Table 4.
Nucleotide and amino acid changes found in genomic regions of begomovirus mutant clones.
| Hostb | dpic | TYLCSVa | TYLCVa | TYLCMaVa | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Coding region Rep-C4 | Coding region V2-CP | IR | Coding region Rep-C4 | Coding region V2-CP | IR | Coding region Rep-C4 | Coding region V2-CP | IR | ||||||||||||||
| Nt | Rep | C4 | Nt | V2 | CP | Nt | Nt | Rep | C4 | Nt | V2 | CP | Nt | Nt | Rep | C4 | Nt | V2 | CP | Nt | ||
| ST | 15 | C2344T | Q92Q | R40K | C465G | A91G | P53A | A2636C | C585T | - | R82C | C23T (2) | G2604A | R6C (2) | - | G545T | - | Q79H | A140T | |||
| C2611G | Q3H | - | G901A | - | C198Y | |||||||||||||||||
| 30 | A2691Del | G478T | Q107H | R46I | T2716C | |||||||||||||||||
| C25T | ||||||||||||||||||||||
| 45(1)d | G533A | - | Q75Q | Ins141A (2) | C540G | - | Q76E | C500T | - | V64V | A2741del | |||||||||||
| G848T | - | M180I | C874T | - | T187I | G662T | - | G118G | T2750C | |||||||||||||
| T882A | - | S192T | A961T | - | Q216L | G670del | - | Frameshift | ||||||||||||||
| T1022C | - | S238S | G678A | - | E124K | |||||||||||||||||
| 45(2) | G716A | - | M136I | T546C | - | Y78H | C2411T | C70Y | A18T | |||||||||||||
| C1006T | - | A233V | C2751T | |||||||||||||||||||
| G2380C | S80S | P28R | G2772T | |||||||||||||||||||
| G2622T | ||||||||||||||||||||||
| G2728A | ||||||||||||||||||||||
| RT | 15 | T2300C | D107G | T55A | A527G | - | K73K | G2756A | T2431A | Q63H | N11I | G830T | - | R174M | A2764T | |||||||
| G2314C | S102S | P50R | G98C | G2467A | H51H | - | G2780A | |||||||||||||||
| Ins141A | Ins141A | |||||||||||||||||||||
| 30 | G2428T | F64L | S12Stop | C407T | P72S | A33A | A2750T | C409T | C85C | A27V | C2289T | V111I | P58P | G761T | - | M151I | A2741C | |||||
| G2535T | L29I | - | C1036T | - | A243V | C2466T | E52K | - | ||||||||||||||
| Ins2519T | Frameshift | - | ||||||||||||||||||||
| 45(1) | G2551T | L23L | - | C409A | P72P | P34H | G499C | K115N | S62T | G482A | V97I | M58I | A64G | |||||||||
| A489C | K99T | S61R | Ins661T | - | Frameshift | T512G | - | C68W | ||||||||||||||
| G711A | - | V135I | G854A | - | V180V | |||||||||||||||||
| C879A | - | P191T | T917G | - | V201V | |||||||||||||||||
| A1085C | - | S257S | ||||||||||||||||||||
| 45(2) | T788A | - | F160L | C341T | N62N | I9I | C500del | - | Frameshift | |||||||||||||
| G2467T | H51Q | - | ins417C | Frameshift | Frameshift | G836A | - | R176R | ||||||||||||||
| G2664T | A484C | I110I | Y57S | A2435T | I62N | S10T | ||||||||||||||||
| G701A | - | K129K | T2607A | K5Stop | - | |||||||||||||||||
| C797G | - | F161L | ||||||||||||||||||||
| G980T | - | E222D | ||||||||||||||||||||
| C1064T | - | I250I | ||||||||||||||||||||
| C2395T | L78L | W26Stop | ||||||||||||||||||||
| CB | 15 | G2342T | S96Y | P44T | G504T | Stop117L (2) | D59Y (2) | G2698T (3) | G2517T | L35I | - | G356T | G55C | K16N | C2724T | |||||||
| C2486T | R48K | - | C655T | - | S109L | A79G (2) | T2524G | L32L | - | C360T | S56L | R18C | A2756C | |||||||||
| C731T | - | F134F | G2611A | P3P | - | T424C | H77H | I39T | ||||||||||||||
| C820T | - | T164I | A612T | - | T102S | |||||||||||||||||
| A930T | - | R201Stop (2) | C1018T | - | A237V | |||||||||||||||||
| 30 | C2376G | A85P | Q32H | C346A | F64L | S6Y | A2757T | C2277T | E115K | V62V | C751A | - | T148N | |||||||||
| C395T | Q81Stop | Y22Y | Ins2775A | G998A | - | R202M | ||||||||||||||||
| C455T | Q101Stop | Y42Y | ||||||||||||||||||||
| A568C | - | K80T | ||||||||||||||||||||
| G597T | - | D90L | ||||||||||||||||||||
| A1062C | - | I245L | ||||||||||||||||||||
| T1069A | - | F247Y | ||||||||||||||||||||
| 45(1) | G2479T | L50L | - | T1025C | - | H232H | C2317T | K101K | S49N | G382A | Q63Q | S25N | ||||||||||
| T1029A | - | S234T | G621A | - | V105I | |||||||||||||||||
| G739T | - | R144M | ||||||||||||||||||||
| C839T | - | Y177Y | ||||||||||||||||||||
| 45(2) | T799C | - | D162A | G547T | - | R80L | ||||||||||||||||
| A553T | - | D82V | ||||||||||||||||||||
| G624T | - | G106C | ||||||||||||||||||||
| A961T | - | A218V | ||||||||||||||||||||
| G1013T | - | T235T | ||||||||||||||||||||
| A2323G | D99D | M47T | ||||||||||||||||||||
| T2476A | R48S | - | ||||||||||||||||||||
| C2527T | Q31Q | - | ||||||||||||||||||||
| C2617T | M1I | - | ||||||||||||||||||||
| C2663T | ||||||||||||||||||||||
| T2689G | ||||||||||||||||||||||
| C2737T | ||||||||||||||||||||||
| SN | 15 | T458A | S89T | Y50Stop | C22T | A648T | - | I114F | G41A | |||||||||||||
| G716A | - | M136I | C650A | - | I114I | |||||||||||||||||
| C1075T | - | T256I | T720G | - | F138V | |||||||||||||||||
| C805T | - | T166M | ||||||||||||||||||||
| 30 | A2328G | S98P | A45A | C360T | S56L | R18C | A100T | T518A | - | G70G | A54C | |||||||||||
| G822T | - | D172Y | A104T | C650A | - | I114I | ||||||||||||||||
| G913T | - | R202M | Ins106T | |||||||||||||||||||
| 45(1) | C313A | A40A | P2Q | T2732A | Del 2307-2414 | Frameshift | Frameshift | Del 537-736 | - | Frameshift | C2758T | |||||||||||
| G405A | C71Y | A33T | A2739T | G2467A | H51H | - | Del 541-747 | - | Frameshift | T69C | ||||||||||||
| C416T | P75S | V36V | C105T | T82G | ||||||||||||||||||
| A654G | - | I116V | ||||||||||||||||||||
| C879T | - | P191S | ||||||||||||||||||||
| T947C | - | N213N | ||||||||||||||||||||
| C948A | - | H214N | ||||||||||||||||||||
| 45(2) | C406T | C86C | A33V | A2288T | V111D | S59T | ||||||||||||||||
| C408T | P87L | P34S | G2570A | T17K | - | |||||||||||||||||
| G730T | - | R141L | C2844G | |||||||||||||||||||
| G867T | - | V187L | ||||||||||||||||||||
| C1069A | - | A254M | ||||||||||||||||||||
| C2842A | ||||||||||||||||||||||
a
TYLCSV, tomato yellow leaf curl Sardinia virus; TYLCV, tomato yellow leaf curl virus and TYLCMaV, tomato yellow leaf curl Malaga virus. Nucleotide numbers based on the sequences of TYLCSV (GenBank Z25751), TYLCV (GenBank AF071228) and TYLCMaV (GenBank AF271234).
b
ST, susceptible tomato; RT, resistant tomato; CB, common bean; SN, Solanum nigrum.
c
Days post inoculation.
d
Numbers in brackets indicate replicate sample.