Table 4. Genotyping of Orientia tsutsugamushi from individual mites by next-generation sequencing.
| No. | Host ID | Host species | Mite genus | Location | Chigger ID | O. tsutsugamushi genotype No. of reads or clones* (% abundance) | Infection type | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Gilliam (a) | Karp A (b) | Karp C (c) | Kato A (d) | Kato B (e) | TA763 A (f) | TA763 B (g) | Unknown (h) | |||||||
| 1 | MS0651 | R. rattus complex | Ascoschoengastia | Sisaket | Asc.MS0651 | - | - | - | - | - | - | 5461 (100) | - | Single |
| 2 | MS0651 | R. rattus complex | Lorillatum | Sisaket | Lor.MS0651 | - | - | - | - | - | - | 21* (100) | - | Single |
| 3 | DS016 | R. rattus complex | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS016 | - | 3810 (52) | - | - | 9083 (48) | - | - | - | Mixed |
| 4 | DS020 | T. glis | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS020.1 | - | - | - | - | - | - | 4,092 (100) |
- | Single |
| 5 | DS020 | T. glis | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS020.2 | 21,935 (100) | - | - | - | - | - | - | - | Single |
| 6 | DS021 | T. glis | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS021.1 | - | - | - | - | - | - | - | 10,466 (100) |
Single |
| 7 | DS021 | T. glis | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS021.2 | - | - | - | - | - | - | 14* (100) | - | Single |
| 8 | DS021 | T. glis | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS021.3 | - | - | - | - | - | 6,474 (100) | - | - | Single |
| 9 | DS021 | T. glis | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS021.4 | - | - | - | - | - | - | 17,554 (100) | - | Single |
| 10 | DS021 | T. glis | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS021.5 | - | 6,270 (100) | - | - | - | - | - | - | Single |
| 11 | DS024 | R. rattus complex | Gahrliepia | Pang Nga | Gah.DS024 | - | - | - | - | - | - | 28* (100) | - | Single |
| 12 | DS024 | R. rattus complex | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS024 | - | 1* (9) | - | 2* (18) | - | - | 8* (73) | - | Mixed |
| 13 | DS027 | R. rattus complex | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS027 | - | - | - | - | - | - | 14* (100) | - | Single |
| 14 | DS030 | R. rattus complex | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS030 | - | - | - | - | - | - | 12,249 (100) | - | Single |
| 15 | DS078 | B. indica | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS078 | - | - | - | 10,198(100) | - | - | - | - | Single |
| 16 | DS092 | B. indica | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS092.1 | - | - | - | - | - | - | 3,749 (100) | - | Single |
| 17 | DS092 | B. indica | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS092.2 | - | - | - | - | - | - | 9,900 (100) | - | Single |
| 18 | DS092 | B. indica | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS092.3 | - | - | - | - | 6* (100) | - | - | - | Single |
| 19 | DS092 | B. indica | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS092.4 | - | - | - | - | - | - | 5,214 (100) | - | Single |
| 20 | DS092 | B. indica | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS092.5 | - | - | - | - | - | - | 14,598 (100) | - | Single |
| 21 | DS092 | B. indica | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS092.6 | - | 9,933 (100) | - | - | - | - | - | Single | |
| 22 | DS092 | B. indica | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS092.7 | - | - | - | - | - | - | 28,943 (100) | - | Single |
| 23 | DS092 | B. indica | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS092.8 | 3,143 (74) | - | 814 (19) | - | 307 (7) | - | - | - | Mixed |
| 24 | DS092 | B. indica | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS092.9 | - | - | 374 (7) | - | 4668 (93) | - | - | - | Mixed |
| 25 | DS092 | B. indica | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS092.10 | - | - | - | - | 19,187 (100) | - | - | - | Single |
| 26 | DS123 | B. indica | Blankaartia | Pang Nga | Bla.DS123 | 9* (38) | - | - | - | 2* (8) | - | 13* (54) | - | Mixed |
| 27 | DS123 | B. indica | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS123.1 | - | - | - | - | 15,483(100) | - | - | - | Single |
| 28 | DS123 | B. indica | Leptotrombidium | Pang Nga | Lep.DS123.2 | - | - | - | - | - | - | 10,258 (100) | - | Single |