Table 3.

Mean squared error (MSE) of genomic predictions of different models using all deletions and biallelic duplications (173 CNVs)

Trait	BayesA	BayesA+CNV	BayesB	BayesB+CNV	GBLUP	GBLUP+CNV
BW	0.87	0.86	0.89	0.85	0.88	0.89
CW	0.10	0.14	0.11	0.12	0.12	0.12
CY	0.18	0.21	0.20	0.23	0.19	0.21
MW	0.29	0.29	0.30	0.26	0.24	0.25
MY	0.28	0.32	0.26	0.22	0.27	0.22
PW	0.08	0.11	0.10	0.07	0.09	0.11
PWG	25.76	25.45	24.32	24.49	23.76	24.38
PY	0.16	0.16	0.14	0.15	0.15	0.11
WG	18.32	20.85	20.14	20.76	14.60	16.68