Table 3. Gene duplication, synonymous (Ks), nonsynonymous (Ka) and Ka/Ks values calculated for paralogous LEA2 gene pairs in cotton genome.

Gene type	Paralogous gene pairs		Length (aa)	Ka	Ks	Ka/Ks	Negative/purifying selection	P-Value (Fisher)
LEA2	CotAD_59405	CotAD_76129	627	0	0.00654	0	YES	0
LEA2	CotAD_20020	Cotton_A_01845	750	0	0.00568	0	YES	0
LEA2	CotAD_19078	Cotton_A_23172	648	0	0.00672	0	YES	0
LEA2	CotAD_08181	Cotton_A_27543	606	0	0.00697	0	YES	0
LEA2	CotAD_48976	Cotton_A_29779	660	0	0.00642	0	YES	0
LEA2	CotAD_35514	Gorai.010G176400.1	543	0	0.00822	0	YES	0
LEA2	CotAD_31536	Cotton_A_13470	627	0.00211	0.03373	0.06246	YES	0.00360292
LEA2	CotAD_37888	Cotton_A_08663	960	0.04378	0.55839	0.07841	YES	1.73E-37
LEA2	CotAD_03649	CotAD_37888	960	0.04522	0.54142	0.08352	YES	9.32E-36
LEA2	CotAD_03649	Cotton_A_14478	960	0.04592	0.52972	0.08668	YES	3.29E-35
LEA2	CotAD_03649	CotAD_73966	960	0.04597	0.527	0.08723	YES	4.70E-35
LEA2	CotAD_17102	CotAD_31536	627	0.00422	0.03365	0.12547	YES	0.0107355
LEA2	CotAD_44941	Gorai.005G203000.1	720	0.00175	0.01368	0.12779	YES	0.0998325
LEA2	CotAD_08181	CotAD_46550	606	0.00654	0.04975	0.1315	YES	0.00250188
LEA2	CotAD_17101	Cotton_A_13469	666	0.00195	0.01318	0.14805	YES	0.121749
LEA2	CotAD_09578	Cotton_A_02196	780	0.0903	0.59944	0.15064	YES	7.07E-24
LEA2	CotAD_35069	CotAD_62996	954	0.00551	0.03643	0.15116	YES	0.0017334
LEA2	CotAD_59405	Cotton_A_40363	627	0.00636	0.04016	0.15842	YES	0.00848415
LEA2	CotAD_17045	Cotton_A_14354	657	0.00201	0.01262	0.15958	YES	0.13409
LEA2	CotAD_09685	CotAD_53981	753	0.00711	0.04386	0.16211	YES	0.00252472
LEA2	CotAD_01700	Cotton_A_02196	780	0.09992	0.58986	0.16939	YES	8.68E-22
LEA2	CotAD_17062	CotAD_21731	732	0.00719	0.04161	0.17276	YES	0.00506705
LEA2	CotAD_35069	Cotton_A_24356	954	0.00551	0.03178	0.17329	YES	0.00508945
LEA2	CotAD_10376	Cotton_A_05625	831	0.00645	0.03444	0.18723	YES	0.00723285
LEA2	CotAD_21924	Cotton_A_18919	786	0.01028	0.05219	0.19697	YES	0.00026749
LEA2	CotAD_31535	Gorai.006G150200.1	666	0.00391	0.01981	0.19743	YES	0.082505
LEA2	CotAD_25271	Cotton_A_14676	405	0.00647	0.03234	0.20023	YES	0.085476
LEA2	CotAD_09685	Cotton_A_05444	753	0.0089	0.04387	0.20282	YES	0.00516244
LEA2	CotAD_46888	Cotton_A_09596	573	0.00922	0.0453	0.20351	YES	0.0147038
LEA2	CotAD_08181	Gorai.009G305100.1	606	0.00435	0.02103	0.20672	YES	0.090366
LEA2	CotAD_19078	CotAD_66774	648	0.01009	0.04842	0.20844	YES	0.00834864
LEA2	CotAD_32487	Cotton_A_13240	630	0.00425	0.01917	0.22185	YES	0.103356
LEA2	CotAD_23118	CotAD_74061	1215	0.01611	0.06882	0.23405	YES	5.00E-05
LEA2	CotAD_36328	CotAD_64346	630	0.01777	0.07564	0.23489	YES	0.000973496
LEA2	CotAD_32847	CotAD_39064	612	0.01106	0.0461	0.23994	YES	0.0153075
LEA2	CotAD_46873	CotAD_60617	630	0.00835	0.03452	0.24185	YES	0.0372109
LEA2	CotAD_46873	Cotton_A_09615	630	0.00835	0.03452	0.24185	YES	0.0372109
LEA2	CotAD_18546	CotAD_37776	519	0.01016	0.04195	0.24212	YES	0.0375368
LEA2	CotAD_19375	Cotton_A_06435	675	0.01345	0.05541	0.24268	YES	0.00759106
LEA2	CotAD_46888	CotAD_61391	573	0.01387	0.05313	0.26111	YES	0.0175133
LEA2	CotAD_23118	Cotton_A_38117	1215	0.01611	0.06077	0.26514	YES	0.000321992
LEA2	CotAD_19214	Cotton_A_30889	543	0.00237	0.0083	0.28598	YES	0.347253
LEA2	CotAD_31535	Cotton_A_13469	666	0.01377	0.04718	0.2919	YES	0.0234164
LEA2	CotAD_21924	CotAD_64657	786	0.01373	0.04693	0.29247	YES	0.0120925
LEA2	CotAD_31140	Cotton_A_15998	747	0.00174	0.0058	0.30099	YES	0.356655
LEA2	CotAD_30219	Cotton_A_32495	597	0.01105	0.03626	0.30482	YES	0.0618481
LEA2	CotAD_46873	Gorai.001G124400.1	630	0.00208	0.00674	0.30909	YES	0.361889
LEA2	CotAD_46888	Gorai.001G122700.1	573	0.0046	0.0148	0.31039	YES	0.238274
LEA2	CotAD_28252	CotAD_53263	492	0.01356	0.04285	0.31656	YES	0.069282
LEA2	CotAD_14147	Cotton_A_02370	636	0.00416	0.01312	0.3169	YES	0.244174
LEA2	CotAD_23646	Cotton_A_27300	609	0.04249	0.13135	0.32348	YES	0.000630664
LEA2	CotAD_09578	Cotton_A_07036	780	0.00342	0.01037	0.33004	YES	0.256013
LEA2	CotAD_17045	CotAD_64004	657	0.02247	0.06523	0.34445	YES	0.0157104
LEA2	CotAD_37888	CotAD_73966	960	0.01528	0.0442	0.34576	YES	0.0157353
LEA2	CotAD_37888	Cotton_A_14478	960	0.01247	0.03528	0.3534	YES	0.0321315
LEA2	CotAD_23646	Gorai.006G199800.1	609	0.04249	0.11411	0.37237	YES	0.00460089
LEA2	CotAD_17062	Cotton_A_14370	732	0.0099	0.02648	0.37402	YES	0.0618224
LEA2	CotAD_02652	Cotton_A_02370	636	0.01256	0.03311	0.37934	YES	0.101339
LEA2	CotAD_19214	CotAD_35514	543	0.00955	0.02509	0.38065	YES	0.19023
LEA2	CotAD_21731	Cotton_A_14370	732	0.00899	0.02354	0.38192	YES	0.138838
LEA2	CotAD_13584	Cotton_A_01845	750	0.00878	0.02294	0.38264	YES	0.139381
LEA2	CotAD_17101	CotAD_31535	666	0.01576	0.04026	0.3915	YES	0.077316
LEA2	CotAD_35091	CotAD_60435	753	0.03016	0.07689	0.39221	YES	0.0144267
LEA2	CotAD_20308	CotAD_70003	573	0.00915	0.02291	0.39918	YES	0.206152
LEA2	CotAD_50359	CotAD_66538	633	0.01677	0.04094	0.40958	YES	0.0891624
LEA2	CotAD_01700	Cotton_A_07036	780	0.01551	0.03701	0.41916	YES	0.0752732
LEA2	CotAD_02652	CotAD_14147	636	0.00835	0.01974	0.42281	YES	0.226532
LEA2	CotAD_35513	Cotton_A_30890	651	0.02193	0.05102	0.42978	YES	0.0738291
LEA2	CotAD_35514	Cotton_A_30889	543	0.00716	0.01659	0.43135	YES	0.312651
LEA2	CotAD_28872	Gorai.005G203000.1	720	0.01233	0.02762	0.44641	YES	0.170613
LEA2	CotAD_56699	Cotton_A_38534	639	0.02021	0.04493	0.44988	YES	0.106618
LEA2	CotAD_01700	CotAD_09578	780	0.01202	0.02634	0.45642	YES	0.151105
LEA2	CotAD_40972	Cotton_A_29659	591	0.96659	2.0709	0.46675	YES	0.00123143
LEA2	CotAD_40972	CotAD_38978	591	0.96025	2.04193	0.47026	YES	0.00125135
LEA2	CotAD_17101	Gorai.006G150200.1	666	0.01977	0.04018	0.49197	YES	0.209339
LEA2	CotAD_50359	Cotton_A_33548	633	0.01678	0.03388	0.49528	YES	0.175709
LEA2	CotAD_74713	Cotton_A_33548	633	0.01678	0.03388	0.49528	YES	0.175709
LEA2	CotAD_03649	CotAD_31344	960	0.01103	0.02214	0.49798	YES	0.177084
LEA2	CotAD_13584	CotAD_20020	750	0.00878	0.01711	0.51348	YES	0.287642
LEA2	CotAD_13115	Cotton_A_31059	576	0.0207	0.0379	0.54625	YES	0.312514
LEA2	CotAD_19214	Gorai.010G176400.1	543	0.00955	0.01664	0.57418	YES	0.403293
LEA2	CotAD_20308	Cotton_A_17625	573	0.01375	0.02296	0.59881	YES	0.347235
LEA2	CotAD_25271	CotAD_48769	405	0.00647	0.01063	0.6094	YES	0.539117
LEA2	CotAD_12681	Cotton_A_08212	432	0.03121	0.04928	0.63319	YES	0.35887
LEA2	CotAD_19623	CotAD_36999	282	0.03296	0.04771	0.69081	YES	0.631725
LEA2	CotAD_23646	Cotton_A_27282	609	0.02587	0.03738	0.69204	YES	0.542393
LEA2	Cotton_A_13471	CotAD_17103	180.94	2.32397	1.11323	0.77822	YES	837
LEA2	CotAD_53438	CotAD_68189	618	0.02341	0.02898	0.80786	YES	0.519399
LEA2	CotAD_56696	Cotton_A_38535	630	0.01838	0.02269	0.80979	YES	0.670475
LEA2	CotAD_44941	Cotton_A_17986	720	0.01233	0.01369	0.90056	YES	0.874489
LEA2	CotAD_22539	Cotton_A_25195	408	1.23265	1.24112	0.99317	YES	1
LEA2	CotAD_28872	CotAD_44941	720	0.0141	0.01369	1.03042	NO	0.900519
LEA2	CotAD_17103	Cotton_A_13471	837	2.58712	2.32397	1.11323	NO	0.778217
LEA2	CotAD_13827	Cotton_A_18645	1104	2.12092	1.89653	1.11832	NO	0.642563
LEA2	CotAD_10044	Cotton_A_09473	1902	0.00274	0.00228	1.20458	NO	0.731531
LEA2	Cotton_A_31083	CotAD_35069	939	2.2748	1.83858	1.23726	NO	0.447623
LEA2	CotAD_30219	Gorai.006G104100.1	597	0.00884	0.00707	1.25015	NO	0.743557
LEA2	CotAD_03649	Cotton_A_08663	960	0.00549	0.00437	1.25606	NO	0.744588
LEA2	CotAD_11658	Cotton_A_40499	789	0.02309	0.01751	1.3191	NO	0.985982
LEA2	CotAD_12375	CotAD_42408	597	2.42062	1.68288	1.43838	NO	0.288342
LEA2	CotAD_35091	Cotton_A_24371	699	3.50309	1.61186	2.17333	NO	0.036477