Table 1.
Spoligotypes shared by M. tuberculosis strains evaluated in this study
| Octonary code of Spoligotype | Spoligotyping | Familya | SITb | No.c | Prevalenced |
|---|---|---|---|---|---|
| 000000000003771 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■ | BEIJING | 1 | 546 | 81.74% |
| 000000000003571 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■□■■■■■ | BEIJING-LIKE | 632 | 2 | 0.30% |
| 000000000003731 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■□■■■ | BEIJING-LIKE | 190 | 2 | 0.30% |
| 000000000000071 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■ | BEIJING-LIKE | ORPHAN | 1 | 0.15% |
| 000000000003661 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■□■■□■ | BEIJING-LIKE | 1651 | 1 | 0.15% |
| 000000000003751 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■□■■ | BEIJING-LIKE | 941 | 1 | 0.15% |
| 000000000000771 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■ | BEIJING-LIKE | 269 | 5 | 0.75% |
| 777,777,760,020,771 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□■□□□□■■■■■■■ | H3 | 791 | 1 | 0.15% |
| 777,777,777,020,771 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■□□□□■■■■■■■ | H3 | 1 | 0.15% | |
| 000000007760771 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | LAM3 and S /convergent | 4 | 1 | 0.15% |
| 777,777,777,613,771 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■□■■■■■■■■■ | MANU1 | ORPHAN | 1 | 0.15% |
| 777,777,777,763,771 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ | MANU2 | 54 | 16 | 2.40% |
| 757,777,777,763,771 | ■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ | MANU2 | ORPHAN | 2 | 0.30% |
| 777,737,777,763,771 | ■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ | MANU2 | 583 | 1 | 0.15% |
| 777,777,577,763,771 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ | MANU2 | ORPHAN | 1 | 0.15% |
| 576,377,777,760,771 | ■□■■■■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | S | 1211 | 1 | 0.15% |
| 777,777,777,760,771 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | T1 | 53 | 54 | 8.08% |
| 037777777760771 | □□□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | T1 | 272 | 1 | 0.15% |
| 577,777,777,760,771 | ■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | T1 | 334 | 1 | 0.15% |
| 777,703,777,760,771 | ■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | T1 | 102 | 1 | 0.15% |
| 777,777,437,760,771 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | T1 | 1051 | 1 | 0.15% |
| 777,777,777,760,631 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■□□■■■ | T1 | 888 | 1 | 0.15% |
| 777,777,777,760,731 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ | T2 | 52 | 6 | 0.90% |
| 577,777,777,760,731 | ■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ | T2 | 1302 | 1 | 0.15% |
| 777,737,777,760,771 | ■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | T3 | 37 | 8 | 1.20% |
| 577,737,777,760,771 | ■□■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | T3 | ORPHAN | 2 | 0.30% |
| 777,777,777,760,011 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□■■ | U | 1 | 0.15% | |
| 563,777,777,760,771 | ■□■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | unknowne | 1 | 0.15% | |
| 577,777,403,760,771 | ■□■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | unknown | 1 | 0.15% | |
| 703,777,760,000,771 | ■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■ | unknown | 1 | 0.15% | |
| 703,777,760,063,771 | ■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□■■□□■■■■■■■■■ | unknown | 1 | 0.15% | |
| 741,777,777,760,731 | ■■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ | unknown | 1 | 0.15% | |
| 777,660,007,460,771 | ■■■■■■■■■■■□■■□□□□□□□□□□■■■■□□■■□□□□■■■■■■■ | unknown | 1 | 0.15% | |
| 777,777,307,760,731 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■□□□■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ | unknown | 1 | 0.15% | |
| 777,777,775,760,631 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■□□□□■■□□■■■ | unknown | 1 | 0.15% |
aRepresenting spoligotype families annotated in SITVITWEB database
bSIT from SITVITWEB database
cNumber of strains with the same SIT
dPrevalence represents the percentage of isolates with a common SIT among all isolates in this study
eunknown represents the spoligotyping type which is not found in SITVITWEB database