. 2018 Apr 16;14(4):e1006060. doi: 10.1371/journal.pcbi.1006060

Table 3. Reactions in the RES (I, M, ISF) compartment.

Reaction Terms	Expressions
$R_{I}^{F e^{2 +}}$	$- k_{F e^{2 +} \to F e^{3 +}} C_{I}^{F e^{2 +}} + k_{F e^{3 +} \to F e^{3 +}} C_{I}^{F e^{3 +}} - k_{F e^{2 +}, F P N} C_{I}^{F e^{2 +}} C_{I}^{F P N}$
$R_{I}^{F e^{3 +}}$	$k_{F e^{2 +} \to F e^{3 +}} C_{I}^{F e^{2 +}} - k_{F e^{3 +} \to F e^{3 +}} C_{I}^{F e^{3 +}}$
$R_{I}^{F e^{2 +} F P N}$	$k_{F e^{2 +}, F P N} C_{I}^{F e^{2 +}} C_{I}^{F P N}$
$R_{I}^{F P N}$	$- k_{F e^{2 +}, F P N} C_{I}^{F e^{2 +}} C_{I}^{F P N} - k_{F P N, H e p c} C_{I}^{F P N} C_{P}^{H e p c} - k_{F P N, r h H e p c} C_{I}^{F P N} C_{T}^{r h H e p c}$
$R_{M}^{F e^{2 +} F P N}$	$- (k_{F e^{2 +} F P N, O_{2}} C_{M}^{O_{2}} + k_{F e^{2 +} F P N, C p} C_{M}^{C p (C u^{2 +})}) C_{M}^{F e^{2 +} F P N}$
$R_{M}^{F e^{3 +} F P N}$	$(k_{F e^{2 +} F P N, O_{2}} C_{M}^{O_{2}} + k_{F e^{2 +} F P N, C p} C_{M}^{C p (C u^{2 +})}) C_{M}^{F e^{2 +} F P N} - k_{F e^{3 +} F P N, F e^{3 +}} C_{M}^{F e^{3 +} F P N}$
$R_{M}^{F e^{3 +}}$	$k_{F e^{3 +} F P N, F e^{3 +}} C_{M}^{F e^{3 +} F P N} - k_{F e^{3 +}, T f} C_{M}^{F e^{3 +}} C_{M}^{T f} - k_{F e^{3 +}, F e^{3 +} T f} C_{M}^{F e^{3 +}} C_{M}^{F e^{3 +} T f}$
$R_{M}^{F P N}$	$k_{F e^{3 +} F P N, F e^{3 +}} C_{M}^{F e^{3 +} F P N} - k_{F P N, H e p c} C_{M}^{F P N} C_{M}^{H e p c} - k_{F P N, r h H e p c} C_{M}^{F P N} C_{M}^{r h H e p c}$
$R_{M}^{F e^{3 +} T f}$	$k_{F e^{3 +}, T f} C_{M}^{F e^{3 +}} C_{M}^{T f} - k_{F e^{3 +}, F e^{3 +} T f} C_{M}^{F e^{3 +}} C_{M}^{F e^{3 +} T f}$
$R_{M}^{{(F e^{3 +})}_{2} T f}$	$k_{F e^{3 +}, F e^{3 +} T f} C_{M}^{F e^{3 +}} C_{M}^{F e^{3 +} T f}$
$R_{M}^{T f}$	$- k_{F e^{3 +}, T f} C_{M}^{F e^{3 +}} C_{M}^{T f}$
$R_{M}^{C p (C u^{2 +})}$	$- k_{F e^{2 +} F P N, C p} C_{M}^{C p (C u^{2 +})} C_{M}^{F e^{2 +} F P N} + k_{C p (C u^{1 +}), O_{2}} C_{M}^{O_{2}} C_{M}^{C p (C u^{1 +})}$
$R_{M}^{C p (C u^{1 +})}$	$k_{F e^{2 +} F P N, C p} C_{M}^{C p (C u^{2 +})} C_{M}^{F e^{2 +} F P N} - k_{C p (C u^{1 +}), O_{2}} C_{M}^{O_{2}} C_{M}^{C p (C u^{1 +})}$
$R_{I S F}^{F e^{3 +} T f}$	$k_{F e^{3 +}, T f} C_{I S F}^{F e^{3 +}} C_{I S F}^{T f} - k_{F e^{3 +}, F e^{3 +} T f} C_{I S F}^{F e^{3 +}} C_{I S F}^{F e^{3 +} T f}$
$R_{I S F}^{{(F e^{3 +})}_{2} T f}$	$k_{F e^{3 +}, F e^{3 +} T f} C_{I S F}^{F e^{3 +}} C_{I S F}^{F e^{3 +} T f}$
$R_{I S F}^{T f}$	$- k_{F e^{3 +}, T f} C_{I S F}^{F e^{3 +}} C_{I S F}^{T f}$