,36
	PIK3CA	p.E545K	c.1633G>A²	39,22	13,91	8,48	34,9	14	7,42
	APC	p.Q1429^*	c.4285C>T²	34,28	10,15	5,72	29,1	14,8	6,8
RGR-50	PIK3CA	p.E542K	c.1624G>A²	20,42	31,06	16,06	20,1	32	16,4
	KRAS	p.G12V	c.35G>T²	22,79	54,82	29,03	22	60,8	39,1
	TP53	p.R110P	c.329G>C	24,14	39,57	19,4	28,4	43,6	19
RGR-51	KRAS	p.G12A	c.35G>C²	35,34	25,84	16,99	32,2	29,1	19,6
	APC	p.Q1429^*	c.4285C>T²	35,43	24,32	15,41	30,7	29,8	18,87
	TP53	p.G245S	c.733G>A	47,14	36,86	21,07	49,8	43	25
RGR-54	KRAS	p.G13D	c.38G>A²	12,36	<1	<1	17,8	0,29	0,2
	PIK3CA	p.G1049R	c.3145G>C	13,48	<1	<1	15,4	0	0,013
	APC	p.R232^*	c.694C>T²	20,13	<1	<1	19	0,06	0,1
RGR-56	TP53	p.R337C	c.1009C>T	41,4	39,92	18,22	39,8	44,7	22,6
	APC	p.Q1367^*	c.4099C>T²	27,06	19,68	7,54	31	31,1	13,4
	NOTCH1	p.A1104T	c.3310G>A	31,09	16,87	7,9	27,9	17,8	8,4
RGR-58	KRAS	p.G12C	c.34G>T²	2,86	63,42	20,94	3,6	61,4	17,6
RGR-58	TP53	p.M237K	c.710T>A²	1,47	64,11	19,59	1,16	63,4	24,9
RGR-61	APC	p.A1492Cfs^*1513	c.2510_2511insT²	30,85	19,9	20,3	35,6	24,5	22,5
	KRAS	p.Q61H	c.183A>C²	33,36	23,27	32,9	36,3	31,8	38,4
	TP53	p.R158H	c.473G>A	63,7	27,62	29,85	67,6	35,3	38,9
	FBXW7	p.A422Qfs^*443	c.1262delC	61,42	46,72	31,5	60,9	34,3	38,5