Table 2. Thermodynamic stability of TBA variants modified with RNA-iG and RNA-s4U (iGR,s4UR) or UNA-iG and UNA-s4U (iGU,s4UU)a.
| Position of modification |
Sequence (5ʹ-3ʹ) |
Average of curve fits | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ΔG˚37 (kcal/mol) | TM (˚C) |
ΔΔG˚37 (kcal/mol) | ΔTM (˚C) |
ΔΔG˚37 (kcal/mol) | ΔTM (˚C) |
||
| GGTTGGTGTGGTTGG | -1.74±0.02 | 50.7 | 0 | 0 | |||
| G1, T3 | iGRGs4URTGGTGTGGTTGG | 1.39±0.06 | 29.0 | 3.13 | -21.7 | 0 | 0 |
| G1, T3 | iGUGs4UUTGGTGTGGTTGG | 1.48±0.07 | 20.6 | 3.22 | -30.1 | 0.09 | -8.4 |
| G1, T7 | iGRGTTGGs4URGTGGTTGG | 2.18±0.22 | 17.1 | 3.92 | -33.6 | 0 | 0 |
| G1, T7 | iGUGTTGGs4UUGTGGTTGG | 1.33±0.06 | 22.7 | 3.07 | -28 | -0.85 | 5.6 |
| G1, T9 | iGRGTTGGTGs4URGGTTGG | 0.09±0.01 | 36.0 | 1.83 | -14.7 | 0 | 0 |
| G1, T9 | iGUGTTGGTGs4UUGGTTGG | 2.21±0.19 | 20.0 | 3.95 | -30.7 | 2.12 | -16.0 |
| G1, T12 | iGRGTTGGTGTGGs4URTGG | 0.11±0.02 | 35.9 | 1.85 | -14.8 | 0 | 0 |
| G1, T12 | iGUGTTGGTGTGGs4UUTGG | 2.04±0.11 | 19.4 | 3.78 | -31.3 | 1.93 | -16.5 |
| G1, T13 | iGRGTTGGTGTGGTs4URGG | n.d. | <15.0 | - | - | - | - |
| G1, T13 | iGUGTTGGTGTGGTs4UUGG | n.d. | <15.0 | - | - | - | - |
| T3, G8 | GGs4URTGGTiGRTGGTTGG | -0.81±0.03 | 44.1 | 0.93 | -6.6 | 0 | 0 |
| T3, G8 | GGs4UUTGGTiGUTGGTTGG | 0.19±0.02 | 35.2 | 1.93 | -15.5 | 1 | -8.9 |
| T7, G8 | GGTTGGs4URiGRTGGTTGG | -0.88±0.04 | 44.4 | 0.86 | -6.3 | 0 | 0 |
| T7, G8 | GGTTGGs4UUiGUTGGTTGG | 0.10±0.07 | 36.1 | 1.84 | -14,6 | 0.98 | -8.3 |
| G8, T9 | GGTTGGTiGRs4URGGTTGG | -0.81±0.03 | 44.5 | 0.93 | -6.2 | 0 | 0 |
| G8, T9 | GGTTGGTiGUs4UUGGTTGG | 0.71±0.03 | 30.4 | 2.45 | -20.3 | 1.52 | -14.1 |
| G8, T12 | GGTTGGTiGRTGGs4URTGG | -0.85±0.04 | 44.1 | 0.89 | -6.6 | 0 | 0 |
| G8, T12 | GGTTGGTiGUTGGs4UUTGG | 0.17±0.02 | 35.4 | 1.91 | -15.3 | 1.02 | -8.7 |
| G8, T13 | GGTTGGTiGRTGGTs4URGG | 0.36±0.10 | 33.6 | 2.10 | -17.1 | 0 | 0 |
| G8, T13 | GGTTGGTiGUTGGTs4UUGG | 0.95±0.01 | 28.0 | 2.69 | -22.7 | 0.59 | -5.6 |
| T3, G10 | GGs4URTGGTGTiGRGTTGG | -0.19±0.04 | 38.5 | 1.55 | -12.2 | 0 | 0 |
| T3, G10 | GGs4UUTGGTGTiGUGTTGG | 1.87±0.17 | 22.3 | 3.61 | -28.4 | 2.06 | -16.2 |
| T7, G10 | GGTTGGs4URGTiGRGTTGG | -0.21±0.02 | 38.8 | 1.53 | -11.9 | ||
| T9, G10 | GGTTGGTGs4URiGRGTTGG | -0.54±0.02 | 42.6 | 1.2 | -8.1 | ||
| G10, T12 | GGTTGGTGTiGRGs4URTGG | -0.20±0.02 | 38.7 | 1.54 | -12.0 | 0 | 0 |
| G10, T12 | GGTTGGTGTiGUGs4UUTGG | 1.61±0.09 | 21.3 | 3.35 | -29.4 | 1.81 | -17.4 |
| G10, T13 | GGTTGGTGTiGRGTs4URGG | 0.60±0.02 | 30.6 | 2.34 | -20.1 | ||
| G1, T3, T7, T9, T13 | iGRGs4URTGGs4URGs4URGGTs4URGG | 0.99±0.08 | 24.7 | 2.73 | -26.0 | ||
| T3, T7, G8, T9, T13 | GGs4URTGGs4URiGRs4URGGTs4URGG | -0.50±0.09 | 42.0 | 1.24 | -8.7 | ||
| T3, T7, T9, G10, T13 | GGs4URTGGs4URGs4URiGRGTs4URGG | -0.17±0.04 | 38.7 | 1.57 | -12.0 | ||
| G1, T3, T7, G8, T9, G10, T13 | iGRGs4URTGGs4URiGRs4URiGRGTs4URGG | n.d. | <15 | - | - | - | - |
| G1, T3, T7, G8, T9, G10, T13 | iGUGs4UUTGGs4UUiGUs4UUiGUGTs4UUGG | n.d. | <15 | - | - | - | - |
a buffer: 100mM KCl, 20mM sodium cacodylate, 0.5 mM EDTA(Na)2, pH 7.0
n.d.–not determined, detailed thermodynamic analysis is presented in S4 Table