Table 1.
ETNP Ca. Scalindua single-cell amplified genome (SAG) statistics
| rRNA genes | Urease and cyanase-associated | Marker proteins−anammox metabolism | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SAG | Comp | Cont | Heter | ORFs | Mbp | Est Gen (Mbp) | a5S | a16S | a23S | bUreA | bUreB | bUreC | bUreD | bUreE | bUreF | bUreG | cCynS | cOcta HZO | cHzsA | cOcta Hao1 | cOcta Hao2 | cOcta Hao3 | cOcta Hao4 | cNirS | cAmtB1 | bAmtB2 | cAmtB3 |
| B14 | 31.0 | 3.5 | 50.0 | 700 | 0.74 | 2.40 | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | + | + | − |
| B17 | 31.6 | 0.0 | 0.0 | 862 | 0.91 | 2.88 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | − | + | − | + | + | − |
| B21 | 23.1 | 1.7 | 50.0 | 451 | 0.45 | 1.95 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | + |
| C14 | 12.3 | 1.8 | 100.0 | 745 | 0.62 | NA | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | + | + | − | − | − | − |
| C8 | 19.7 | 0.0 | 0.0 | 773 | 0.51 | 2.62 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − |
| E14 | 28.2 | 0.0 | 0.0 | 800 | 0.62 | 2.18 | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − |
| F8 | 36.5 | 0.0 | 0.0 | 1101 | 0.92 | 2.53 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | − | − | + | + | + | + | − |
| G15 | 28.6 | 3.9 | 40.0 | 1251 | 1.04 | 3.65 | − | − | − | + | + | + | − | + | + | + | + | + | + | − | + | − | − | − | 6 | − | + |
| H20 | 43.1 | 6.7 | 70.0 | 1104 | 0.98 | 2.28 | + | − | + | − | − | − | + | − | + | + | − | + | 2 | + | + | 2 | − | − | + | − | + |
| J11 | 20.5 | 1.8 | 33.3 | 581 | 0.43 | 2.11 | + | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| K21 | 27.8 | 1.9 | 100.0 | 1230 | 1.06 | 3.80 | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | + | + | + |
| L14 | 31.0 | 1.1 | 0.0 | 951 | 0.79 | 2.56 | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| L20 | 26.6 | 5.6 | 100.0 | 697 | 0.58 | 2.17 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | + | − | − |
| L7 | 15.8 | 1.8 | 0.0 | 695 | 0.58 | NA | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | − | − | − |
| L9 | 39.5 | 4.4 | 33.3 | 1321 | 1.12 | 2.83 | − | − | + | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | − | − | − | − | − |
| M13 | 4.2 | 0.0 | 0.0 | 580 | 0.48 | NA | − | − | − | + | + | + | + | + | + | + | − | + | − | + | − | − | − | − | + | − | + |
| M7 | 33.3 | 2.8 | 50.0 | 978 | 0.79 | 2.36 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | − | + | − | + | + | − | + | + |
| N13 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 234 | 0.19 | NA | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − |
| N19 | 46.2 | 1.1 | 0.0 | 1243 | 1.11 | 2.41 | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | − | + | − | − | − | + | − | − | − | − | + |
| N22 | 50.0 | 2.8 | 33.3 | 1637 | 1.25 | 2.50 | + | + | + | − | − | − | − | − | − | − | + | + | − | − | − | − | − | + | − | + | + |
Comp genome completeness (%) estimated by CheckM
Cont genome contamination (%) estimated by CheckM
Heter strain heterogeneity index (range 1–100) estimated by CheckM
ORFs number of protein-coding open reading frames recovered per SAG
Mbp Mbp of contigs recovered per SAG
Est Gen estimated genome size based on estimated completeness and Mbp of SAG; done only for SAGs with completeness >20% and contamination <5%
Ure urease, UreA gamma subunit, UreB beta subunit, ureC alpha subunit
Cyn cyanate hydratase
Ure urease accesory proteins
Octa Octahaem
Hzo hydrazine oxidoreductase/dehydrogenase, S. profunda homolog scal03295
Hzs hydrazine synthase, S. profunda homolog scal01318
Hao hydroxylamine oxidoreductase. S. produnda Hao1 homolog 00421, S. profunda Hao2 homolog 01317, S. profunda Hao 3 homolog 02116, S. profunda homolog 4 04164
Amt ammonia transporter. S. profunda Amt1 homolog 00587, S. profunda Amt2 homolog 00591, S. profunda Amt3 homolog 00594
NirS cytochrome c nitrite reductase, S. profunda nirS homolog 02098
atop BLASTN match to Brocadiales-affiliated homolog via queries against the SILVA database
btop BLASTP match to non-Brocadiales via queries against the NCBI-nr database (i.e., homologs not detected in other Brocadiales)
ctop BLASTP match to Brocadiales-affiliated homolog via queries against the NCBI-nr database+publically available Brocadiales databases