Table 2. Sequence polymorphisms detected in three chloroplast DNA regions of T. himalayanum identifying 19 haplotypes (H1–H19).
| Nucleotide position | rbcL-accD | rps15-ycf1 | trnH-psbA | ||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 | 3 | 4 | 4 | 5 | 5 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 2 | 2 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 1 | 1 | 2 | ||||||
| 1 | 5 | 0 | 3 | 5 | 6 | 4 | 6 | 1 | 1 | 1 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 5 | 2 | 7 | 9 | 4 | 9 | 0 | 8 | 2 | 4 | 4 | 4 | 2 | 7 | 1 | |
| 3 | 2 | 5 | 9 | 0 | 7 | 9 | 9 | 3 | 4 | 5 | 1 | 2 | 4 | 5 | 6 | 5 | 4 | 9 | 8 | 6 | 8 | 9 | 4 | 3 | 5 | 8 | 9 | 8 | 7 | 1 | |
| H1 | A | G | G | C | G | C | – | G | T | A | A | A | A | – | T | T | * | C | d | – | A | A | T | T | – | G | – | – | G | G | C |
| H2 | · | · | · | · | · | · | – | · | · | · | · | · | · | $ | · | · | · | A | · | – | · | · | · | · | – | · | – | – | · | · | · |
| H3 | · | · | · | · | · | · | – | · | · | · | · | · | · | $ | · | · | · | A | · | – | · | · | · | · | – | · | – | – | · | T | · |
| H4 | · | · | · | · | · | · | – | · | · | · | · | · | · | – | · | · | · | A | · | – | · | · | · | · | – | · | – | – | · | · | · |
| H5 | T | · | A | · | A | · | – | · | · | · | · | · | · | $ | A | · | – | A | · | – | · | C | · | G | – | · | ψ | – | T | · | · |
| H6 | T | · | · | · | A | · | – | · | · | · | · | · | · | $ | A | · | – | A | · | – | · | C | · | G | – | · | ψ | – | T | · | · |
| H7 | · | · | · | · | · | · | – | · | · | · | · | · | · | $ | A | · | · | A | · | – | · | · | · | · | – | · | – | – | · | · | · |
| H8 | · | · | · | · | · | · | – | · | · | · | · | · | · | $ | A | A | · | A | · | – | · | · | · | · | – | · | – | – | · | · | · |
| H9 | · | A | · | · | · | · | – | · | · | · | · | · | · | $ | A | · | · | A | · | – | · | · | · | · | – | · | – | – | · | · | · |
| H10 | · | · | · | · | · | · | – | · | A | · | · | · | · | $ | A | · | · | A | § | – | · | · | · | · | – | · | – | – | · | · | · |
| H11 | · | · | · | · | · | · | # | · | A | · | · | T | · | $ | A | · | · | A | · | – | · | · | · | · | – | · | – | – | · | · | · |
| H12 | · | · | · | · | · | · | – | · | A | · | · | · | T | $ | A | · | · | A | · | – | · | · | · | · | – | · | – | – | · | · | · |
| H13 | · | · | · | · | · | · | – | · | · | · | · | · | – | $ | A | · | · | A | · | – | · | · | · | · | – | · | – | – | · | · | · |
| H14 | · | · | · | · | · | · | – | · | · | · | · | · | T | $ | A | · | · | A | · | – | · | · | · | · | – | · | – | – | · | · | · |
| H15 | · | · | · | · | · | · | – | · | · | · | · | · | T | $ | A | · | · | A | · | – | · | · | · | · | – | · | – | – | · | T | · |
| H16 | · | · | · | · | · | T | – | · | · | · | · | · | T | $ | A | · | · | A | · | – | · | · | · | · | – | · | – | – | · | · | · |
| H17 | · | · | · | · | · | · | – | · | · | · | · | · | T | $ | A | · | · | A | · | – | · | · | · | · | ξ | · | – | – | · | · | · |
| H18 | · | · | · | · | · | · | – | · | · | · | · | · | T | $ | A | · | · | A | – | – | · | · | · | · | – | · | · | – | · | · | · |
| H19 | · | · | · | A | · | · | # | A | T | T | T | · | · | $ | A | · | · | A | – | ж | G | · | G | · | – | A | ψ | & | T | · | A |
Notes:
Sequences are numbered from the 5′ to the 3′ end in each region.
# = AGGTCATGTGCCAC, $ = A, * = TCTC, § = CGAATT, ж = T, ξ = ATATC, ψ = G, & = GG.