Table 2. Average RMSD values between experimental and predicted binding sites during the production phase. The position of ions are predicted with MobyWat (80,81). The resulting top 50 ion positions are considered for each replica.

System	Na+CI	Na+PS	Mg2+CI	Mg2+PS
Ion	Na+	Na+	Mg2+	Na+	Mg2+
1D4R
MG-90	2.8±1.7	2.4±1.0	1.0±0.5	4.2±1.2	1.1±0.5
MG-91	6.0±1.0	6.9±2.1	5.0±0.7	5.6±1.5	4.4±0.7
2MTK
MG-48*	7.5±0.9	7.7±0.8	7.4±3.2	8.1±4.0	5.8±1.9
MG-49	5.2±1.2	4.3±1.2	3.9±0.9	5.6±3.0	2.9±1.6
MG-50	4.2±1.0	4.6±1.7	6.7±3.0	4.7±1.4	5.7±2.3
MG-51	2.6±0.7	1.7±1.0	3.2±0.8	3.9±1.3	3.5±0.4
MG-52	5.9±0.4	4.1±1.3	3.6±0.5	3.9±2.5	3.8±2.4
MG-53	3.3±1.2	3.1±1.5	2.1±0.4	3.2±0.5	2.3±1.1
2QEK
K-47	3.3±1.2	2.7±0.3	2.1±0.6	2.8±2.4	1.8±0.5
K-48	3.3±0.7	3.4±0.5	3.4±0.1	3.7±2.4	5.2±2.4
MG-49	3.6±0.6	2.4±1.1	2.5±0.2	2.9±0.8	2.5±1.3
K-50	1.6±0.7	2.1±0.6	2.0±0.7	4.4±3.7	2.5±0.4
4FRG
MG-179	2.2±0.8	2.2±0.3	2.4±0.7	1.6±0.2	4.4±0.8
MG-180	1.5±0.5	1.4±0.2	2.4±0.8	1.7±0.2	5.3±0.4
MG-181	2.5±1.0	4.2±2.8	2.8±0.5	8.5±0.8	1.4±0.5
MG-182*	8.0±0.6	9.1±2.3	7.6±0.5	11.5±3.6	7.0±0.6
MG-183	5.7±1.2	4.7±1.2	3.7±1.5	3.5±1.7	4.7±2.9
MG-184	1.5±0.6	1.6±0.6	1.1±0.3	3.5±1.4	2.0±1.5
MG-185	3.2±1.3	3.4±0.7	3.7±1.3	2.1±0.3	5.9±1.4
4JF2
MG-94	1.4±0.7	1.5±0.4	2.2±1.1	2.5±1.7	2.7±1.0
MG-95*	7.0±0.7	6.5±1.8	3.2±0.6	4.7±1.8	4.6±0.7
MG-96	1.8±0.1	1.6±0.8	2.5±0.8	2.6±0.3	2.9±0.9
MG-97*	26.6±7.7	31.1±6.3	18.3±2.7	24.9±6.1	20.6±0.8
4KQY
MG-121	1.8±0.5	1.6±0.7	1.8±0.4	0.8±0.6	3.4±0.9
MG-122*	3.4±1.9	5.0±0.4	1.8±0.5	8.4±2.3	4.2±2.0
4P5J
MG-85	2.3±0.4	2.9±0.6	1.1±0.7	3.1±1.4	1.8±0.2
MG-86	2.2±0.4	2.5±0.2	2.5±0.5	5.3±3.2	3.5±2.1