. 2018 Jun 15;9(46):28083–28102. doi: 10.18632/oncotarget.25562

Table 1. Major subsets of GBM that carried different gene amplification profiles, as identified in our series (series 1) of GBM patients (n=80) grouped according to the location, type and number of chromosomal regions involved (n=45/80 tumors).

Tumor group		Tumor ID	Amplified chromosome(s)	N. of amplified chromosomal band(s)/genes	Amplified Chromosomal bands
Gene amplification at a single chromosomal region (n=27)	EGFR gene involved (n=17;21%)	G94 G55 G91 G80 1/3G72 G68 G67 G56 G44^ϑ G40^ϑ G37^ϑ G30^ϑ GBM3^ϑ GBM7^ϑ GBM11^ϑ GBM12^ϑ GBM17^ϑ	7p	2/4 2/2 1/2 1/2 1/2 1/1 1/2 1/3 1/3 1/2 1/1 1/17 1/3 1/7 1/25 1/2	7p11.2/7p12.1^# 7p11.2
Gene amplification at a single chromosomal region (n=27)	EGFR gene not involved (n=10;13%)	G73 G12 GBM1^ϑ GBM14^ϑ G51^ϑ G46^ϑ G25^ϑ G79 G54 G10	4q 12q 1q 16q#	3/35 1/29 1/16 1/7 2/14 2/5 1/8 1/12 1/18 1/0	4q11/4q12/4q13.3 4q11^#/4q12 4q12 4q12 12q13.3/12q14.1 12q14.1-q14.3/12q15 12q14.1 1q32.1 16q12.1-q12.2
Gene amplification at multiple chromosomal regions (n=18)	EGFR gene & other amplicons involved (n=13;16%) EGFR gene not involved (n=5;6%)	G39^ϑ G41 G53^ϑ G70 G83 G65 GBM19^ϑ G23^ϑ GBM4^ϑ G82 G90 G81 G71 GBM13^ϑ GBM22^ϑ G08^ϑ G88 G89	7p, 12q 1q, 7p 7p, 7q 7p, 11p 1q,7p,12q 4q, 7p, 12q 5q^#, 6q^#, 7p 7p, 17p, 17q 7p, 11p, 11q, 12q 4q, 12q 1p, 7q 4q, 7q, 12q 1p, 12q, 17q	1/2, 2/9 1/4, 2/11 3/6, 1/2 1/1, 2/20 1/16, 1/1 1/26, 1/12 4/5 1/2, 1/17 1/18, 1/6, 2/11 2/6, 1/1, 3/23 1/1 1/2, 2/11 2/5, 3/16, 2/19 1/7, 1/11 1/19, 2/20 3/30, 1/7 2/13, 1/3, 4/30 1/3, 2/21, 3/6	7p11.2/12q13.3/12q14.1 7p11.2/12q14/12q15 7p11.2/7p21.3/7p22.1/12q15 7p11.2/12q13.3/12q14.1 1q32.1/7p11.2 7p21/7p12.3/7p11.2/7q22.3 7p11.2/11p13 1q32.1/7p11.2/12q13.3/12q14.1 4q12/4q13.3/7p11.2/12q13.12- q13.13/12q13.3/12q14.1/12q15 5q34/6q25/7p11.2 7p11.2/17p13.1/17q25.1 7p11.2/7p12.1/11p15.3/11p11.2^#/ 11q13.3/11q25/12q13.3/12q14.1 4q12/12q14.1 4q12/12q13.3/12q14.1 1p12/1p13/1p21/7q21.2-q21.3 4q12/4q13.3/7q31.2/12q13.3/12q14.1/12q15/12q21.1 1p36.21/12q13.3/12q14.1/17q11/17q12^#/17q21/17q22^#/17q24

ID: Case identification code. Most frequently involved genes per chromosomal band included: 1q32.1, MDM4; 4q12, PDGFRA; 12q14.1, CDK4; 12q15, MDM2; 7q31.2,MET. ^#: Amplified chromosomal region without any annotated gene in it; ^ϑ: EGFR gene mutation studied in this sample.