Skip to main content
. 2018 Jul 2;9:1431. doi: 10.3389/fmicb.2018.01431

Table 4.

Genus-level taxonomic composition of the ileal bacterial communities.

Genus Day 42
 Day 84
 Weaning time
 Age
 W × A
CON EW CON EW SEM P-value QFDR P-value QFDR P-value QFDR
Turicibacter 10.62 12.86 21.26 7.88 1.128 <0.001 <0.001 0.006 0.008 <0.001 <0.001
Olsenella 4.91 4.51 4.41 3.87 0.215 0.300 0.600 0.189 0.600 0.848 1.000
Bifidobacterium 0.61 3.93 1.18 0.54 0.294 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001
Megasphaera 2.00 2.12 0.05 0.20 0.22 0.478 0.957 <0.001 <0.001 0.951 1.000
Clostridium 3.07 1.76 2.54 0.79 0.217 <0.001 <0.001 0.009 0.019 0.400 0.533
Butyrivibrio 0.15 1.72 1.47 1.44 0.135 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001
Sharpea 2.54 1.10 0.61 0.32 0.182 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001
Prevotella 0.43 0.95 0.93 1.01 0.059 <0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.009
Acetobacterium 0.45 0.75 0.19 0.11 0.054 <0.001 0.007 <0.001 <0.001 0.090 <0.001
Bacteroides 0.15 0.72 0.04 1.05 0.123 <0.001 0.002 0.568 0.757 0.258 0.516
Aeriscardovia 0.38 0.66 0.92 1.06 0.058 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 0.090 0.120
Lactococcus 0.22 0.58 0.83 0.65 0.048 0.010 0.013 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001
Syntrophococcus 1.39 0.54 0.20 0.61 0.093 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001
Methanobrevibacter 0.23 0.43 0.76 1.12 0.072 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 0.010 0.014
Akkermansia 0.50 0.32 0.08 0.24 0.041 0.829 1.000 <0.001 0.001 0.007 0.014
Succinivibrio 0.06 0.32 1.08 2.58 0.213 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001
Escherichia/Shigella 0.19 0.28 0.01 0.16 0.025 0.001 0.002 <0.001 0.001 0.354 0.472
Howardella 0.22 0.16 0.05 0.09 0.018 0.885 1.000 <0.001 0.001 0.084 0.169
Bulleidia 0.22 0.13 0.08 0.01 0.018 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 0.499 0.665
Parabacteroides 0.01 0.11 0.01 0.17 0.026 0.023 0.051 0.543 0.736 0.552 0.736
Streptococcus 0.03 0.10 0.05 0.04 0.007 <0.001 <0.001 0.001 0.002 <0.001 <0.001
Arthromitus 0.41 0.09 2.86 0.01 0.25 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 0.007
Pseudoflavonifractor 0.01 0.09 0.05 0.23 0.022 <0.001 0.001 0.004 0.008 0.101 0.134
Pseudomonas 0.18 0.08 0.08 0.02 0.013 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 0.140 0.187
Succiniclasticum 0.07 0.07 0.08 0.20 0.013 0.001 0.001 <0.001 0.001 0.001 0.001
Cellulosilyticum 0.24 0.07 0.04 0.01 0.02 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 0.001
Ruminococcus 0.01 0.07 0.05 0.11 0.015 0.039 0.156 0.198 0.396 0.872 1.000
Eggerthella 0.07 0.06 0.07 0.05 0.003 0.035 0.070 0.013 0.063 0.228 0.303
Adlercreutzia 0.01 0.06 0.15 0.16 0.014 0.024 0.054 <0.001 <0.001 0.098 0.130
Mitsuokella 0.35 0.05 0.10 0.02 0.029 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001
RC9-group 0.14 0.05 0.06 0.04 0.013 0.079 0.158 0.018 0.072 0.125 0.166
Alistipes 0.01 0.04 0.03 0.32 0.065 0.214 0.419 0.243 0.419 0.314 0.419
Anaerovibrio 0.05 0.04 0.10 0.06 0.007 0.024 0.054 0.001 0.003 0.115 0.153
Lactobacillus 2.18 0.01 0.03 0.02 0.197 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001
Saccharimonas 0.02 0.01 3.11 3.21 0.348 0.873 1.000 <0.001 <0.001 0.821 1.000
Chlamydophila 0 0 0.62 0 0.06 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001
Mycoplasma 0 0 0.25 0.3 0.038 0.632 0.847 <0.001 <0.001 0.635 0.847
Allobaculum 0.35 0 0 0 0.033 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001
Other (<0.05%) 0.70 0.87 1.10 2.02 0.112 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001
Unclassified 67.49 64.18 54.19 68.49 1.275 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001 <0.001

The CON group was weaned on day 56; the EW group was weaned on day 28.