Table 3.
Average pairwise genetic distances (d) estimated by Kimura's two-parameter method for begomovirus Rep, C4, V2, and CP coding regions, and the noncoding IR, after 45 days of tomato yellow leaf curl Sardinia virus (TYLCSV), tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) and tomato yellow leaf curl Malaga virus (TYLCMaV) infection in susceptible (ST) and resistant tomato (RT), common bean (Phaseolus vulgaris, CB) and Solanum nigrum (SN) hosts.
| Genomic Region | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Host | Virus | Dpi | Rep | C4 | IR | V2 | CP | |||||
| d | SE* | d | SE | d | SE | d | SE | d | SE | |||
| ST | TYLCSV | 15 | 0.00065 | 0.00047 | 0.00059 | 0.00061 | 0.00036 | 0.00035 | 0.00060 | 0.00058 | 0.00014 | 0.00014 |
| 30 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | ||
| 45 (1) | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00068 | 0.00028 | ||
| 45 (2) | 0.00035 | 0.00035 | 0.00064 | 0.00062 | 0.00082 | 0.00057 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00032 | 0.00032 | ||
| TYLCV | 15 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00060 | 0.00057 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00014 | 0.00014 | |
| 30 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00062 | 0.00060 | 0.00013 | 0.00013 | ||
| 45 (1) | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00037 | 0.00021 | ||
| 45 (2) | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00037 | 0.00038 | ||
| TYLCMaV | 15 | 0.00055 | 0.00054 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00032 | 0.00031 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00026 | 0.00017 | |
| 30 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00065 | 0.00045 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | ||
| 45 (1) | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00029 | 0.00029 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00035 | 0.00019 | ||
| 45 (2) | 0.00031 | 0.00032 | 0.00056 | 0.00054 | 0.00071 | 0.00048 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | ||
| RT | TYLCSV | 15 | 0.00058 | 0.00039 | 0.00107 | 0.00073 | 0.00066 | 0.00047 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00013 | 0.00012 |
| 30 | 0.00058 | 0.00041 | 0.00053 | 0.00052 | 0.00033 | 0.00031 | 0.00054 | 0.00053 | 0.00026 | 0.00018 | ||
| 45 (1) | 0.00029 | 0.00027 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00103 | 0.00071 | 0.00049 | 0.00023 | ||
| 45 (2) | 0.00038 | 0.00036 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00041 | 0.00040 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00014 | 0.00014 | ||
| TYLCV | 15 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | |
| 30 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00058 | 0.00056 | 0.00013 | 0.00012 | ||
| 45 (1) | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00056 | 0.00054 | 0.00054 | 0.00026 | ||
| 45 (2) | 0.00036 | 0.00035 | 0.00075 | 0.00075 | 0.00036 | 0.00034 | 0.00121 | 0.00081 | 0.00155 | 0.00055 | ||
| TYLCMaV | 15 | 0.00061 | 0.00041 | 0.00056 | 0.00054 | 0.00068 | 0.00048 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00014 | 0.00013 | |
| 30 | 0.00058 | 0.00040 | 0.00053 | 0.00052 | 0.00032 | 0.00032 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00012 | 0.00012 | ||
| 45 (1) | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00031 | 0.00030 | 0.00049 | 0.00048 | 0.00024 | 0.00016 | ||
| 45 (2) | 0.00063 | 0.00042 | 0.00056 | 0.00056 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00015 | 0.00015 | ||
| CB | TYLCV | 15 | 0.00058 | 0.00039 | 0.00053 | 0.00053 | 0.00145 | 0.00099 | 0.00109 | 0.00108 | 0.00089 | 0.00043 |
| 30 | 0.00058 | 0.00039 | 0.00107 | 0.00076 | 0.00032 | 0.00030 | 0.00173 | 0.00099 | 0.00092 | 0.00036 | ||
| 45 (1) | 0.00029 | 0.00028 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00026 | 0.00019 | ||
| 45 (2) | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00020 | 0.00020 | ||
| TYLCMaV | 15 | 0.00087 | 0.00050 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00064 | 0.00043 | 0.00162 | 0.00093 | 0.00065 | 0.00027 | |
| 30 | 0.00029 | 0.00028 | 0.00053 | 0.00053 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00039 | 0.00022 | ||
| 45 (1) | 0.00029 | 0.00028 | 0.00053 | 0.00052 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00054 | 0.00053 | 0.00052 | 0.00025 | ||
| 45 (2) | 0.00256 | 0.00152 | 0.00056 | 0.00056 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00015 | 0.00015 | ||
| SN | TYLCSV | 15 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00035 | 0.00034 | 0.00057 | 0.00056 | 0.00041 | 0.00023 |
| 30 | 0.00031 | 0.00030 | 0.00056 | 0.00054 | 0.00104 | 0.00059 | 0.00060 | 0.00059 | 0.00043 | 0.00022 | ||
| 45 (1) | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00098 | 0.00054 | 0.00171 | 0.00094 | 0.00095 | 0.00035 | ||
| 45 (2) | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00073 | 0.00050 | 0.00140 | 0.00081 | 0.00066 | 0.00036 | ||
| TYLCMaV | 15 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00032 | 0.00031 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00052 | 0.00025 | |
| 30 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00032 | 0.00032 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00026 | 0.00017 | ||
| 45 (1) | 0.00040 | 0.00040 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00092 | 0.00053 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | ||
| 45 (2) | 0.00082 | 0.00081 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00071 | 0.00068 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | 0.00000 | ||
*
SE, standard error.