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下一代测序在肺癌中的应用总结
| 研究(年） | 患者（n） | NGS方法 | 样本 | 平均（或中位）测序深度 | NGS平台 | 主要发现 | 参考文献 |
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†454 GS Junior system为一种基于焦磷酸测序的方法。 ADC：腺癌；BAC：细支气管肺泡癌；DMR：不同的甲基化区域；ES：外显子组测序；MALDI-TOF：基质辅助激光解吸电离飞行时间；MS：质谱；NGS：下一代测序；NSCLC：非小细胞肺癌；PFS：无进展生存期；RNA-seq：全转录组测序；SCC：鳞状细胞癌；SCLC：小细胞肺癌；SNV：单核苷酸变异；SOLiD：基于寡核苷酸连接和检测进行测序；TKI：酪氨酸激酶抑制剂；WES：全外显子组测序；WGS：全基因组测序。 注：本表得到版权所有者© 2013 Future Medicine Ltd复制许可。 | |||||||
| Marchetti等 (2012） |
NSCLC Ⅲ期-Ⅳ期患者（116例） | ES | DNA | - | 454 GS Junior Technology† (Roche) | EGFR外显子19的复杂突变和缺失亚群 | [28] |
| Su等 (2012） |
NSCLC患者（192例；107例未采用TKI治疗和85例采用TKI治疗） | - | DNA | - | MALDI-TOF MS MassArray® System (Sequenom) | 在采用EGFR TKIs治疗的患者中，对T790M进行预处理是PFS缩短的预测因子 | [30] |
| Jung等 (2012） |
NSCLC细胞系（2种） | RNA-seq | RNA | 750, 000个序列，其中一个序列为400 bp | 454 GS FLX Instrument (Roche) | ALK-PTPN3基因融合 | [31] |
| Kalari等 (2012） |
肺ADCs（15例；8例携带KRAS突变，7例无KRAS突变） | RNA-seq | RNA | - | Agilent Bioanalyzer (Agilent Technologies) | 374个不同的基因表达，259个基因交替拼接和65个SNV相关改变；3个受影响的通路：NF-xB、ERK1/2和AKT | [32] |
| Ju等 (2012） |
肺ADC；从不吸烟者（1例） | WGS, RNA-seq | DNA, RNA | 47.77×和28.27× | Illumina HiSeqTM 2000 and Genome Analyzer Ilx (Illumina) | KIF5B和RET基因融合 | [33] |
| Kohno等 (2012） |
肺ADCs（433例） | RNA-seq | RNA | 229× | Genome Analyzer Ilx (Illumina) | KIF5B和RET基因融合 | [34] |
| Lipson等 (2012） |
NSCLCs Ⅰ期-Ⅳ期（40例） | WES | DNA | 229× | Illumina HiSeq 2000 instrument (Illumina) | KIF5B和RET基因融合 | [35] |
| Imielinski等 (2012） |
肺ADCs Ⅰ期-Ⅳ期（183例） | WGS, WES | DNA | 92× (WES)和69× (WGS) | Illumina HiSeq Platform (Illumina) | U2AF1的体细胞突变，与RBM10和ARID1A相关的截断突变；EGFR和SIK2激酶的基因变异 | [36] |
| Ding等 (2012） |
肺ADCs（188例） | WGS | DNA | - | 各种平台 | 26个突变基因（如TP53、CDKN2A、STK11、KRAS、EGFR、NRAS、NF1、ATM、RB1、APC、LRP18、PTPRD、ERBB4、ERBB3、ERBB2和EPHA3） | [37] |
| Greulich等 (2012） |
肺ADCs（188例） | WGS | DNA | - | 各种平台 | ERBB2的胞外区突变和ERBB2突变的激活机制 | [38] |
| Liu等 (2012） |
NSCLC患者（16例；1例肺ADC，12例肺SCCs，1例肺腺鳞癌，1例BAC和1例肺ADC含BAC） | WES | DNA | 123× | Illumina Genome Analyzer Ilx和HiSeq 2000 (lllumina) | 发现突变频次居第二位的新基因CSMD3；CSMD3缺失会导致气道上皮细胞增生增多 | [45] |
| Pleasance等 (2010） |
1种SCLC细胞系（NCI-H209），源自1例55岁、男性、未化疗、吸烟史未知的SCLC患者 | WGS | DNA | 肿瘤组织39 ×；正常组织31× | SOLiD platform | 22, 910个体细胞代替（134个位于编码外显子区）；转录偶联和表达相关的DNA修复途径；烟草中的致癌物；CHD7可能反复地重排 | [47] |
| Keller等 (2011） |
NSCLC患者（10例） | RNA-seq | RNA | - | SOLiD 4 analyzer | 76个新miRNAs和41个已知前体细胞的成熟形式；32个带注解的和7个未知的miRNAs | [48] |
| Lee等 (2010） |
51岁男性吸烟白种NSCLC（1例） | WGS | DNA | 肿瘤组织60 ×；正常组织46× | - | 530个体细胞单核苷酸变异，其中一个位于KRAS，391个位于编码区，43个大规模结构变异，激酶基因中的氨基酸改变的突变更高 | [49] |
| Carvalho等 (2012） |
NSCLC患者（48例） | MethyICap-seq | DNA | - | Illumina Genome Analyzer Ilx (Illumina) | ADCs和SCCs中57个明确的DMRs；一些DMRs为与编码转录调节因子的基因相关的甲基化 | [50] |
| Beane等 (2011） |
3个健康的从不吸烟者，3个健康的吸烟者；8个吸烟的肺癌者；5个吸烟但肺癌症者（19例） | RNA-seq | RNA | - | Illumina Genome Analyzer Ilx (Illumina) | 在吸烟的肺癌患者中，发现趋化因子信号通路，细胞因子-细胞因子受体的相互作用和细胞粘附分子差异表达；一个内含子中的MUCSAC转录物下调 | [51] |