Table 7.
Haplotypes of Mx1 gene identified in 240 chickens and the corresponding frequencies
| Haplotypes | Position of variable sites in the coding sequence of chicken Mx1 gene | Frequency of 240 chickens | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8 | 13 | 62 | 122 | 125 | 156 | 922 | 1015 | 1248 | 1257 | 1455 | 1545 | 2019 | ||
| Reference sequence | A | C | G | C | T | T | G | A | A | T | C | G | G | |
| H1 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 0.135 |
| H2 | · | · | A | G | C | A | · | · | G | · | T | A | · | 0.132 |
| H3 | · | T | A | G | C | A | A | G | G | · | · | · | · | 0.124 |
| H4 | · | · | A | · | · | · | A | G | · | · | · | · | · | 0.082 |
| H5 | · | · | A | G | C | A | · | · | · | · | · | · | · | 0.070 |
| H6 | · | · | A | · | · | A | A | G | · | · | T | A | · | 0.064 |
| H7 | · | · | A | G | C | A | · | · | · | · | T | A | · | 0.054 |
| H8 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | C | T | A | · | 0.051 |
| H9 | · | · | A | G | C | A | · | · | G | · | · | · | · | 0.037 |
| H10 | · | · | · | · | · | · | · | · | G | · | T | A | · | 0.037 |
| H11 | · | · | · | · | · | · | · | · | G | · | · | · | · | 0.021 |
| H12 | · | · | A | G | C | A | · | · | · | C | T | A | · | 0.019 |
| H13 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | T | A | · | 0.017 |
| H14 | · | · | · | · | · | · | · | · | G | · | · | · | A | 0.016 |
| H15 | G | T | · | G | C | A | · | · | · | · | · | · | · | 0.014 |
| H16 | · | · | · | · | · | · | A | G | · | C | · | · | · | 0.012 |
Dot (.) denoted the same single nucleotide to the reference sequence; Position of variable sites in the coding sequence of chicken Mx1 gene was obtained using the sequence of Red Jungle Fowl genome as the reference sequence