Table 1.

Candidate SNP clusters associated with spike related traits detected in this study.

Trait	SNP	SNP ID	Chr.	Pos. (Mb)	-Log10P	Alleles	Effect alleles	MAF	R2	Environment
SL	BobWhite_c17476_149	IWB1047	2A	77.94	3.80	T/C	T	0.204	0.068	E1
	Kukri_rep_c71876_521	IWB50153	2A	78.33	3.03	A/G	A	0.194	0.052	E1
	wsnp_Ex_c15325_23565935	IWA2007	2A	78.33	3.76	A/G	G	0.202	0.067	E1
	Kukri_c7818_2581	IWB47747	2A	78.34	3.80	T/C	T	0.204	0.068	E1
	wsnp_Ex_c15325_23564654	IWA2005	2A	78.34	3.80	A/G	A	0.204	0.068	E1
SL	CAP7_c3814_303	IWB14055	2B	233.27	3.09/3.42	T/C	C	0.304/0.309	0.051/0.061	E3/E4
	BS00066546_51	IWB9834	2B	233.27	3.09/3.42	T/G	T	0.304/0.309	0.051/0.061	E3/E4
	CAP11_c2947_204	IWB12818	2B	233.27	3.13/3/38	T/G	T	0.301/0.306	0.052/0.060	E3/E4
	*kSL-2B	IWB12818-A010074	2B	233.27		A/C	A
	Tdurum_contig52063_1077	IWB72239	2B	233.27	3.09/3.42	A/C	A	0.304/0.309	0.051/0.061	E3/E4
	Excalibur_c58566_284	IWB27823	2B	233.55	3.25	T/C	T	0.324	0.057	E4
SL	Excalibur_c44325_638	IWB26541	2D	608.20	3.10	T/C	T	0.220	0.051	E3
	RAC875_c26979_266	IWB56014	2D	608.57	3.76/3.45	T/C	C	0.212/0.210	0.064/0.061	E3/E4
	RAC875_c14766_1063	IWB53992	2D	608.77	3.87	A/G	G	0.107	0.067	E3
	tplb0021a02_817	IWB74078	2D	608.92	3.16	T/C	C	0.209	0.052	E3
SL	RAC875_c49875_405	IWB58592	6A	60.17	3.91	A/G	G	0.161	0.071	E2
	RAC875_c60695_112	IWB59541	6A	60.41	3.53/3.38/3.92/4.98	A/G	G	0.191/0.192/0.186/0.184	0.063/0.059/0.068/0.095	E1/E2/E3/E4
	*kSL-6A.1	IWB68523-A010085	6A	60.74		A/C	C
	BS00079942_51	IWB11102	6A	61.02	3.26	A/G	A	0.137	0.057	E2
	wsnp_CAP7_c1839_908093	IWA1050	6A	61.21	3.42	A/G	G	0.153	0.060	E2
	wsnp_CAP7_c1839_908011	IWA1049	6A	61.21	3.42	A/G	G	0.153	0.060	E2
	wsnp_CAP7_c1839_907899	IWA1048	6A	61.21	3.42	T/C	C	0.153	0.060	E2
	kSL-6A.2	IWB42599-A010081	6A	61.39		A/G	G
	Kukri_c45898_147	IWB45584	6A	61.39	3.42	T/C	C	0.153	0.060	E2
KPS	Excalibur_c6660_746	IWB28454	2A	691.22	3.19	T/C	C	0.223	0.046	E4
	wsnp_Ku_c8927_15048149	IWA7339	2A	691.22	3.21	A/C	C	0.214	0.047	E4
	Kukri_c7193_3176	IWB47525	2A	691.22	3.44	A/G	G	0.225	0.051	E4
	Kukri_c7193_5892	IWB47527	2A	691.23	3.73	A/G	G	0.253	0.056	E4
KPS	Excalibur_c74622_265	IWB28725	2B	775.83	4.35	T/G	T	0.069	0.058	E1
	Kukri_c16161_231	IWB41532	2B	776.70	4.40	T/C	T	0.128	0.059	E1
	Excalibur_c40335_454	IWB26132	2B	776.75	4.96	T/C	T	0.125	0.068	E1
	Kukri_c26697_366	IWB43329	2B	776.98	3.11	T/C	C	0.186	0.039	E1
	Ra_c1597_2503	IWB43329	2B	776.98	4.76	A/G	G	0.117	0.065	E1
	Excalibur_c16329_370	IWB22772	2B	777.33	4.96	T/C	T	0.125	0.068	E1
	Ex_c27573_778	IWB20376	2B	777.51	4.08	T/C	T	0.125	0.054	E1
KPS (SN)	Excalibur_c36221_1031	IWB25689	7B	716.59	4.18(4.00/3.61)	T/C	T	0.184(0.181/0.183)	0.056(0.054/0.057)	E1(E1/E4)
	IACX5767	IWB36018	7B	716.96	3.63(3.81/3.67)	A/G	G	0.207(0.204/0.208)	0.047(0.051/0.058)	E1(E1/E4)
	BS00003630_51	IWB5853	7B	716.96	3.63(3.81/3.67)	T/C	C	0.207(0.204/0.208)	0.047(0.051/0.058)	E1(E1/E4)
	BS00009879_51	IWB6129	7B	716.97	3.45(3.76/3.18)	A/G	A	0.186(0.183/0.186)	0.044(0.050/0.049)	E1(E1/E4)
	BS00089322_51	IWB11608	7B	716.97	3.61(3.92/3.23)	T/G	T	0.184(0.181/0.183)	0.047(0.053/0.050)	E1(E1/E4)
	*kKPS/SN-7B	IWB10891-A010071	7B	717.20		A/G	G

*SNP loci used for KASP assay.